MeSH on Demand - תמיד לשרותך

תמונה 1. MeSH on Demand

מבוא - על בינה מלאכותית ב - PubMed

כלים מבוססי בינה מלאכותית נכנסים יותר ויותר לשימוש יומיומי במגוון תחומים, וכך גם בתחום מנועי החיפוש. מנוע החיפוש הוותיק לאיתור מידע בתחום הביו-רפואה PubMed עודנו מבוסס בעיקר על טכנולוגיה של בינה אנושית - אחזור מידע באמצעות מילות מפתח שנקבעו על ידי אנשים (מונחי MeSH). אולם גם ב - PubMed יש ניצנים של שימוש בטכנולוגיה של בינה מלאכותית. את השימוש העיקרי בטכנולוגיה זו ניתן לראות בצורת הסידור של תוצאות החיפוש, שכעת היא ברירת המחדל של האתר, הנקראת Best match. Best match הוא אלגוריתם מבוסס בינה מלאכותית, שמבוסס בין היתר על למידה של התנהגות מליוני המשתמשים של האתר, ומטרתו להביא את התוצאות הרלוונטיות ביותר לדף התוצאות הראשון. 

מי אתה MeSH on Demand?

MeSH on Demand הוא כלי נוסף של PubMed המבוסס על בינה מלאכותית. הוא מעט נסתר מן העין, אך ניתן להגיע אליו בקלות מדף הבית של PubMed כמתואר בתרשים 1. הכלי מאפשר להדביק בתוכו טקסט של עד 10,000 תוים (כחמישה עמודים מודפסים), אך ניתן לכתוב בו גם מספר מלים בודדות. מתוך הטקסט שנכניס אליו, יודע MeSH on Demand להדגיש את המלים מתוכו שמתאימות למונחי MeSH קיימים, ולתת הסבר על כל מונח. בנוסף, הוא נותן רשימה של 10 מאמרים המתאימים למונחים הללו  ב - PubMed. 

חיפוש באמצעות MeSH on Demand

אולי החלק הכי שימושי בכלי הוא האפשרות ליצור חיפוש מתוחכם ישירות  ב – PubMed מהמונחים שנמצאו או רחבים יותר. את התהליך מתחילים בלחיצה על הכפתור Start PubMed Search שנמצא מימין לתיבת החיפוש. בלחיצה עליו מתקבל "תפריט" של המונחים שאותרו בחיפוש, ולצידם גם המונחים בעלי המשמעות הרחבה  יותר לשימוש לפי הצורך. מסמנים את המונחים הרצויים לחיפוש ולוחצים על Search in PubMed כמתואר בתמונה 2. 

תמונה 2. בחירת מונחי חיפוש מתוך Mesh on Demand

החיפוש המתקבל ב - PubMed הוא חיפוש מתוחכם, לדעתי אפילו יותר מזה שמתקבל כשעושים חיפוש ב - 

PubMed עצמו. כפי שניתן לראות בפירוט פרטי החיפוש (מהחיפוש המתקדם של PubMed, תמונה 3) כל מונח שבחרנו מופיע עם תוית של MeSH  וגם ללא תוית, שזה מקביל לתוית All Fields בחיפוש הרגיל. אולם אם יש מלים נרדפות , כמו למשל בדוגמה למונח Celiac Disease, הוא מוסיף אותן גם לחיפוש, מה שלא קורה בחיפוש רגיל. שווה!

תמונה 3. פרטי החיפוש המתקבל מחיפוש ב - PubMed דרך Mesh on Demand

איך מגיעים ל - MeSH on Demand ?

הגישה לכלי MeSH on Demand היא דרך דף הבית של PubMed כמתואר בתרשים 1.

תרשים 1. איך מגיעים ל - MeSH on Demand

סרטון הדרכה על השימוש ב - MeSH on Demand

לצפיה בסרטון הדרכה על  MeSH on Demand לחצו כאן או ראו להלן. הסרטון הוא מתוך סדרת השידורים החיים בנושאי מידענות "ראשון בלייב" בקהילה לא מחפשים.מוצאים מדי יום ראשון בשעה 21:00. מוזמנים להצטרף! 

מידע גנטי פלוס

 על פי הודעת הספרייה הלאומית לרפואה, NLM, החל מ - 1.10.2020 יוסר מהרשת האתר Genetics Home Reference. 

המידע מאתר זה יופיע כעת באתר MedlinePlus באזור ייעודי תחת השם  MedlinePlus Genetics. המידע שהועבר כולל פירוט על מעל 1300 מצבים גנטיים, מעל 1400 גנים, וכן ספר הדרכה בשפה פשוטה על תחום הגנטיקה. פירוט נוסף על המידע שקיים כעת ב - MedlinePlus Genetics ניתן לקרוא כאן. 

