יום שלישי, 29 בדצמבר 2020

פותחים את שנת 2021 עם ערוץ חדש ביוטיוב!

משהו חדש לשנה החדשה: אני שמחה להציג את ערוץ היוטיוב החדש שלי, שבו תוכלו למצוא סרטוני הדרכה על מגוון נושאים וכלים הקשורים למידענות רפואית וחיפוש מידע רפואי. 

לערוץ היוטיוב - מוזמנים להרשם! 

בפלייליסט ראשון בלייב תוכלו למצוא סדרת סרטוני הדרכה בנושאים מגוונים. הסדרה מבוססת על שידורים חיים המתקיימים כל יום ראשון בשעה 21:00. הסרטונים משודרים בלייב בערוץ היוטיוב וגם בפייסבוק בדף שלי ובקהילת לא מחפשים.מוצאים

בנוסף תוכלו למצוא בערוץ סדרה של סרטונים קצרים ושימושיים, וסדרה של הרצאות מתוך מפגשים מדעיים בפורום לתזונת ספורט בניהול גיא שלמון. 

עוד בערוץ סרטונים שאני אוספת עבורכם, למשל סדרת סרטונים על כלים שימושיים של הספריה הלאומית לרפואה בארצות הברית, ה - NLM, וסדרה של סרטוני הדרכה על השימוש בפאבמד, גם כן בעיקר של ה - NLM. 

עוד סרטונים והפתעות צפויים בהמשך, אז מוזמנים להרשם לערוץ ולהיות מעודכנים ראשונים בכל סרטון חדש!

בינתיים אני רוצה לאחל שנת 2021 מוצלחת, הרבה בריאות, ולהשתמע!

אשמח לשמוע מכם הערות והצעות, כולל נושאים לסרטונים שהייתם רוצים לראות, אז תהיו בקשר! אפשר כאן בתגובות או במייל kaminskital@hotmail.com.



יום שישי, 25 בדצמבר 2020

MeSH 2021 כבר כאן! כל מה שצריך לדעת

כמדי שנה בחודש דצמבר מתעדכן מאגר המלים המבוקרות של Medline, הקרוי  MeSH. חשוב לדעת ש - Medline הוא המאגר המרכזי המרכיב את PubMed , לכן חשוב להכיר את המאגר והשינויים החלים בו, היות והם משפיעים על תוצאות החיפוש ב - PubMed. 

מה חדש ב - 2021?

העדכונים לשנת 2021 עומדים, איך לא, בסימן Covid-19. לא פחות מ - 100 מונחים שונים שקשורים לפנדמיה הוספו השנה למאגר. אבל לא רק בנגיף עסקינן, מונחים בתחומים שונים ומשונים ניתן למצוא ברשימה של 277 מונחי MeSH שנוספו למאגר.
המידע המלא מופיע כאן בקישור.

Covid-19

שאלה מעניינת שיכולה לעלות בהקשר זה, אם מעדכנים את מאגר המונחים מדי שנה בדצמבר, האם ייתכן שעד היום לא היו במאגר מונחים על מגיפת הקורונה שהחלה ב - 2019?
כאן המקום לומר שאמנם המונחים הראשיים של המאגר מתעדכנים פעם בשנה, אך קיימים סוגים נוספים של מונחים, המתעדכנים בתדירות גבוהה יותר.
פירוט על סוגי המונחים העיקריים ניתן לראות בתמונה 1:

תמונה 1. סוגים עיקריים של מונחי MeSH

בין המונחים המרכזיים שנוספו למאגר ניתן למנות את:
 
SARS-CoV-2
COVID-19
COVID-19 Testing
COVID-19 Vaccines

לצד מונחים שנכנסו לחיינו דוגמת:
Chain of Infection
Disease Hotspot
N95 Respirators
Pangolins
Physical Distancing
Teleworking

פרוייקטים מיוחדים

בנוסף ל - Covid -19 עודכנו השנה מונחים במספר תחומים, או פרוייקטים מיוחדים כפי שהם נקראים:

Behavioral and Social Science 

Economic Factors
Gender Equity
Social Cognition
Social Factors
Social Inclusion
Social Interaction

New Cardiovascular Headings

Aortic Valve Disease
Aortico-Ventricular Tunnel
Bicuspid Aortic Valve Disease
Cardiac Papillary Fibroelastoma
Hemorrhagic Stroke
Ischemic Stroke
Thrombotic Stroke


New Food and Beverage Headings

Food Deserts
Food Insecurity
Food Security
Sustenance
Water Insecurity

New Infection Headings

Bacterial Zoonoses
Blood-Borne Infections
HIV Testing
Latent Infection
Reinfection
Viral Zoonoses


ולסיום עוד כמה מונחים שנוספו השנה ונראים לי מעניינים ו/או שימושיים:


Internet Use 
Freedom of Movement
Jails
Pseudoscience 
Cardiometabolic Risk Factors
Heart Disease Risk Factors 
Caregiver Burden 
Compulsive Exercise
Glycemic Control 
Resistant Starch
Supermarkets
Team Sports
Waiting Rooms 


כל מונח שהוסף מאפשר חיפוש טוב יותר וממוקד יותר של הנושא בו הוא עוסק. על מנת לקבל את התוצאות הטובות ביותר לחיפוש בפאבמד מומלץ לכתוב את מונח החיפוש בתיבת החיפוש של המאגר בצורה בה הוא מופיע ב - MeSH
למידע והסברים נוספים ניתן לצפות בסרטון על עדכוני MeSH לשנת 2021 שהוקלט במסגרת סדרת השידורים החיים "ראשון בלייב", המתקיימת מדי יום ראשון בשעה 21:00 בשידור חי בערוץ היוטיוב שלי. 



יום שני, 21 בדצמבר 2020

תוספים מבוססי מדע לחיזוק הדפדפן

תוספים לדפדפן הם דרך נפלאה להעשיר את הדפדפן בתכונות ויכולות שיעזרו לנו בעבודה היומיומית. אם אתם קוראים מאמרים מדעיים, כותבים מאמרים מדעיים או מחפשים מאמרים מדעיים, הכנתי לכם רשימה של תוספים שכדאי לכם לשקול בחיוב להוסיף לדפדפן שלכם. כל התוספים מתאימים לדפדפן כרום, וחלקם גם לדפדפנים נוספים.  

התוסף רב הפעלים - התוסף לדפדפן של גוגל סקולר

התוסף של Google Scholar קיבל עדכון גרסה לכבוד יום הולדתו החמישי בספטמבר 2020, וכעת ניתן לעשות באמצעותו כמעט כל מה שניתן לעשות גם מהאתר עצמו, מכל דף אינטרנט שבו נמצאים. בלחיצה על התוסף ניתן לעשות חיפוש, לנסות לאתר טקסט מלא של מאמר, לקבל ציטוט מעוצב, לחזור לחיפוש קודם, לראות מי ציטט את המאמר, לחפש מאמרים דומים ועוד. 

לאחר העדכון החדש ניתן לשמור ישירות מהתוסף מאמרים לספריה האישית ב - Google Scholar, וגם לגשת לספריה האישית. בנוסף, גם בקריאת קובץ PDF מהרשת Google Scholar יזהה את המאמר באתר ויאפשר שמירה שלו, קבלת ציטוט, חיפוש מאמרים דומים ועוד. דבר נוסף שיש בגרסה החדשה הוא כפתור חזרה לדף קודם. 

מידע נוסף על העדכון לתוסף ניתן לקרוא בפוסט מהבלוג של  Google Scholar בנושא.

לדעתי תוסף מאוד שימושי, ששווה להתקין אם הוא עוד לא נמצא בדפדפן שלכם (כרום או פיירפוקס). להתקנה בכרום לחצו כאן.

תמונה 1: Google Scholar

עוד סקולר לרשימה - התוסף של סמנטיק סקולר

במנוע החיפוש Semantic Scholar השיקו לראשונה תוסף לדפדפן, שמקצר את הדרך לאתר מכל דף אינטרנט שבו תהיו. התוסף בגרסתו הראשונה מספק תכונות בסיסיות יחסית לתוסף של Google Scholar: מסמנים קטע מטקסט או כותרת מאמר שפתוח בדפדפן, והתוסף מאפשר לבצע חיפוש עם המקטע המסומן ישירות ב - Semantic Scholar או למצוא את המאמר באתר. לאחר שמגיעים לאתר ניתן לשמור את המאמר בספריה האישית, ליצור Feed מותאם אישית ממנו, וכל יתר התכונות שמציע Semantic Scholar. בחלק מהמקרים לא נדרש לסמן את הכותרת על מנת שהתוסף יזהה אותה, למשל ב - PubMed, ובחלק מהמקרים חייבים לסמן את הכותרת לצורך זיהוייה. 

