MeSH 2021 כבר כאן! כל מה שצריך לדעת

כמדי שנה בחודש דצמבר מתעדכן מאגר המלים המבוקרות של Medline, הקרוי  MeSH. חשוב לדעת ש - Medline הוא המאגר המרכזי המרכיב את PubMed , לכן חשוב להכיר את המאגר והשינויים החלים בו, היות והם משפיעים על תוצאות החיפוש ב - PubMed. 

מה חדש ב - 2021?

העדכונים לשנת 2021 עומדים, איך לא, בסימן Covid-19. לא פחות מ - 100 מונחים שונים שקשורים לפנדמיה הוספו השנה למאגר. אבל לא רק בנגיף עסקינן, מונחים בתחומים שונים ומשונים ניתן למצוא ברשימה של 277 מונחי MeSH שנוספו למאגר.

המידע המלא מופיע כאן בקישור.

Covid-19

שאלה מעניינת שיכולה לעלות בהקשר זה, אם מעדכנים את מאגר המונחים מדי שנה בדצמבר, האם ייתכן שעד היום לא היו במאגר מונחים על מגיפת הקורונה שהחלה ב - 2019?

כאן המקום לומר שאמנם המונחים הראשיים של המאגר מתעדכנים פעם בשנה, אך קיימים סוגים נוספים של מונחים, המתעדכנים בתדירות גבוהה יותר.

פירוט על סוגי המונחים העיקריים ניתן לראות בתמונה 1:

תמונה 1. סוגים עיקריים של מונחי MeSH

בין המונחים המרכזיים שנוספו למאגר ניתן למנות את:

 

SARS-CoV-2

COVID-19

COVID-19 Testing

COVID-19 Vaccines

לצד מונחים שנכנסו לחיינו דוגמת:

Chain of Infection

Disease Hotspot

N95 Respirators

Pangolins

Physical Distancing

Teleworking

פרוייקטים מיוחדים

בנוסף ל - Covid -19 עודכנו השנה מונחים במספר תחומים, או פרוייקטים מיוחדים כפי שהם נקראים:

Behavioral and Social Science 

Economic Factors

Gender Equity

Social Cognition

Social Factors

Social Inclusion

Social Interaction

New Cardiovascular Headings

Aortic Valve Disease

Aortico-Ventricular Tunnel

Bicuspid Aortic Valve Disease

Cardiac Papillary Fibroelastoma

Hemorrhagic Stroke

Ischemic Stroke

Thrombotic Stroke

New Food and Beverage Headings

Food Deserts

Food Insecurity

Food Security

Sustenance

Water Insecurity

New Infection Headings

Bacterial Zoonoses

Blood-Borne Infections

HIV Testing

Latent Infection

Reinfection

Viral Zoonoses

ולסיום עוד כמה מונחים שנוספו השנה ונראים לי מעניינים ו/או שימושיים:

Internet Use 

Freedom of Movement

Jails

Pseudoscience 

Cardiometabolic Risk Factors

Heart Disease Risk Factors 

Caregiver Burden 

Compulsive Exercise

Glycemic Control 

Resistant Starch

Supermarkets

Team Sports

Waiting Rooms 

כל מונח שהוסף מאפשר חיפוש טוב יותר וממוקד יותר של הנושא בו הוא עוסק. על מנת לקבל את התוצאות הטובות ביותר לחיפוש בפאבמד מומלץ לכתוב את מונח החיפוש בתיבת החיפוש של המאגר בצורה בה הוא מופיע ב - MeSH

למידע והסברים נוספים ניתן לצפות בסרטון על עדכוני MeSH לשנת 2021 שהוקלט במסגרת סדרת השידורים החיים "ראשון בלייב", המתקיימת מדי יום ראשון בשעה 21:00 בשידור חי בערוץ היוטיוב שלי. 