האתר MedlinePlus מיועד קודם כל לציבור הרחב, אולם גם אנשי מקצוע בתחום הרפואה והמידע יכולים ליהנות מהשימוש בו. כמקובל באתרים של הספריה הלאומית לרפואה, NLM, קיימים קישורים בין מקורות המידע שהיא מספקת בכל אתר ואתר. כך למשל בדף מידע על מחלה מסויימת ניתן למצוא קישורים למחקרים קליניים בתחום מאתר ClinicalTrials.gov, חיפוש מוכן בצורה מקצועית וממוקדת בפאבמד בלחיצת כפתור, רשימה של מלים נרדפות למונח ומקורות מידע נוספים. דוגמה לכך ניתן לראות למשל בדף על  Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency בסעיף Additional Information & Resources.

גנטיקה ב - MedlinePlus

לסיכום, אתר הכולל מידע רב ערך, הן לציבור הרחב והן לאנשי מקצוע, ממקורות מבוססים עליהם ניתן להסתמך. המעבר למיקום החדש יהפוך את המידע לנגיש יותר, היות ואתר MedlinePlus הוא אתר ידוע הנמצא בשימוש רב, ועל כל כן נראה שהעברת המידע אליו היא צעד מבורך.

Vivli - פלטפורמה לשיתוף מידע גולמי ממחקרים קליניים

Vivli, ארגון ללא כוונת רווח,  השיק לפני כשנתיים (יולי 2018), פלטפורמה גלובלית שמטרתה לקדם את המחקר בתחום הרפואה על ידי שיתוף מידע ממחקרים קליניים ברמת הנחקר הבודד.  המטרה היא לאפשר שימוש חוזר בנתוני הנחקרים על מנת לאפשר מחקרים בזמן קצר יותר תוך ניצול המשאבים ממחקרים קליניים שכבר הסתיימו. 

הארגון המייסד של Vivily הוא -

  The Multi-Regional Clinical Trials Center of Brigham and Women’s Hospital and Harvard 

https://vivli.org/

התוכן ב - Vivily

פירוט מלא של הסטטיסטיקות של הפלטפורמה ניתן לראות כאן. נכון להיום כוללת הפלטפורמה מידע על יותר משלושה מליון נבדקים ומעל 5400 מחקרים. שלושת הנושאים המבוקשים ביותר בחיפוש אחר נתונים הם איך לא וירוס הקורונה החדש, ואחריו מחלת האלצהיימר ומחלת הסוכרת. 28 גופים נמנים נכון להיום בין התורמים של המידע לפלטפורמה, בהם חברות תרופות ומרכזי מחקר.

החיפוש ב - Vivily ותהליך העבודה על הנתונים

ניתן לחפש מחקרים ב - Vivli בשלוש דרכים - על פי מספר המחקר אם הוא ידוע, לפי מילות מפתח, או באמצעות חיפוש מובנה על פי מונחי PICO. מונחי החיפוש המבוקרים המשמשים להרחבת או צמצום החיפוש באמצעות PICO הם פרי שיתוף פעולה בין Vivli ל - Cochrane. 

לאחר איתור המחקר/ים המתאימ/ים יש להגיש בקשה לקבלת הנתונים. לצורך כך יש לפתוח חשבון חינמי באתר. בטופס הבקשה ממלאים פרטים על המחקר המתוכנן להתבצע. במידה ומתקבל אישור לשימוש בנתונים, מקבלים גישה לפלטפורמה מאובטחת בה ניתן לפתוח את הקבצים ולבצע בהם ניתוחים סטטיסטיים. הפלטפורמה מאפשרת גם גישה לתוכנות סטטיסטיות נפוצות. את הנתונים לא ניתן להוריד מהפלטפורמה, אלא אם מתקבל אישור נוסף מיוחד לכך, לאחר שמוודאים שנמחק כל פרט מזהה אפשרי של משתתפי המחקר המקורי. 

סרטון קצר, המסביר את אופן החיפוש בפלטפורמה ואת אופן הגשת הבקשה לקבלת הנתונים והעבודה איתם, ניתן לראות כאן. תיאור גרפי של התהליך ניתן לראות כאן. 

לסיכום, נראה כי למיזם של Vivli פוטנציאל אמיתי של קידום המחקר ברפואה באמצעות הנגשת נתוני מחקר, שעד כה לא היו פתוחים למחקר העולמי. למרות שנושא השיתוף של נתוני מחקר באופן פתוח הולך וצובר תאוצה בימים אלה, באתרים דוגמת Figshare או Dryad, בפלטפורמה של Vivli ניתן למצוא נתונים גולמיים איכותיים שלא פתוחים במקומות אחרים.