את ההודעה על ההשקה ניתן לראות כאן. סביר להניח שנראה תכונות נוספות לכלי הזה בהמשך. גם את הגרסה הראשונה שווה להתקין כדי להגיע למאמרים/ליצור חיפושים בקליק ב - Semantic Scholar. להתקנת התוסף לכרום לחצו כאן

תמונה 2: Semantic Scholar

EndNote Click - התוסף שימצא לכם טקסט מלא

EndNote Click הוא תוסף חינמי לאיתור טקסט מלא, וכן ארגון המידע והכנתו לציטוט, כלומר מסייע בתהליך העבודה האקדמי/מדעי. התוסף הושק בשנת 2017 בשם Kopernio על ידי המפתחים יאן רייכלט (Mendeley Co-Founder) ובן קאוב (Newsflo Co-founder). בשנת 2018 נרכש הכלי על ידי חברת Clarivate Analytics תמורת 3.5 מליון פאונד, ובאוקטובר 2020 - החליף שם ל - EndNote Click. 

איך זה עובד?

מתקינים את התוסף, שמתאים לדפדפני כרום, פיירפוקס, אופרה, Edge. יוצרים חשבון, ומכניסים פרטי גישה מוסדיים (אם יש ואם המוסד מופיע ברשימה). לא ניתן להרשם ליותר ממוסד אחד בחשבון אחד. ל - EndNote Click אינטגרציה עם מעל 20,000 אתרים אקדמיים (דוגמת PubMed) ושיתוף פעולה עם מעל 750,000 מוסדות אקדמיים. 
באתרים בהם יש אינטגרציה עם התוסף, התוסף בודק באופן אוטומטי קודם גישה מוסדית ולאחר מכן גישה חופשית, כך שבכל מקום (כמעט) ברשת שתהיו – תוכלו לקבל טקסט מלא בקליק (ראו תמונה 3). איפה לא תקבלו את השירות? בגוגל סקולר, שכנראה לא אהבו את התחרות וחסמו את הגישה לתוסף.

תמונה 3. כך נראה הקישור לטקסט המלא עם  EndNote Click בפאבמד (האייקון הסגול)


מה עוד נותן EndNote Click?

את המאמרים בטקסט מלא שמוצאים אפשר להוריד ו/או לשמור בספריה אישית בענן. אם מצרפים עוד משתמש לכלי מגדילים את שטח האחסון מ - 100MB ל - 2000MB, ומקבלים אינטגרציה עם Dropbox (חשבון פרימיום). אם יש לכם EndNote – תוכלו לשמור מאמרים ישירות מהתוסף לתוכנה. עבור תוכנות אחרות ניתן להוריד קובץ מתאים להוספה ידנית.

בלחיצה על התוסף עצמו, בדף תוצאות חיפוש שבו מאמר אחד או מספר מאמרים (ראו תמונה 4),  יש אפשרות להוריד מספר קבצים בבת אחת, לקבל מידע על כל מאמר כולל מספר הציטוטים מ – WOS Core Collection, לייצא לתוכנה לניהול ציטוטים ולקבל גישה מהירה להגדרות החשבון והאחסון האישי. כמו כן יש אפשרות לחיפוש מהיר במנוע חיפוש לפי בחירה – WOS, PubMed, Google Scholar (הבחירה היא בהגדרות האישיות). 

תמונה 4. החלון המתקבל בלחיצה על התוסף עצמו בדף תוצאות חיפוש 

להתקנת התוסף לכרום לחצו כאן.
ל - EndNote Click היתה אינטגרציה עם הכלי לגילוי מידע מדעי Meta. אולם מחודש נובמבר 2020 שיתוף הפעולה בין שני הכלים פסק. 

אם מענין אתכם להשוות בין EndNote Click לכלים דומים בשוק כאן הכינו לכם השוואה מפורטת.

PubPeer - התוסף שיעשה לכם Post Publication Peer Review

התוסף של PubPeer מאפשר לראות הערות שניתנו על מאמרים מדעיים לאחר פרסומם. לדבר זה ישם כיום אולי יותר מתמיד חשיבות רבה, היות ובתקופת פנדמיה התהליך של בקרת עמיתים טרם הפרסום הוא מזורז מאוד עד לא קיים. 
למידע מלא על PubPeer לחצו כאן
להתקנת התוסף של PubPeer לדפדפנים Chrome, Firefox, Safari, Edge  לחצו כאן.

PubPeer 

!Altmetric It

מדדי ה - Aitmetrics  הם מדדים אלטרנטיביים לאלו המסורתיים, המבוססים על ציטוטים בכתבי עת אקדמיים אחרים, לבדיקת מידת ההשפעה של מאמר מסוים. הם מציגים מידע על השפעת המאמר במקומות רבים, דוגמת רשתות חברתיות, בלוגים, אתרי חדשות, סרטונים, מסמכי מדיניות ממשלתיים ועוד.  תוסף שימושי מאוד של חברת Altmetric מאפשר לקבל מידע מלא על נתוני ה - Aitmetrics של כל מאמר ברשת בלחיצת כפתור. התוסף הוא חינמי, איך ניתן להתקין אותו רק אם יש לכם כתובת דוא"ל מוסדית כלשהי (של אוניברסיטה/בי"ח וכדומה). להתקנה בדפדפנים Chrome, Firefox, Safari לחצו כאן

!Altmetric It


CoCites - התוסף שיעשה לכם סקירת ספרות

CoCites הוא תוסף חדשני (מתאים לדפדפנים Chrome, Firefox, Safari, להתקנה ב - Chrome לחצו כאן) המבצע סקירת ספרות בשיטה שונה מזו המוכרת לנו, המבוססת על מילות מפתח. השיטה של Cocites מבוססת על הדמון בין מאמרים המצוטטים ביחד מספר פעמים במאמרים שונים. ההנחה היא שאם הם מצוטטים ביחד - הם כנראה באותו נושא.  למידע נוסף על CoCites כולל סרטוני הדרכה לחצו כאן


https://www.cocites.com/


אשמח לשמוע מכם, אם התקנתם את התוספים, והאם הם מועילים בעיניכם!

יום חמישי, 10 בדצמבר 2020

CoCites - אמור לי מי ציטט אותך ואומר לך מי אתה

התוסף CoCites (להתקנה - לחצו כאן) הוא תוסף חדש לדפדפן, ייעודי לפאבמד, המציג שיטה חדשה לחיפוש מאמרים. בנוסף, ניתן לומר שהוא מוסיף לפאבמד מידע שכד כה לא היה ניתן למצוא בו בצורה ישירה- מספר הציטוטים של כל מאמר. אם כי הוא עדין אינו מראה מי הם המאמרים הללו. קיים נכון להיום לדפדפני כרום, פיירפוקס וספארי.

את התוסף יצרה ד"ר A. Cecile J.W. Janssens. ד"ר Janssens במקור מהולנד, וכעת חוקרת במחלקה לאפידמיולוגיה בבית הספר לבריאות הציבור באוניברסיטת Emory באטלנטה, ארה"ב. עוסקת במחקר בנושא ניבוי גנטי של מחלות. אז איך הגיעה ד"ר Janssens לפיתוח CoCites? לפי מה שהיא מספרת - במקרה!

https://www.cocites.com/

איך זה עובד?

הרעיון עליו מבוססת שיטת הפעולה של התוסף הוא שמאמרים המצוטטים יחד הם מאמרים באותו נושא או נושא דומה. בעת לחיצה על הכפתור המיוחד שנמצא ליד כל מאמר בדף התוצאות של פאבמד עם השימוש בתוסף, נסרקות רשימות הרפרנסים של כל המאמרים המצטטים את המאמר הנבחר. לאחר מכן מוצגת רשימת המאמרים שצוטטו יחד עם מאמר הבסיס (המאמר שעל הכפתור שלידו לחצנו, והוא הבסיס לחיפוש). ככל שהמאמרים צוטטו ביחד יותר פעמים הדמיון ביניהם גבוה יותר. 

אפשרויות נוספות שמציע הכלי, הפתוחות בחינם למי שרושם לפחות משתמש נוסף אחד לאתר נכון להיום:

אפשרות להוריד קובץ אקסל עם התוצאות

אפשרות לחפש עם יותר ממאמר בסיס אחד

אפשרות לסנן את תוצאות החיפוש לפי מידת הדמיון בין המאמרים ולפי מאמרים חדשים יותר

אפשרות לשמור חיפושים

יתרונות וחסרונות

יתרונות

פועל במהירות יחסית לכלים דומים, וכן נמצא כבר בפאבמד ואין צורך לפתוח אתר נוסף כדי להשתמש בו. 
מוסיף מידע על ציטוטים ישירות לפאבמד, מידע שלא קיים בפאבמד בצורה ישירה ללא התוסף.
מציע שיטת חיפוש יעילה ומהירה, שאינה מבוססת על איתור מילות מפתח, דבר שדורש זמן ומיומנות ולעתים לא קל להגדרה. 