תוספים מבוססי מדע לחיזוק הדפדפן

תוספים לדפדפן הם דרך נפלאה להעשיר את הדפדפן בתכונות ויכולות שיעזרו לנו בעבודה היומיומית. אם אתם קוראים מאמרים מדעיים, כותבים מאמרים מדעיים או מחפשים מאמרים מדעיים, הכנתי לכם רשימה של תוספים שכדאי לכם לשקול בחיוב להוסיף לדפדפן שלכם. כל התוספים מתאימים לדפדפן כרום, וחלקם גם לדפדפנים נוספים.  

התוסף רב הפעלים - התוסף לדפדפן של גוגל סקולר

התוסף של Google Scholar קיבל עדכון גרסה לכבוד יום הולדתו החמישי בספטמבר 2020, וכעת ניתן לעשות באמצעותו כמעט כל מה שניתן לעשות גם מהאתר עצמו, מכל דף אינטרנט שבו נמצאים. בלחיצה על התוסף ניתן לעשות חיפוש, לנסות לאתר טקסט מלא של מאמר, לקבל ציטוט מעוצב, לחזור לחיפוש קודם, לראות מי ציטט את המאמר, לחפש מאמרים דומים ועוד. 

לאחר העדכון החדש ניתן לשמור ישירות מהתוסף מאמרים לספריה האישית ב - Google Scholar, וגם לגשת לספריה האישית. בנוסף, גם בקריאת קובץ PDF מהרשת Google Scholar יזהה את המאמר באתר ויאפשר שמירה שלו, קבלת ציטוט, חיפוש מאמרים דומים ועוד. דבר נוסף שיש בגרסה החדשה הוא כפתור חזרה לדף קודם. 

מידע נוסף על העדכון לתוסף ניתן לקרוא בפוסט מהבלוג של  Google Scholar בנושא.

לדעתי תוסף מאוד שימושי, ששווה להתקין אם הוא עוד לא נמצא בדפדפן שלכם (כרום או פיירפוקס). להתקנה בכרום לחצו כאן.

תמונה 1: Google Scholar

עוד סקולר לרשימה - התוסף של סמנטיק סקולר

במנוע החיפוש Semantic Scholar השיקו לראשונה תוסף לדפדפן, שמקצר את הדרך לאתר מכל דף אינטרנט שבו תהיו. התוסף בגרסתו הראשונה מספק תכונות בסיסיות יחסית לתוסף של Google Scholar: מסמנים קטע מטקסט או כותרת מאמר שפתוח בדפדפן, והתוסף מאפשר לבצע חיפוש עם המקטע המסומן ישירות ב - Semantic Scholar או למצוא את המאמר באתר. לאחר שמגיעים לאתר ניתן לשמור את המאמר בספריה האישית, ליצור Feed מותאם אישית ממנו, וכל יתר התכונות שמציע Semantic Scholar. בחלק מהמקרים לא נדרש לסמן את הכותרת על מנת שהתוסף יזהה אותה, למשל ב - PubMed, ובחלק מהמקרים חייבים לסמן את הכותרת לצורך זיהוייה. 

את ההודעה על ההשקה ניתן לראות כאן. סביר להניח שנראה תכונות נוספות לכלי הזה בהמשך. גם את הגרסה הראשונה שווה להתקין כדי להגיע למאמרים/ליצור חיפושים בקליק ב - Semantic Scholar. להתקנת התוסף לכרום לחצו כאן. 

תמונה 2: Semantic Scholar

EndNote Click - התוסף שימצא לכם טקסט מלא

EndNote Click הוא תוסף חינמי לאיתור טקסט מלא, וכן ארגון המידע והכנתו לציטוט, כלומר מסייע בתהליך העבודה האקדמי/מדעי. התוסף הושק בשנת 2017 בשם Kopernio על ידי המפתחים יאן רייכלט (Mendeley Co-Founder) ובן קאוב (Newsflo Co-founder). בשנת 2018 נרכש הכלי על ידי חברת Clarivate Analytics תמורת 3.5 מליון פאונד, ובאוקטובר 2020 - החליף שם ל - EndNote Click. 

איך זה עובד?