חסרונות

פועל רק על מאמרים שכבר צוטטו, ובצורה מיטבית על מאמרים שצוטטו לפחות 20 פעמים. לכן לא מתאים לחיפוש המבוסס על מאמרים חדשים. 
לא מתאים לחיפושים רב תחומיים - עובד רק על פאבמד, הממוקד בתחום הביו-רפואי. 
הורדת תוצאות רק לאקסל נכון להיום.
לא ניתן (נכון לעכשיו?) לראות את רשימת המאמרים המצטטים אלא רק את מספרם.
לקבלת אפשרות מלאה של חיפוש יש להזמין אחרים להרשם עם לינק ייחודי למשתמש.

מידע נוסף

התוסף פורסם לראשונה בנובמבר 2019, ונכון להיום עדין בגרסת Beta. מקור המידע לגבי הציטוטים עליו מתבסס התוסף הוא מקור חדש חופשי לשימוש NIH Open Citation Collection OCC. עוד על הכלי והשוואה לכלים דומים ניתן לקרוא בבלוג של Aaron Tay, ספרן ובלוגר מסינגפור. 

סרטוני הדרכה

לצפיה בסרטון הדרכה קצר על השימוש בכלי לחצו כאן

להדרכה מפורטת יותר על הכלי לחצו כאן

לסיכום

לדעתי כלי שימושי מאוד, נסו ועדכנו מה דעתכם!

יום רביעי, 25 בנובמבר 2020

PubPeer: post-publication peer review

PubPeer היא פלטפורמה שהושקה לראשונה בשנת 2012. מטרת הפלטפורמה היא לשפר את האיכות של המחקר המדעי באמצעות יצירת אינטרקציה ואפשרות לתגובות על המאמרים לאחר פרסומם, במה שנקרא Post-publication peer review. 


תמונה 1. https://pubpeer.com/

איך זה עובד?

בתיבת החיפוש שבראש דף הבית (תמונה 1)  של PubPeer ניתן לחפש כל מאמר על מנת להגיב או לקרוא תגובות, בתנאי שיש למאמר מזהה דיגיטלי אחד מהבאים:
(digital object identifier (DOI
PubMed ID
ArXiv ID

ניתן להגיב כמשתמש גלוי או אנונימי. התגובות של משתמשים אנונימיים עוברות בדיקה טרם אישורן לפרסום. על מנת לפתוח חשבון גלוי באופן עצמאי יש להיות מחברו של לפחות מאמר אחד. למי שאין פרסומים ורוצה לפתוח חשבון גלוי, ניתן לפנות ישירות למנהלי האתר לפתיחת חשבון. מי שפותח חשבון אנונימי מקבל שם משתמש לפי בחירת האתר, וכן קוד סודי שבאמצעותו הוא מבצע את פרסום התגובה. 
בתגובות למאמרים נכללים גם ציוצים מטוויטר אודות המאמר המדובר, וכן פוסטים מבלוגים ומקורות מידע נוספים המתייחסים למאמר. 
בכל מאמר שמוזכר במאגר יש קישור למאמר המקורי, ואפשרות להרשמה לקבלת התראות על תגובות חדשות (תמונה 2).


תמונה 2. קישור למאמר המקורי והרשמה לעדכון על תגובות חדשות.


תוספים

ל - PubPeer תוסף המתאים לדפדפנים כרום, ספארי ופיירפוקס. בהתקנת התוסף, מקבלים התראה כשפותחים מאמר שלגביו נרשמה תגובה ב - PubPeer. עובד עקרונית בכל מקום ברשת, אך בעיקר בפאבמד ובאתר כתב העת. כמו כן קיים תוסף המתאים לתוכנה לניהול ציטוטים זוטרו. להורדת התוספים לחצו כאן.


Peeriodicals

בשנת 2018 הושק באתר המיזם Peeriodicals, המאפשר לכל מי שמעונין ליצור מעין כתב עת אישי על פי בחירתו. בכתב עת זה אוסף העורך (את/ה) מאמרים על בחירתו, ויכול להוסיף להם הקדמה ותגיות. הקוראים יכולים להרשם לקבלת עדכונים על מאמרים חדשים בכל כתב עת כזה. כתבי העת שנוצרו עד כה מחולקים לפי קטגוריות לאיתור קל יותר שך הנושא הרצוי. 

https://peeriodicals.com/


לסיכום, האתר מספק אפשרות להגיב ולשפר את איכות הפרסומים המדעיים, וכן מאפשר ליצור אוסף פרסומים על פי בחירה אישית. על ההשפעה של PubPeer על עולם המדע אפשר ללמוד בין היתר מפוסטים שנכתבו אודותיה בבלוג Retraction Watch, המסקר מאמרים שהוסרו מהספרות מסיבה זו או אחרת. מענין לעקוב אחריו בשנים הבאות, ונראה שנחיצותו גדולה במיוחד בימים אלה של מגיפת הקורונה, שבהם תהליך בקרת העמיתים טרום הפרסום, אם בכלל מתרחש, הוא במקרים רבים לא מספק. למשל, חיפוש של המונח covid-19 הניב נכון להיום 1452 תגובות במאגר. 

יום שני, 26 באוקטובר 2020

JSTOR - כל הסיבות להתחיל להשתמש בו עוד היום

את הפוסט הנוכחי אני רוצה להתחיל בווידוי קצר - עד לאחרונה לא הכרתי כמעט את מאגר המידע האקדמי JSTOR. הוא אינו נמצא ברשימת המאגרים הנפוצים בשימוש בתחומי המדעים, בהיותו מאגר רב תחומי העוסק גם במדעי הרוח. הגעתי אליו לאחר ששמעתי בדרך אגב על כלי בפיתוח JSTOR Labs - כלי מבוסס בינה מלאכותית שנקרא Text Analyzer, ומאפשר חיפוש מידע על סמך טקסט. הכלי המדובר אכן מענין ושימושי, אך לפני שנפנה להכיר אותו רציתי לשתף במידע שלמדתי אודות JSTOR, ובכלים שימושיים נוספים שקיימים בו. 

קצת רקע על JSTOR

JSTOR הוא מאגר מידע אקדמי רב תחומי הכולל מידע ביותר מ – 75 דיסיפלינות. בתחום הרפואה ניתן למנות את התחומים הבאים : Health Policy, Health Sciences, Public Health. בנוסף ניתן למצוא בו מידע בנושאים כמו כימיה, ביולוגיה, מדעי הסביבה, חקלאות ועוד...
JSTOR מכסה למעלה מ - 2600 כתבי עת, ובימים אלה חצה את רף המאה אלף ספרים דיגיטליים. בנוסף מכסה האתר יותר משני מליון פריטי מידע ראשוני מארבעה מקורות

JSTOR הוא חלק מארגון בשם ITHEKA, ארגון ללא כוונת רווח הכולל בתוכו שירותים נוספים כמפורט בתמונה 1. 

תמונה 1. https://www.ithaka.org/

כלים שימושיים ב - JSTOR

חשבון אישי ללא תשלום

JSTOR מאפשר לכל משתמש, גם למי שאין גישה מוסדית למאגר, לפתוח בחינם חשבון אישי (עם פרטי חשבון גוגל). אולי כאן גם המקום לציין שהגלישה והחיפוש באתר הם חופשיים. 
חשבון אישי מאפשר:
  • גישה למאמרים שאינם פתוחים: באופן רגיל יש גישה לשישה מאמרים בחודש לבעלי חשבון אישי. כעת בתקופת הקורונה ניתנת גישה חופשית למאה מאמרים (שאינם חופשיים) בחודש, עד 31.12.2020, וככל הנראה גישה זו תוארך עד יוני 2021
  • אזור אישי לשמירת מאמרים - Workspace.
  • שיתוף מאמרים עם אחרים באמצעות המייל ו/או הורדת קבצים לתוכנה לניהול ציטוטים.

חיפוש מתקדם - מתקדם

בחיפוש המתקדם של JSTOR ניתן למצוא תכונה הקיימת בדרך כלל רק במאגרי מידע שהשימוש בהם הוא בתשלום - חיפוש באמצעות Proximity Operators - פקודות חיפוש שמאפשרות לחפש מונחים המצויים במרחק של מספר מלים זה מזה ולאו דווקא צמודים כביטוי או במרחק בלתי מוגדר. ב - JSTOR ניתן להגדיר חיפוש במרחק של  5/10/25 מלים.

Text Analyzer

הכלי שהביא אותי ל - JSTOR  מלכתחילה הוא הכלי שמפותח ב - JSTOR Labs ונקרא Text Analyzer. כלי זה, בדומה לכלים דומים נוספים שמוכרים כיום דוגמת Iris.ai או Mesh on Demand, מנתח את הטקסט שמכניסים אליו, ממצה מתוכו את המונחים העיקריים ומבצע חיפוש של מידע נוסף על סמך מונחים אלה. אנו כמשתמשים נדרשים לספק את הטקסט, ולא לחשוב לבד אילו מילות חיפוש להכניס. 

איך זה עובד?