מתקינים את התוסף, שמתאים לדפדפני כרום, פיירפוקס, אופרה, Edge. יוצרים חשבון, ומכניסים פרטי גישה מוסדיים (אם יש ואם המוסד מופיע ברשימה). לא ניתן להרשם ליותר ממוסד אחד בחשבון אחד. ל - EndNote Click אינטגרציה עם מעל 20,000 אתרים אקדמיים (דוגמת PubMed) ושיתוף פעולה עם מעל 750,000 מוסדות אקדמיים. 

באתרים בהם יש אינטגרציה עם התוסף, התוסף בודק באופן אוטומטי קודם גישה מוסדית ולאחר מכן גישה חופשית, כך שבכל מקום (כמעט) ברשת שתהיו – תוכלו לקבל טקסט מלא בקליק (ראו תמונה 3). איפה לא תקבלו את השירות? בגוגל סקולר, שכנראה לא אהבו את התחרות וחסמו את הגישה לתוסף.

תמונה 3. כך נראה הקישור לטקסט המלא עם  EndNote Click בפאבמד (האייקון הסגול)

מה עוד נותן EndNote Click?

את המאמרים בטקסט מלא שמוצאים אפשר להוריד ו/או לשמור בספריה אישית בענן. אם מצרפים עוד משתמש לכלי מגדילים את שטח האחסון מ - 100MB ל - 2000MB, ומקבלים אינטגרציה עם Dropbox (חשבון פרימיום). אם יש לכם EndNote – תוכלו לשמור מאמרים ישירות מהתוסף לתוכנה. עבור תוכנות אחרות ניתן להוריד קובץ מתאים להוספה ידנית.

בלחיצה על התוסף עצמו, בדף תוצאות חיפוש שבו מאמר אחד או מספר מאמרים (ראו תמונה 4),  יש אפשרות להוריד מספר קבצים בבת אחת, לקבל מידע על כל מאמר כולל מספר הציטוטים מ – WOS Core Collection, לייצא לתוכנה לניהול ציטוטים ולקבל גישה מהירה להגדרות החשבון והאחסון האישי. כמו כן יש אפשרות לחיפוש מהיר במנוע חיפוש לפי בחירה – WOS, PubMed, Google Scholar (הבחירה היא בהגדרות האישיות). 

תמונה 4. החלון המתקבל בלחיצה על התוסף עצמו בדף תוצאות חיפוש 

להתקנת התוסף לכרום לחצו כאן.

ל - EndNote Click היתה אינטגרציה עם הכלי לגילוי מידע מדעי Meta. אולם מחודש נובמבר 2020 שיתוף הפעולה בין שני הכלים פסק. 

אם מענין אתכם להשוות בין EndNote Click לכלים דומים בשוק כאן הכינו לכם השוואה מפורטת.

PubPeer - התוסף שיעשה לכם Post Publication Peer Review

התוסף של PubPeer מאפשר לראות הערות שניתנו על מאמרים מדעיים לאחר פרסומם. לדבר זה ישם כיום אולי יותר מתמיד חשיבות רבה, היות ובתקופת פנדמיה התהליך של בקרת עמיתים טרם הפרסום הוא מזורז מאוד עד לא קיים. 

למידע מלא על PubPeer לחצו כאן

להתקנת התוסף של PubPeer לדפדפנים Chrome, Firefox, Safari, Edge  לחצו כאן.

PubPeer 

!Altmetric It

מדדי ה - Aitmetrics  הם מדדים אלטרנטיביים לאלו המסורתיים, המבוססים על ציטוטים בכתבי עת אקדמיים אחרים, לבדיקת מידת ההשפעה של מאמר מסוים. הם מציגים מידע על השפעת המאמר במקומות רבים, דוגמת רשתות חברתיות, בלוגים, אתרי חדשות, סרטונים, מסמכי מדיניות ממשלתיים ועוד.  תוסף שימושי מאוד של חברת Altmetric מאפשר לקבל מידע מלא על נתוני ה - Aitmetrics של כל מאמר ברשת בלחיצת כפתור. התוסף הוא חינמי, איך ניתן להתקין אותו רק אם יש לכם כתובת דוא"ל מוסדית כלשהי (של אוניברסיטה/בי"ח וכדומה). להתקנה בדפדפנים Chrome, Firefox, Safari לחצו כאן. 