הגישה ל - Text Analyzer היא מתפריט Tools בדף הבית, והשימוש בו הוא חופשי. הוא עדין בגרסת BETA, הערות יתקבלו על ידי המפתחים בברכה. ניתן לשימוש גם מטלפון חכם.
בחלונית של הכלי יש להכניס את הטקסט שיהווה את הבסיס לחיפוש. ניתן להדביק טקסט או קישור למאמר, או להעלות/לגרור קבצים מסוגים שונים. ניתן להעלות טקסט  ב – 15 שפות! כולל עברית, ערבית, רוסית, ספרדית (תוצאות מתקבלות באנגלית).
לאחר העלאת הטקסט הכלי מעבד אותו וממצה ממנו נושאים, אנשים, מקומות וארגונים. בעזרת נושאים אלה הוא מחפש במידע הקיים ב – JSTOR ומציג את התוצאות. ניתן לשנות ולהוסיף מונחים לחיפוש לפי הצורך, וכן לקבוע מה תהיה מידת ההשפעה של כל מונח על התוצאות. את תוצאות החיפוש ניתן לסנן גם לפי פילטרים של שנים, סוג הפרסום וגישה לטקסט. 
מידע נוסף על הכלי ואופן פעולתו ניתן לקרוא כאן. כמו כן מומלץ לצפות בסרטונים המובאים להלן לקבלת הדרכה נוספת על השימוש בכלי.

מידע נוסף - סרטוני הדרכה

בערוץ היוטיוב של JSTOR יש סרטוני הדרכה על החיפוש באתר ועל השימוש בכלי Text Analyzer. בנוסף ניתן לצפות בהקלטת השידור החי שקיימתי לאחרונה על JSTOR. 


לסיכום, הן המאגר JSTOR והן הכלים שהוא מציע, ובראשם ה - Text Analyzer הם שימושיים, ידידותיים וחופשיים. גם הגישה החופשית למאמרים בתשלום הורחבה מאוד בחסות מגיפת הקורונה. בהיותו מאגר רב תחומי, כל אחד יכול למצוא בו מידע בנושאים המעניינים אותו, וגם מידע הנושק למספר תחומים. מומלץ מאוד להכיר את המאגר, ולהוסיף אותו לארגז הכלים. 

סקולר נגד סקולר (נגד סקולר)

תחום התוספים לדפדפן מתחמם בשני מנועי החיפוש המובילים Semantic Scholar ו - Google Scholar. 

Google Scholar הוציאו עדכון לתוסף, הקיים כבר משנת 2015. ב - Semantic Scholar השיקו בימים אלה לראשונה תוסף לדפדפני כרום ופיירפוקס. 

עדכונים לתוסף של Google Scholar



התוסף של Google Scholar קיבל עדכון גרסה לכבוד יום הולדתו החמישי, וכעת ניתן לעשות באמצעותו כמעט כל מה שניתן לעשות גם מהאתר עצמו, מכל דף אינטרנט שבו נמצאים. בלחיצה על התוסף ניתן לנסות לאתר טקסט מלא של מאמר, לקבל ציטוט מעוצב, לחזור לחיפוש קודם ועוד.
לאחר העדכון החדש ניתן לשמור ישירות מהתוסף מאמרים לספריה האישית ב - Google Scholar, וגם לגשת לספריה האישית. בנוסף, גם בקריאת קובץ PDF מהרשת Google Scholar יזהה את המאמר באתר ויאפשר שמירה שלו, קבלת ציטוט, חיפוש מאמרים דומים ועוד. 
מידע נוסף על העדכון לתוסף ניתן לקרוא בפוסט מהבלוג של  Google Scholar בנושא.
לדעתי תוסף מאוד שימושי, ששווה להתקין אם הוא עוד לא נמצא בדפדפן שלכם (כרום או פיירפוקס). 

תמונה 1. מגוון האפשרויות שנותן התוסף של Google Scholar.


תוסף חדש לדפדפן של Semantic Scholar




במנוע החיפוש Semantic Scholar השיקו לראשונה תוסף לדפדפן, שמקצר את הדרך לאתר מכל דף אינטרנט שבו תהיו. התוסף בגרסתו הראשונה מספק תכונות בסיסיות יחסית לתוסף של Google Scholar: מסמנים קטע מטקסט או כותרת מאמר שפתוח בדפדפן, והתוסף מאפשר לבצע חיפוש עם המקטע המסומן ישירות ב - Semantic Scholar או למצוא את המאמר באתר. לאחר שמגיעים לאתר ניתן לשמור את המאמר בספריה האישית, ליצור Feed מותאם אישית ממנו, וכל יתר התכונות שמציע Semantic Scholar. בחלק מהמקרים לא נדרש לסמן את הכותרת על מנת שהתוסף יזהה אותה, למשל ב - PubMed, ובחלק מהמקרים חייבים לסמן את הכותרת לצורך זיהוייה. 
את ההודעה על ההשקה ניתן לראות כאן. סביר להניח שנראה תכונות נוספות לכלי הזה בהמשך. גם את הגרסה הראשונה שווה להתקין כדי להגיע למאמרים/ליצור חיפושים בקליק ב - Semantic Scholar. 


מי ה - Scholar החדש בשכונה? Internet Archive Scholar


תמונה 2. Internet Archive Scholar


מנוע חיפוש חדש למאמרים בטקסט מלא מבית  Internet Archive  שנקרא  Internet Archive Scholar הושק לאחרונה בגרסת אלפא. הוא מכסה כעת כ - 25 מליון מאמרים בטקסט מלא. פרוייקט נוסף של Internet Archive שנקרא Fatcat מכסה את אותם מאמרים בטקסט מלא,  בתוספת פרסומים להם קיים מטא דאטה (מידע על מידע) בלבד. 
האתר מכסה מאמרים מהמאה ה - 18 ועד היום, וכולל גם כיסוי של מאמרים מכתבי עת בגישה פתוחה שלא ניתן יותר למצוא ברשת במקומות אחרים. יתכן והסיבה להעלמות מאמרים היא קשיים במימון התחזוקה של שרתים וכדומה, אך ייתכן וגם מדובר במאמרים מכתבי עת טורפים (כתבי עת שלא עורכים בקרת עמיתים או בקרה כלשהי למאמרים המפורסמים בהם), וכמו תמיד נכון הכלל של בדיקת כל מאמר לגופו בשאלת באיכות. מידע נוסף ניתן לקרוא כאן.

ותראו מה קורה אם Internet Archive Scholar  לא מוצא כלום בתשובה לשאילתה שלכם? הוא מפנה למנועי ה - Scholar האחרים! לזה אני קוראת שיתף פעולה.

תמונה 3 : ההודעה המתקבלת אם אין תוצאות במנוע החיפוש

אז אם שלושת "הסקולרים" משתפים פעולה, אולי עוד יש סיכוי לשלום עולמי. ובינתיים, נסו את הכלים החדשים ושתפו מה דעתכם!

יום שלישי, 22 בספטמבר 2020

MeSH on Demand - תמיד לשרותך

תמונה 1. MeSH on Demand

מבוא - על בינה מלאכותית ב - PubMed

כלים מבוססי בינה מלאכותית נכנסים יותר ויותר לשימוש יומיומי במגוון תחומים, וכך גם בתחום מנועי החיפוש. מנוע החיפוש הוותיק לאיתור מידע בתחום הביו-רפואה PubMed עודנו מבוסס בעיקר על טכנולוגיה של בינה אנושית - אחזור מידע באמצעות מילות מפתח שנקבעו על ידי אנשים (מונחי MeSH). אולם גם ב - PubMed יש ניצנים של שימוש בטכנולוגיה של בינה מלאכותית. את השימוש העיקרי בטכנולוגיה זו ניתן לראות בצורת הסידור של תוצאות החיפוש, שכעת היא ברירת המחדל של האתר, הנקראת Best match. Best match הוא אלגוריתם מבוסס בינה מלאכותית, שמבוסס בין היתר על למידה של התנהגות מליוני המשתמשים של האתר, ומטרתו להביא את התוצאות הרלוונטיות ביותר לדף התוצאות הראשון. 

מי אתה MeSH on Demand?

MeSH on Demand הוא כלי נוסף של PubMed המבוסס על בינה מלאכותית. הוא מעט נסתר מן העין, אך ניתן להגיע אליו בקלות מדף הבית של PubMed כמתואר בתרשים 1. הכלי מאפשר להדביק בתוכו טקסט של עד 10,000 תוים (כחמישה עמודים מודפסים), אך ניתן לכתוב בו גם מספר מלים בודדות. מתוך הטקסט שנכניס אליו, יודע MeSH on Demand להדגיש את המלים מתוכו שמתאימות למונחי MeSH קיימים, ולתת הסבר על כל מונח. בנוסף, הוא נותן רשימה של 10 מאמרים המתאימים למונחים הללו  ב - PubMed. 

חיפוש באמצעות MeSH on Demand

אולי החלק הכי שימושי בכלי הוא האפשרות ליצור חיפוש מתוחכם ישירות  ב – PubMed מהמונחים שנמצאו או רחבים יותר. את התהליך מתחילים בלחיצה על הכפתור Start PubMed Search שנמצא מימין לתיבת החיפוש. בלחיצה עליו מתקבל "תפריט" של המונחים שאותרו בחיפוש, ולצידם גם המונחים בעלי המשמעות הרחבה  יותר לשימוש לפי הצורך. מסמנים את המונחים הרצויים לחיפוש ולוחצים על Search in PubMed כמתואר בתמונה 2. 

תמונה 2. בחירת מונחי חיפוש מתוך Mesh on Demand


החיפוש המתקבל ב - PubMed הוא חיפוש מתוחכם, לדעתי אפילו יותר מזה שמתקבל כשעושים חיפוש ב - 
PubMed עצמו. כפי שניתן לראות בפירוט פרטי החיפוש (מהחיפוש המתקדם של PubMed, תמונה 3) כל מונח שבחרנו מופיע עם תוית של MeSH  וגם ללא תוית, שזה מקביל לתוית All Fields בחיפוש הרגיל. אולם אם יש מלים נרדפות , כמו למשל בדוגמה למונח Celiac Disease, הוא מוסיף אותן גם לחיפוש, מה שלא קורה בחיפוש רגיל. שווה!

תמונה 3. פרטי החיפוש המתקבל מחיפוש ב - PubMed דרך Mesh on Demand



איך מגיעים ל - MeSH on Demand ?

הגישה לכלי MeSH on Demand היא דרך דף הבית של PubMed כמתואר בתרשים 1.

תרשים 1. איך מגיעים ל - MeSH on Demand

סרטון הדרכה על השימוש ב - MeSH on Demand

לצפיה בסרטון הדרכה על  MeSH on Demand לחצו כאן או ראו להלן. הסרטון הוא מתוך סדרת השידורים החיים בנושאי מידענות "ראשון בלייב" בקהילה לא מחפשים.מוצאים מדי יום ראשון בשעה 21:00. מוזמנים להצטרף! 



יום שישי, 11 בספטמבר 2020

מידע גנטי פלוס

 על פי הודעת הספרייה הלאומית לרפואה, NLM, החל מ - 1.10.2020 יוסר מהרשת האתר Genetics Home Reference. 

המידע מאתר זה יופיע כעת באתר MedlinePlus באזור ייעודי תחת השם  MedlinePlus Genetics. המידע שהועבר כולל פירוט על מעל 1300 מצבים גנטיים, מעל 1400 גנים, וכן ספר הדרכה בשפה פשוטה על תחום הגנטיקה. פירוט נוסף על המידע שקיים כעת ב - MedlinePlus Genetics ניתן לקרוא כאן

האתר MedlinePlus מיועד קודם כל לציבור הרחב, אולם גם אנשי מקצוע בתחום הרפואה והמידע יכולים ליהנות מהשימוש בו. כמקובל באתרים של הספריה הלאומית לרפואה, NLM, קיימים קישורים בין מקורות המידע שהיא מספקת בכל אתר ואתר. כך למשל בדף מידע על מחלה מסויימת ניתן למצוא קישורים למחקרים קליניים בתחום מאתר ClinicalTrials.gov, חיפוש מוכן בצורה מקצועית וממוקדת בפאבמד בלחיצת כפתור, רשימה של מלים נרדפות למונח ומקורות מידע נוספים. דוגמה לכך ניתן לראות למשל בדף על  Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency בסעיף Additional Information & Resources.

גנטיקה ב - MedlinePlus

לסיכום, אתר הכולל מידע רב ערך, הן לציבור הרחב והן לאנשי מקצוע, ממקורות מבוססים עליהם ניתן להסתמך. המעבר למיקום החדש יהפוך את המידע לנגיש יותר, היות ואתר MedlinePlus הוא אתר ידוע הנמצא בשימוש רב, ועל כל כן נראה שהעברת המידע אליו היא צעד מבורך.

יום רביעי, 2 בספטמבר 2020

Vivli - פלטפורמה לשיתוף מידע גולמי ממחקרים קליניים

Vivli, ארגון ללא כוונת רווח,  השיק לפני כשנתיים (יולי 2018), פלטפורמה גלובלית שמטרתה לקדם את המחקר בתחום הרפואה על ידי שיתוף מידע ממחקרים קליניים ברמת הנחקר הבודד.  המטרה היא לאפשר שימוש חוזר בנתוני הנחקרים על מנת לאפשר מחקרים בזמן קצר יותר תוך ניצול המשאבים ממחקרים קליניים שכבר הסתיימו. 

הארגון המייסד של Vivily הוא -

  The Multi-Regional Clinical Trials Center of Brigham and Women’s Hospital and Harvard 



התוכן ב - Vivily

פירוט מלא של הסטטיסטיקות של הפלטפורמה ניתן לראות כאן. נכון להיום כוללת הפלטפורמה מידע על יותר משלושה מליון נבדקים ומעל 5400 מחקרים. שלושת הנושאים המבוקשים ביותר בחיפוש אחר נתונים הם איך לא וירוס הקורונה החדש, ואחריו מחלת האלצהיימר ומחלת הסוכרת. 28 גופים נמנים נכון להיום בין התורמים של המידע לפלטפורמה, בהם חברות תרופות ומרכזי מחקר.

החיפוש ב - Vivily ותהליך העבודה על הנתונים

ניתן לחפש מחקרים ב - Vivli בשלוש דרכים - על פי מספר המחקר אם הוא ידוע, לפי מילות מפתח, או באמצעות חיפוש מובנה על פי מונחי PICO. מונחי החיפוש המבוקרים המשמשים להרחבת או צמצום החיפוש באמצעות PICO הם פרי שיתוף פעולה בין Vivli ל - Cochrane

לאחר איתור המחקר/ים המתאימ/ים יש להגיש בקשה לקבלת הנתונים. לצורך כך יש לפתוח חשבון חינמי באתר. בטופס הבקשה ממלאים פרטים על המחקר המתוכנן להתבצע. במידה ומתקבל אישור לשימוש בנתונים, מקבלים גישה לפלטפורמה מאובטחת בה ניתן לפתוח את הקבצים ולבצע בהם ניתוחים סטטיסטיים. הפלטפורמה מאפשרת גם גישה לתוכנות סטטיסטיות נפוצות. את הנתונים לא ניתן להוריד מהפלטפורמה, אלא אם מתקבל אישור נוסף מיוחד לכך, לאחר שמוודאים שנמחק כל פרט מזהה אפשרי של משתתפי המחקר המקורי. 

סרטון קצר, המסביר את אופן החיפוש בפלטפורמה ואת אופן הגשת הבקשה לקבלת הנתונים והעבודה איתם, ניתן לראות כאן. תיאור גרפי של התהליך ניתן לראות כאן

לסיכום, נראה כי למיזם של Vivli פוטנציאל אמיתי של קידום המחקר ברפואה באמצעות הנגשת נתוני מחקר, שעד כה לא היו פתוחים למחקר העולמי. למרות שנושא השיתוף של נתוני מחקר באופן פתוח הולך וצובר תאוצה בימים אלה, באתרים דוגמת Figshare או Dryad, בפלטפורמה של Vivli ניתן למצוא נתונים גולמיים איכותיים שלא פתוחים במקומות אחרים.

יום ראשון, 26 ביולי 2020

הסטטיסטיקות של גוגל סקולר 2020

כמדי שנה, מפרסם גוגל סקולר את סטטיסטיקת הציטוטים של המאמרים המאונדקסים על ידו. הנתונים מתייחסים למאמרים שפורסמו בשנים 2015-2019, והופיעו במאגר נכון לחודש יוני 2020. 
ניתן לראות את הנתונים של כתבי עת לפי קטגוריות כלליות, למשל   Health & Medical Sciences  או קטגוריות ספציפיות יותר, למשל Nutrition Science (תמונה 1) . בכל קטגוריה יופיעו 20 כתבי העת המובילים בתחום על פי H Index.  כמו כן ניתן לראות את 100 כתבי העת המובילים לפי שפות נבחרות. בכל כתב עת ניתן לראות את 20 המאמרים  המצוטטים ביותר  בלחיצה על הקישור בטור של  h5-index
כתבי עת שאינם מופיעים בחלוקה לפי קטגוריות/שפות ניתן לאתר על ידי הכנסת מלים משם כתב העת בתיבת החיפוש. בתמונה 2 מודגש היכן ניתן לראות מאמרים לפי קטגוריות, לפי שפות או היכן לחפש כתבי עת לפי בחירה.


תמונה 1. 20 כתבי העת המובילים בתזונה לשנת 2020 לפי גוגל סקולר



תמונה 2. מיון לפי קטגוריה, שפה או חיפוש כתב עת מסוים מסומנים בצהוב בתמונה.