!Altmetric It

CoCites - התוסף שיעשה לכם סקירת ספרות

CoCites הוא תוסף חדשני (מתאים לדפדפנים Chrome, Firefox, Safari, להתקנה ב - Chrome לחצו כאן) המבצע סקירת ספרות בשיטה שונה מזו המוכרת לנו, המבוססת על מילות מפתח. השיטה של Cocites מבוססת על הדמון בין מאמרים המצוטטים ביחד מספר פעמים במאמרים שונים. ההנחה היא שאם הם מצוטטים ביחד - הם כנראה באותו נושא.  למידע נוסף על CoCites כולל סרטוני הדרכה לחצו כאן

https://www.cocites.com/

אשמח לשמוע מכם, אם התקנתם את התוספים, והאם הם מועילים בעיניכם!

CoCites - אמור לי מי ציטט אותך ואומר לך מי אתה

התוסף CoCites (להתקנה - לחצו כאן) הוא תוסף חדש לדפדפן, ייעודי לפאבמד, המציג שיטה חדשה לחיפוש מאמרים. בנוסף, ניתן לומר שהוא מוסיף לפאבמד מידע שכד כה לא היה ניתן למצוא בו בצורה ישירה- מספר הציטוטים של כל מאמר. אם כי הוא עדין אינו מראה מי הם המאמרים הללו. קיים נכון להיום לדפדפני כרום, פיירפוקס וספארי.

את התוסף יצרה ד"ר A. Cecile J.W. Janssens. ד"ר Janssens במקור מהולנד, וכעת חוקרת במחלקה לאפידמיולוגיה בבית הספר לבריאות הציבור באוניברסיטת Emory באטלנטה, ארה"ב. עוסקת במחקר בנושא ניבוי גנטי של מחלות. אז איך הגיעה ד"ר Janssens לפיתוח CoCites? לפי מה שהיא מספרת - במקרה!

https://www.cocites.com/

איך זה עובד?

הרעיון עליו מבוססת שיטת הפעולה של התוסף הוא שמאמרים המצוטטים יחד הם מאמרים באותו נושא או נושא דומה. בעת לחיצה על הכפתור המיוחד שנמצא ליד כל מאמר בדף התוצאות של פאבמד עם השימוש בתוסף, נסרקות רשימות הרפרנסים של כל המאמרים המצטטים את המאמר הנבחר. לאחר מכן מוצגת רשימת המאמרים שצוטטו יחד עם מאמר הבסיס (המאמר שעל הכפתור שלידו לחצנו, והוא הבסיס לחיפוש). ככל שהמאמרים צוטטו ביחד יותר פעמים הדמיון ביניהם גבוה יותר. 

אפשרויות נוספות שמציע הכלי, הפתוחות בחינם למי שרושם לפחות משתמש נוסף אחד לאתר נכון להיום:

אפשרות להוריד קובץ אקסל עם התוצאות

אפשרות לחפש עם יותר ממאמר בסיס אחד

אפשרות לסנן את תוצאות החיפוש לפי מידת הדמיון בין המאמרים ולפי מאמרים חדשים יותר

אפשרות לשמור חיפושים

יתרונות וחסרונות

יתרונות

פועל במהירות יחסית לכלים דומים, וכן נמצא כבר בפאבמד ואין צורך לפתוח אתר נוסף כדי להשתמש בו. 

מוסיף מידע על ציטוטים ישירות לפאבמד, מידע שלא קיים בפאבמד בצורה ישירה ללא התוסף.

מציע שיטת חיפוש יעילה ומהירה, שאינה מבוססת על איתור מילות מפתח, דבר שדורש זמן ומיומנות ולעתים לא קל להגדרה. 