לסיום, הצצתי מה היו 20 המאמרים המובילים בכתב העת המצוטט ביותר בקטגוריה של כתבי עת בתזונה, מי מופתע ששבעה מתוך עשרים עסקו במיקרוביום? נראה אם בשנה הבאה יהיו אפילו יותר😊

יום חמישי, 25 ביוני 2020

Preprints in PubMed

פיילוט חדש מתחיל החודש ב - PubMed, במסגרתו יוכנסו מאמרים מסוג Preprints לראשונה למאגר. וובינר מיוחד שהתקיים לאחרונה מתאר את הפיילוט לפרטי פרטים. ה - Preprints שיוכנסו ל - PubMed, דרך מאגר PMC, יהיו של מחקרים שנעשו באמצעות מימון של ה - NIH, במטרה להגביר ולהקדים את החשיפה לממצאיהם. הדגש הראשוני של ה - Preprints שיוכנסו יהיה מחקרים בנושא מגיפת ה - Covid-19, המגיפה שהדגישה את הצורך בפרסום מהיר ונגיש של מידע מדעי. להדגשת המשמעות של פרסום מהיר, פרסום מאמר בדרכים המקובלות לאחר בקרת עמיתים יכול לקחת חודשים ושנים.

מהו Preprint?

בשלב ראשון יש לשאול מהו בעצם Preprint ? מסתבר שקיימות מגוון הגדרות למונח, שמשתנות גם בהתאם לתחום המחקר. הגדרה מקובלת היא  - גרסה מוקדמת של מאמר מדעי, שפורסמה על ידי המחבר/ים בפלטפורמה בגישה פתוחה, בדרך כלל לפני או במקביל לתהליך של בקרת עמיתים.  
תרשים של שלבי הפרסום של מאמר ניתן לראות בתמונה 1, הלקוחה מתוך הוובינר של רשת הספריות לרפואה בארצות הברית  (NNLM), שהתקיים לרגל תחילת הפיילוט. ההבדל העיקרי בין Preprint ל - Postprint הוא בקרת העמיתים שעבר ה -  Postprint,  כמו כן ל - Preprint ול - Postprint לא יהיה אותו מספר מזהה דיגיטלי DOI, בעוד ל -  Postprint ול - Published כן יהיה מספר DOI זהה שניתן על ידי המו"ל. 


תמונה 1. מקומו של  Preprint בשלבי הפרסום של מאמר מהסרטון


איך נזהה Preprint ב - PubMed?

על מנת להבטיח את שקיפות הפרסום, בכל רשומה של מאמר שהוא Preprint ב - PubMed תופיע הערה בצבע ירוק המדגישה שמדובר ב - Preprint שטרם עבר בקרת עמיתים (תמונה 2).


תמונה 2. תצוגה של Preprint ב - PubMed


בנוסף, ברשימת הפילטרים של PubMed  ניתן לראות כעת פילטר מיוחד בקטגוריה של Article Type עבור Preprint (תמונה 3). פילטר זה מאפשר חיפוש ממוקד של פרסומים אלה, וגם מאפשר להוריד פרסומים אלה מהחיפוש לפי הצורך באמצעות האופרטור NOT.

תמונה 3. פילטר עבור Preprint


מענין לראות איך יתקדם הפיילוט ומה יהיו מסקנותיו. על כך נשתמע בשנה הבאה!

יום ראשון, 21 ביוני 2020

Connected Papers - כלי ויזואלי חדש לאיתור מאמרים

מה אתם עושים כשאתם פוגשים חברים בסופי שבוע? אולי הולכים לים או יושבים לקפה? ובכן, יש חברים שנפגשים ומפתחים אתרים ופתרונות טכנולוגיים בזמן הזה. והפעם מדובר בחברים ישראלים - אלכס טרנבסקי איתן, אדי סמולנסקי ואיתי כנען הרפז -שחולקים במשך שנים את התסכול, אותו חשים רבים לעתים קרובות בעת ביצוע סקירת ספרות מדעית. וכך, כפרוייקט צדדי בפגישות בסופי שבוע נולד האתר.
הכלי שפיתחו השלושה נקרא Connected Papers , והוא מאפשר לאתר בקלות מאמרים דומים למאמר אחד שכבר יש לכם בתחום מסויים, ואת הקשרים ביניהם. הכלי הושק בראשית חודש יוני השנה, והוא קל ונוח לתפעול, וחופשי לשימוש (כרגע לא נתמך במובייל).

איך זה עובד?

העבודה עם Connected Papers מתחילה בהכנסת פרטי מאמר שברשותכם, שתרצו למצוא מאמרים הדומים לו. ניתן להכניס לכלי את מאמר המקור במגוון דרכים, כולל קישור מ - PubMed או Semantic Scholar, כותרת המאמר או מספר ה - DOI שלו (תמונה 1). 
לאחר זיהוי המאמר, הכלי סורק כ - 50 אלף מאמרים במאגר המידע Semantic Scholar, ומציג את הרלוונטיים ביותר מביניהם (כמה עשרות) בגרף. מכיון ש - Semantic Scholar הוא רב תחומי, הכלי מתאים למגוון תחומי מחקר.

העיקרון המוביל לקביעת הדמיון בין המאמרים הוא חפיפה מקסימלית בין המאמרים המופיעים ברשימות הביבליוגרפיות של שניהם. ככל שיש יותר דמיון בי הרשימות, כך סביר להניח שהמאמרים עוסקים באותו נושא. אין חובה שמאמרים יצטטו אחד את השני כדי לקבוע שהם דומים. ולפי הסבר שקיבלתי מיוצרי הכלי: הרעיון הוא שאם לשני מאמרים יש רשימות רפרנסים דומות אז הם כנראה באותו נושא (Bibliographic coupling). בנוסף, אם מאמרים אחרים מצטטים את שני המאמרים האלה ביחד אז הם גם כנראה באותו נושא (Co-citation).
ומחשבה שלי על הנושא: בדיקת הדמיון בין המאמרים באמצעות הרשימה הביבליוגרפית שלהם, ולא על פי הטקסט המלא שלהם, כמקובל במנועי חיפוש אחרים מבוססי בינה מלאכותית, מאפשרת בדיקה יסודית גם של מאמרים שאין גישה אל הטקסט המלא שלהם, היות והרשימות הביבליוגרפיות של מאמרים הן פתוחות לציבור בכל מקרה. 


תמונה 1. כל הדרכים להתחיל חיפוש ב - https://www.connectedpapers.com/

קריאת הגרף

מטרת הגרף המתקבל לאחר עיבוד המאמר שהוכנס לכלי היא להציג בצורה בולטת את המאמרים החשובים והרלוונטיים ביותר.  כל בועה בגרף מייצגת מאמר. ככל שהיא גדולה יותר, המאמר צוטט יותר פעמים, וככל שהיא כהה יותר המאמר חדש יותר. מאמרים דומים יופיעו בקבוצות (תמונה 2). 

מאמרים מקוריים ומאמרים נגזרים

אפשרות נוספת שקיימת בכלי היא קבלת מאמרים "מייסדים" (Prior works) ומאמרים "נגזרים" (Derivative works). מאמרים מייסדים (Ancestral papers) הם בד"כ מאמרים מקוריים, שהשפיעו ביותר על התחום ועל הדורות הבאים של המחקר. מאמרים נגזרים הם בד"כ סקירות שיטתיות, מטא-אנליזות או מאמרי State of the art המסכמים את הנעשה בתחום. 
אפשרות זו מקלה על זיהוי יסידות התחום הנבדק, ומעקב אחר התפתחותו לאורך השנים. 
המאמרים שמוגדרים כ - Prior/Derivative לא יופיעו בד"כ בגרף עצמו. בלחיצה על מאמר המופיע ברשימת ה- Prior/Derivative יסומנו בכחול כל המאמרים בגרף המצטטים אותו/מצוטטים על ידו, ולחיצה על מאמר המופיע בגרף תסמן בכחול את כל המאמרים ב - Prior/Derivative המצטטים אותו/מצוטטים על ידו (הסימון מופיע הן בתצוגת הרשימה והן בתצוגה הגרפית).

תמונה 2. גרף לדוגמה מ - Connected Papers

מידע נוסף

הספרן והבלוגר מסינגפור Aaron Tay  כתב לאחרונה פוסט מפורט בבלוג שלו על כלים נוספים המשתמשים במידע הביבליוגרפי לאיתור מאמרים, והספיק להכניס גם סקירה מפורטת על Connected Papers. שווה לקרוא את הסקירה ולהכיר כלים נוספים ואת היתרונות והחסרונות שלהם. 

לסיכום

מההתנסות שלי עד כה הכלי פשוט לשימוש, ומסייע למקד מאמרים בנושא מסויים בלי לטבוע בים של חומר. גם האופציה של קבלת מאמרי בסיס ומאמרים מסכמים שימושית. התוספת המתבקשת לכלי, שאחת ממטרותיו היא לסייע באיתור מאמרים לעבודות אקדמיות, היא אפשרות לייצא את המאמרים המתקבלים בחיפוש לתוכנה לניהול ציטוטים. בפניה למפתחי האתר נמסר לי כי הבקשה להוספת אפשרות זו עולה הרבה בקרב המשתמשים, והפרשנות שלי היא כי סביר להניח שאכן נראה אפשרות זו בהמשך. צריך לזכור שהכלי הושק רק החודש, כך שניתן לצפות לחידושים ושיפורים בעתיד. אשמח לשמוע אם התנסיתם בכלי ומה דעתכם?


יום רביעי, 10 ביוני 2020

ספרים רבותי ספרים

חודש יוני הוא חודש הספר, ועל אף שהשנה בוטלו ירידי הספרים עקב הקורונה, בספרים הדיגיטליים ניתן עדיין לצפות באופן חופשי. מנצלת את ההזדמנות לציין שני מקורות לספרים אקדמיים ברשת.

BookShelf - מדף הספרים של PubMed

BookShelf הוא מאגר הספרים בטקסט מלא של PubMed. המאגר הושק לראשונה בשנת 1999 (שלוש שנים לאחר שהושק PubMed עצמו) עם הטקסט המלא של המהדורה השלישית (שנת 1995) של הספר Molecular biology of the cell, המוכר היטב לכל מי שלמד תואר במדעי החיים. כעת ניתן לקרוא בו את מהדורה 4 משנת 2002. המהדורה האחרונה שהתפרסמה נכון להיום היא מהדורה 6 משנת 2015.  
BookShelf מכסה כיום מעל 7500 פרסומים במדעי החיים והרפואה, ומארח מעל 15 מליון מבקרים בחודש. כ - 300 פרסומים נוספים אליו מדי חודש.
למרות שמו, למעשה רק 1% מהפרסומים שמכסה המאגר הם ספרים (Textbooks). סוגי הפרסומים הנוספים במאגר הם בין היתר סקירות שיטתיות, דו"חות, הנחיות קליניות ומונוגרפים. על אף אחוז הספרים הנמוך מכלל החומר במאגר, הספרים הם אלה שזוכים לשימוש הגבוה ביותר.
ספרים מעניינים שאפשר לציין מהאוסף הם למשל הספר Hormones, Metabolism and the Benefits of Exercise או הספר Public Health Ethics: Cases Spanning the Globe

התוכן של BookShelf
תמונה 1. התוכן של BookShelf (מקור: סרטון זה)

מאגרי מידע בתוך BookShelf

תוכן האתר כולל גם מספר מאגרי מידע, בין היתר מאגרים שהועברו אליו מאתר Toxnet שהוסר מהרשת. שני מאגרים חשובים ושימושיים שאפשר לציין בהקשר זה הם מאגר LactMed, הכולל מידע רב על השפעת תרופות שונות על הנקה. הודעה על העברת המאגר ל- BookShelf אפשר לקרוא כאן, וכן מאגר Liver Tox הכולל מידע על תרופות, תוספי תזונה וחומרים נוספים העלולים לגרום לנזק לכבד. מאגרים אלה מתעדכנים באופן שוטף. מידע נוסף והדרכה לחיפוש במאגרים LactMed ו- Liver Tox ניתן לראות כאן בוובינר מיוני 2020 בנושא. 

איך מגיעים ב - BookShelf?

התוכן המכוסה על ידי BookShelf כלול ב - PubMed, כך שפריטים מתוכו יעלו בהתאם לחיפושים שתבצעו.  אם רוצים לחפש ישירות ב - BookShelf ניתן להגיע אליו דרך הקישורים שבתחתית דף הבית של  PubMed כמתואר בתמונה 2.


תמונה 2. גישה ישירה  ל - BookShelf מהקישורים בתחתית דף הבית של  PubMed


ניתן גם לסנן את תוצאות החיפוש ב -  PubMed לתוכן שמקורו ב -  BookShelf  על ידי שימוש בפילטרים המובנים של PubMed כמתואר בתמונה 3:

תמונה 3.סינון תוכן של חיפוש ב - PubMed למידע מ - BookShelf בלבד


לסינון מדוייק של ספרים או פרקים מספרים או ניתן להשתמש בחיפושים ללא תגית עם המונחים במתואר בתמונה 4:


תמונה 4. חיפושים ממוקדים לספרים ופרקים מספרים


מידע נוסף על אופן השימוש ב - BookShelf וכן רקע כללי על המאגר ניתן לראות כאן בסרטון
הרשמה לעדכונים על חומר חדש שעולה לאתר או עדכונים על חיפושים שנעשו ניתן לקבל באמצעות RSS מדף הבית של BookShelf או באמצעות Create Alert  ב - PubMed. 

Open Research Library


המטרה של Open Research Library, שהושקה רשמית בינואר השנה על פי הבלוג של ד"ר יפה אהרוני, היא להוות פלטפורמה שבה ירוכזו כל הספרים בגישה פתוחה שעברו בקרת עמיתים. בספריה נכון להיום מעל 20 אלף ספרים ופרסומים מדעיים נוספים, כולם בגישה פתוחה. ניתן לגלוש לפי קטגוריה או לפי המו"ל, ולשמור סימניות, הערות ומועדפים בחשבון אישי. שווה לגלוש קצת בין הקטגוריות או להשתמש באופציית החיפוש לאיתור הספר הרלוונטי לכם.

יום שבת, 25 באפריל 2020

מי אתה, Meta?


Search less. Discover more

META הוא כלי מבוסס בינה מלאכותית המאפשר לגלות מידע בתחום הביו-רפואה באמצעות יצירה ומעקב אחרי  Feeds מותאמים אישית. הכלי מבוסס על סטארטאפ שנוסד בשנת 2010 ,ונרכש על ידי קרן צ'אן-צוקרברג בשנת 2017 . Meta מכסה מאמרים מ – PubMed ומ – bioRxiv, וממש לאחרונה הוסף גם המאגר  medRxiv. המוטו של האתר  הוא Search less. Discover more, ועם זה אני מניחה שכל קוראות וקוראי הבלוג יזדהו. המשימה של גילוי המאמרים הרלוונטיים לך במהירות אינה קלה, במציאות בה (על פי Meta) מתווספים מדי יום מעל 4000 מאמרים חדשים בתחום הרפואה. זו למעשה היתה הסיבה ליצירת Meta מלכתחילה. השימוש בכלי הוא חופשי וללא פרסומות, בזכות התמיכה של קרן צ'אן-צוקרברג.

איך זה עובד?

השימוש ב - Meta מבוסס על מעקב אחרי  Feeds בנושאים שונים. ניתן לעקוב אחרי Feeds מוכנים הקיימים באתר, או ליצור Feeds אישיים. Feeds אישיים ניתן ליצור למשל על נושא, חוקר או כתב עת, או שילוב ביניהם. את ה - Feeds הקיימים ניתן גם לערוך. על יצירת ועריכת Feed ניתן ללמוד בסרטון הבא. על גילוי  Feeds מוכנים ניתן ללמוד בסרטון הבא. דוגמאות ל - Feeds מוכנים שמחכים לכם ב - Meta:
Nutrition & Diabetes
Diet and Multiple Sclerosis
HIV & Nutrition
Nutrition & Aging
ועוד ועוד...

בכל Feed ניתן לבחור לראות מאמרים מאותו יום או שבוע או חודש, וכן ניתן לסנן את המאמרים לפי סוג הפרסום, דוגמת סקירה, מחקר קליני או תיאור מקרה.

שמירת מאמרים וציטוטם

מאמרים לפי בחירתכם תוכלו לשמור לקריאה מאוחר יותר בתיקיות, או לסנכרן ישירות עם תוכנות לניהול ציטוטים. כעת ניתן לסנכרן עם תוכנת Mendeley. תוכנות נוספות יתווספו בהמשך. סרטון הדרכה על כך ניתן לראות כאן.

שיתוף ומעקב אחרי עדכונים

ניתן לשתף Feeds באמצעות קבלת קישור, אולם כדי לפתוח את הקישור על המקבל להרשם ל - Meta.
התראות על עדכונים ל - Feeds: ניתן לקבל אימייל שבועי עם עדכונים נבחרים, אולם כדי לראות את כל העדכונים יש להכנס לכלי עצמו. הרשמה או ביטול של אימיילים לעדכון אפשר לעשות דרך הפרופיל האישי ב - Meta.

מאמרים בטקסט מלא

במידה והמאמר שבחרתם בגישה חופשית, תקבלו גישה מיידית בלחיצה על כפתור View PDF  שליד המאמר (לאחר בחירה במאמר מסוים). ל - Meta  שיתוף פעולה עם הכלי Kopernio, כך שאם נרשמתם לכלי (בחינם) תוכלו לקבל גישה גם דרכו. גישה למאמרים דרך מוסד אקדמי אם יש לכם, אפשר לקבל ישירות דרך Meta במידה ויש שיתוף פעולה בינו לבין המוסד (הסבר כאן), או באופן עקיף באמצעות Kopernio במידה והמוסד אליו אתם משויכים עובד עם Kopernio. למידע נוסף על Kopernio לחצו כאן.