חסרונות

פועל רק על מאמרים שכבר צוטטו, ובצורה מיטבית על מאמרים שצוטטו לפחות 20 פעמים. לכן לא מתאים לחיפוש המבוסס על מאמרים חדשים. 

לא מתאים לחיפושים רב תחומיים - עובד רק על פאבמד, הממוקד בתחום הביו-רפואי. 

הורדת תוצאות רק לאקסל נכון להיום.

לא ניתן (נכון לעכשיו?) לראות את רשימת המאמרים המצטטים אלא רק את מספרם.

לקבלת אפשרות מלאה של חיפוש יש להזמין אחרים להרשם עם לינק ייחודי למשתמש.

מידע נוסף

התוסף פורסם לראשונה בנובמבר 2019, ונכון להיום עדין בגרסת Beta. מקור המידע לגבי הציטוטים עליו מתבסס התוסף הוא מקור חדש חופשי לשימוש NIH Open Citation Collection OCC. עוד על הכלי והשוואה לכלים דומים ניתן לקרוא בבלוג של Aaron Tay, ספרן ובלוגר מסינגפור. 

סרטוני הדרכה

לצפיה בסרטון הדרכה קצר על השימוש בכלי לחצו כאן

להדרכה מפורטת יותר על הכלי לחצו כאן

לסיכום

לדעתי כלי שימושי מאוד, נסו ועדכנו מה דעתכם!

MeSH on Demand - תמיד לשרותך

תמונה 1. MeSH on Demand

מבוא - על בינה מלאכותית ב - PubMed

כלים מבוססי בינה מלאכותית נכנסים יותר ויותר לשימוש יומיומי במגוון תחומים, וכך גם בתחום מנועי החיפוש. מנוע החיפוש הוותיק לאיתור מידע בתחום הביו-רפואה PubMed עודנו מבוסס בעיקר על טכנולוגיה של בינה אנושית - אחזור מידע באמצעות מילות מפתח שנקבעו על ידי אנשים (מונחי MeSH). אולם גם ב - PubMed יש ניצנים של שימוש בטכנולוגיה של בינה מלאכותית. את השימוש העיקרי בטכנולוגיה זו ניתן לראות בצורת הסידור של תוצאות החיפוש, שכעת היא ברירת המחדל של האתר, הנקראת Best match. Best match הוא אלגוריתם מבוסס בינה מלאכותית, שמבוסס בין היתר על למידה של התנהגות מליוני המשתמשים של האתר, ומטרתו להביא את התוצאות הרלוונטיות ביותר לדף התוצאות הראשון. 

מי אתה MeSH on Demand?

MeSH on Demand הוא כלי נוסף של PubMed המבוסס על בינה מלאכותית. הוא מעט נסתר מן העין, אך ניתן להגיע אליו בקלות מדף הבית של PubMed כמתואר בתרשים 1. הכלי מאפשר להדביק בתוכו טקסט של עד 10,000 תוים (כחמישה עמודים מודפסים), אך ניתן לכתוב בו גם מספר מלים בודדות. מתוך הטקסט שנכניס אליו, יודע MeSH on Demand להדגיש את המלים מתוכו שמתאימות למונחי MeSH קיימים, ולתת הסבר על כל מונח. בנוסף, הוא נותן רשימה של 10 מאמרים המתאימים למונחים הללו  ב - PubMed. 

חיפוש באמצעות MeSH on Demand

אולי החלק הכי שימושי בכלי הוא האפשרות ליצור חיפוש מתוחכם ישירות  ב – PubMed מהמונחים שנמצאו או רחבים יותר. את התהליך מתחילים בלחיצה על הכפתור Start PubMed Search שנמצא מימין לתיבת החיפוש. בלחיצה עליו מתקבל "תפריט" של המונחים שאותרו בחיפוש, ולצידם גם המונחים בעלי המשמעות הרחבה  יותר לשימוש לפי הצורך. מסמנים את המונחים הרצויים לחיפוש ולוחצים על Search in PubMed כמתואר בתמונה 2. 