Meta & Covid -19

ב - META יש Feed מוכן בנושא Covid -19. ניתן פשוט לעקוב אחריו, או לערוך אותו ולהתאים אותו יותר לצרכים האישיים. על עריכת Feed ניתן ללמוד בסרטון הבא.

לסיכום

נראה ש - Meta הוא כלי שמושקעת בו הרבה מחשבה, תוך התייחסות לצרכים של אנשי מקצוע בתחום הרפואה, כמו חיפוש נוח, גישה לטקסט מלא וסינכרון עם תוכנה לניהול ציטוטים. האינטגרציה עם כלים נוספים כמו Mendeley ו - Kopernio מאוד מייעלת את העבודה. כמו כן ניכר שיש פיתוחים נוספים בדרך, הכלי עדין בגרסת בטא, וחידושים נוספים כל הזמן. עדכונים על החידושים ניתן לראות כאן. מידע ועזרה על השימוש ב - Meta  בצורה מפורטת ביותר ובליווי סרטוני וידאו ניתן לראות כאן. המלצה שלי - שווה להשתמש. מה דעתכם? 

יום שני, 20 באפריל 2020

סקירת ספרות חצי אוטומטית - כל השיפורים בגרסה החדשה של Iris.ai

על מנוע החיפוש Iris.ai, המציע סקירת ספרות חצי אוטומטית מבוססת בינה מלאכותית, כתבתי לפני כשנה. כעת יצאה גרסה חדשה של האתר, עם מספר שיפורים מעניינים ששווה להתעכב עליהם. בנוסף, בשל מגפת הקורונה המכה בנו כעת, מאפשרים ב- Iris.ai גישה חופשית לכל הכלים של האתר עד סוף יוני 2020, הזדמנות להתנסות בכל היכולות שהוא מציע, ואולי לשקול לעשות מנוי מוסדי או אישי בהמשך. כל הפרטים כאן.

https://the.iris.ai/

אז מה חדש?

בסוף 2019 יצאה גרסה 6 של הכלי עם מספר שינויים ושיפורים משמעותיים.

שינויים בחשבון חופשי וחשבון פרימיום (בתשלום)

עד כה, חשבון חופשי כלל גישה מלאה ל - Exploration Tool, וללא גישה כלל ל - Focusing Tool. כעת, צומצמו האפשרויות ב - Exploration Tool, בעיקר נחסמה האפשרות להכניס נושא משלך לחיפוש (אלא רק לינק למאמר קיים), וכן לא ניתן לחפש פטנטים. ב - Focusing Tool ניתן כעת להשתמש גם בחשבון החופשי, אך לא ניתן לעבד יותר ממפה אחת בכל פעם. מידע נוסף על האפשרויות החינמיות ובתשלום ועל רכישת מנוי ניתן לראות כאן.

Dark Mode

הוספה אפשרות לשנות את המסך ל - Dark Mode למי שמעדיף, בין היתר להפחתת הסינוור, בעיקר בשעות הלילה. ניתן לשנות זאת בחלק העליון של התפריט הראשי.

הרשמה לעדכונים על מאמרים חדשים במפות

אחד הכלים החביבים עלי במנועי חיפוש הוא האפשרות להרשם לעדכונים על תוצאות חדשות של חיפושים. אפשרות זו קיימת כאן כעת: לאחר שבונים מפת חיפוש ושומרים אותה, ניתן להרשם לעידכונים על מאמרים חדשים שתואמים את המפה.

מקורות מידע לחיפוש

בתחילת הדרך של Iris.ai היה ניתן לבנות מפת חיפוש לפי קישור לסרטוני טד. כעת הוסרה אפשרות זו, אך נוספה אפשרות לחפש במאגר הפטנטים של ארצות הברית US Patent Office.

ייצוא תוצאות החיפוש לתוכנה לניהול ציטוטים

תוספת מבוקשת במיוחד שקיימת כעת: האפשרות לייצא את המאמרים מתוצאות החיפוש לתוכנות לניהול ציטוטים באמצעות הורדת קובצי csv או BibTex.

למידע מפורט איך פועל האתר, ואת כל החידושים של  הגרסה העדכנית של מנוע החיפוש, ניתן לראות בוובינר שקיימה החברה לאחרונה.

אשמח לשמוע אם התנסיתם בכלי ומה חשבתם עליו? 

יום שבת, 18 באפריל 2020

יש כימיה - PubChem - לא לכימאים בלבד!

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

PubChem הוא מאגר המידע בגישה חופשית הגדול בעולם בנושא כימיה, המנוהל על ידי הספריה הלאומית לרפואה בארה"ב והושק ב - 2004. כמובן שכימאים ימצאו פה מידע מקצועי רב, אבל לא חייבים להיות כימאים כדי ליהנות מהמאגר. המידע כאן הוא רב ומגוון, כפי שניתן ללמוד מדף הסטטיסטיקה
מעל 100 מליון תרכובות, מעל 250 מליון חומרים, מעל 30 מליון מאמרים מדעיים ומעל 3 מליון פטנטים.
דוגמה לחומרים שניתן למצוא עליהם כאן מידע מפורט - תרופות, ויטמינים, פפטידים, שומנים, פחמימות ונוקלאוטידים.
לסרטון קצר המתאר את מאגר PubChem  לחצו כאן

מה באתר?

במרץ 2019 עבר האתר מתיחת פנים ומאז נוספו לו עוד כלים ומקורות מידע. לאתר אין אפליקציה ייעודית למכשירים ניידים, אך הוא רספונסיבי ומתאים לשימוש בכל מכשיר.
לכל חומר או תרכובת באתר ניתן למצוא מידע רב המפורט ומסודר בתפריט הצד המאפשר ניווט נוח למידע הרצוי. למשל לדוגמה בערך על אספירין.

אספירין מקור

מה בתפריט?

בתפריט הצד של כל ערך (מודגש בצהוב בתמונה לעיל) ניתן למצוא מידע רב. כמה דגשים שימושיים:
בסעיף Names & Identifiers ניתן למצוא רשימת מלים נרדפות מ - MeSH אך גם ממקורות נוספים. מתאים לחיפושים מורכבים ויסודיים דוגמת סקירות שיטתיות ומטא-אנליזות. לדוגמא רשימת המלים הנרדפות שאינן מ - MeSH עבור אספירין
בסעיף Drug & Medication Information יש מידע רב מאוד: החל מאינדיקציות לשימוש בתרופה, מידע על רעילות לכבד, דפי המידע של התרופה, ניסויים קליניים בתרופה ממספר מקורות ועוד.
בסעיף Toxicity ניתן למצוא מידע גם על רעילות סביבתית ואקולוגית.
בסעיף Literature ניתן למצוא מידע ממקורות ספרות שונים, וגם חיפושים מוכנים וממוקדים ב - PubMed. 

מה חדש?

הטבלה המחזורית

בשנת 2019 מלאו 150 שנה לגילוי הטבלה המחזורית על ידי מנדלייב, והשנה הוכרזה על ידי הקהילה המדעית כ"שנה הבינלאומית של הטבלה המחזורית". ב - PubChem השיקו לרגל האירוע את הטבלה המחזורית האינטראקטיבית ודפי המידע על היסודות המרכיבים אותה.
לטבלה המחזורית באתר שלוש אפשרויות תצוגה: כטבלה, כרשימת יסודות או כמשחק לבחינת הידע. לחיצה על שם היסוד מציגה מידע מקוצר, ולחיצה נוספת על הקישור המצורף מביאה לדף מידע הכולל מידע מפורט יותר. מתאים במיוחד כשצריך מידע ממוקד על אחד או יותר מהיסודות המופיעים בטבלה.


הטבלה המחזורית 


Pathway Pages

במרץ השנה הוספו לאתר Pathway Pages, שבהם תיאור מפורט של תהליכים כימיים וביולוגיים בהם מעורבים התרכובות והחומרים שבמאגר. המידע נאסף ממספר מקורות אל PubChem. בחלק ממקורות אלה גם ניתן להוריד תרשים של התהליך ואף לערוך אותו לפני כן על פי הצורך. מתאים במיוחד למרצים ולסטודנטים, להכנת עבודות ומצגות. יש לשים לב לזכויות היוצרים של כל תמונה כמפורט במקור. בד"כ חופשי לשימוש תוך מתן קרדיט. תמונה לדוגמה - מטבוליזם ויטמינים מסיסי שומן:


מטבוליזם ויטמינים מסיס שומן. מקור


פטנטים: אינטגרציה עם WIPO

עוד חידוש שהוסף במרץ השנה הוא אינטגרציה עם המידע הקיים באתר
 World Intellectual Property Organization WIPO. בכך ניתן למצוא ביתר קלות פטנטים המקושרים לחומר הכימי הרלוונטי. 

לסיכום

PubChem מסתמן כמקור מידע רב פנים ושימושי, וממש לא לכימאים בלבד. כמו כן נראה שהוא בתנופת שיפורים, מענין לראות מה יתחדש עוד בהמשך.