תמונה 2. בחירת מונחי חיפוש מתוך Mesh on Demand

החיפוש המתקבל ב - PubMed הוא חיפוש מתוחכם, לדעתי אפילו יותר מזה שמתקבל כשעושים חיפוש ב - 

PubMed עצמו. כפי שניתן לראות בפירוט פרטי החיפוש (מהחיפוש המתקדם של PubMed, תמונה 3) כל מונח שבחרנו מופיע עם תוית של MeSH  וגם ללא תוית, שזה מקביל לתוית All Fields בחיפוש הרגיל. אולם אם יש מלים נרדפות , כמו למשל בדוגמה למונח Celiac Disease, הוא מוסיף אותן גם לחיפוש, מה שלא קורה בחיפוש רגיל. שווה!

תמונה 3. פרטי החיפוש המתקבל מחיפוש ב - PubMed דרך Mesh on Demand

איך מגיעים ל - MeSH on Demand ?

הגישה לכלי MeSH on Demand היא דרך דף הבית של PubMed כמתואר בתרשים 1.

תרשים 1. איך מגיעים ל - MeSH on Demand

סרטון הדרכה על השימוש ב - MeSH on Demand

לצפיה בסרטון הדרכה על  MeSH on Demand לחצו כאן או ראו להלן. הסרטון הוא מתוך סדרת השידורים החיים בנושאי מידענות "ראשון בלייב" בקהילה לא מחפשים.מוצאים מדי יום ראשון בשעה 21:00. מוזמנים להצטרף! 

Preprints in PubMed

פיילוט חדש מתחיל החודש ב - PubMed, במסגרתו יוכנסו מאמרים מסוג Preprints לראשונה למאגר. וובינר מיוחד שהתקיים לאחרונה מתאר את הפיילוט לפרטי פרטים. ה - Preprints שיוכנסו ל - PubMed, דרך מאגר PMC, יהיו של מחקרים שנעשו באמצעות מימון של ה - NIH, במטרה להגביר ולהקדים את החשיפה לממצאיהם. הדגש הראשוני של ה - Preprints שיוכנסו יהיה מחקרים בנושא מגיפת ה - Covid-19, המגיפה שהדגישה את הצורך בפרסום מהיר ונגיש של מידע מדעי. להדגשת המשמעות של פרסום מהיר, פרסום מאמר בדרכים המקובלות לאחר בקרת עמיתים יכול לקחת חודשים ושנים.

מהו Preprint?

בשלב ראשון יש לשאול מהו בעצם Preprint ? מסתבר שקיימות מגוון הגדרות למונח, שמשתנות גם בהתאם לתחום המחקר. הגדרה מקובלת היא  - גרסה מוקדמת של מאמר מדעי, שפורסמה על ידי המחבר/ים בפלטפורמה בגישה פתוחה, בדרך כלל לפני או במקביל לתהליך של בקרת עמיתים.  

תרשים של שלבי הפרסום של מאמר ניתן לראות בתמונה 1, הלקוחה מתוך הוובינר של רשת הספריות לרפואה בארצות הברית  (NNLM), שהתקיים לרגל תחילת הפיילוט. ההבדל העיקרי בין Preprint ל - Postprint הוא בקרת העמיתים שעבר ה -  Postprint,  כמו כן ל - Preprint ול - Postprint לא יהיה אותו מספר מזהה דיגיטלי DOI, בעוד ל -  Postprint ול - Published כן יהיה מספר DOI זהה שניתן על ידי המו"ל. 

תמונה 1. מקומו של  Preprint בשלבי הפרסום של מאמר מהסרטון

איך נזהה Preprint ב - PubMed?

על מנת להבטיח את שקיפות הפרסום, בכל רשומה של מאמר שהוא Preprint ב - PubMed תופיע הערה בצבע ירוק המדגישה שמדובר ב - Preprint שטרם עבר בקרת עמיתים (תמונה 2).

תמונה 2. תצוגה של Preprint ב - PubMed

בנוסף, ברשימת הפילטרים של PubMed  ניתן לראות כעת פילטר מיוחד בקטגוריה של Article Type עבור Preprint (תמונה 3). פילטר זה מאפשר חיפוש ממוקד של פרסומים אלה, וגם מאפשר להוריד פרסומים אלה מהחיפוש לפי הצורך באמצעות האופרטור NOT.

תמונה 3. פילטר עבור Preprint

מענין לראות איך יתקדם הפיילוט ומה יהיו מסקנותיו. על כך נשתמע בשנה הבאה!

ספרים רבותי ספרים

חודש יוני הוא חודש הספר, ועל אף שהשנה בוטלו ירידי הספרים עקב הקורונה, בספרים הדיגיטליים ניתן עדיין לצפות באופן חופשי. מנצלת את ההזדמנות לציין שני מקורות לספרים אקדמיים ברשת.

BookShelf - מדף הספרים של PubMed

BookShelf הוא מאגר הספרים בטקסט מלא של PubMed. המאגר הושק לראשונה בשנת 1999 (שלוש שנים לאחר שהושק PubMed עצמו) עם הטקסט המלא של המהדורה השלישית (שנת 1995) של הספר Molecular biology of the cell, המוכר היטב לכל מי שלמד תואר במדעי החיים. כעת ניתן לקרוא בו את מהדורה 4 משנת 2002. המהדורה האחרונה שהתפרסמה נכון להיום היא מהדורה 6 משנת 2015.  

BookShelf מכסה כיום מעל 7500 פרסומים במדעי החיים והרפואה, ומארח מעל 15 מליון מבקרים בחודש. כ - 300 פרסומים נוספים אליו מדי חודש.

למרות שמו, למעשה רק 1% מהפרסומים שמכסה המאגר הם ספרים (Textbooks). סוגי הפרסומים הנוספים במאגר הם בין היתר סקירות שיטתיות, דו"חות, הנחיות קליניות ומונוגרפים. על אף אחוז הספרים הנמוך מכלל החומר במאגר, הספרים הם אלה שזוכים לשימוש הגבוה ביותר.

ספרים מעניינים שאפשר לציין מהאוסף הם למשל הספר Hormones, Metabolism and the Benefits of Exercise או הספר Public Health Ethics: Cases Spanning the Globe. 

תמונה 1. התוכן של BookShelf (מקור: סרטון זה)

מאגרי מידע בתוך BookShelf

תוכן האתר כולל גם מספר מאגרי מידע, בין היתר מאגרים שהועברו אליו מאתר Toxnet שהוסר מהרשת. שני מאגרים חשובים ושימושיים שאפשר לציין בהקשר זה הם מאגר LactMed, הכולל מידע רב על השפעת תרופות שונות על הנקה. הודעה על העברת המאגר ל- BookShelf אפשר לקרוא כאן, וכן מאגר Liver Tox הכולל מידע על תרופות, תוספי תזונה וחומרים נוספים העלולים לגרום לנזק לכבד. מאגרים אלה מתעדכנים באופן שוטף. מידע נוסף והדרכה לחיפוש במאגרים LactMed ו- Liver Tox ניתן לראות כאן בוובינר מיוני 2020 בנושא. 

איך מגיעים ב - BookShelf?

התוכן המכוסה על ידי BookShelf כלול ב - PubMed, כך שפריטים מתוכו יעלו בהתאם לחיפושים שתבצעו.  אם רוצים לחפש ישירות ב - BookShelf ניתן להגיע אליו דרך הקישורים שבתחתית דף הבית של  PubMed כמתואר בתמונה 2.

תמונה 2. גישה ישירה  ל - BookShelf מהקישורים בתחתית דף הבית של  PubMed

ניתן גם לסנן את תוצאות החיפוש ב -  PubMed לתוכן שמקורו ב -  BookShelf  על ידי שימוש בפילטרים המובנים של PubMed כמתואר בתמונה 3:

תמונה 3.סינון תוכן של חיפוש ב - PubMed למידע מ - BookShelf בלבד

לסינון מדוייק של ספרים או פרקים מספרים או ניתן להשתמש בחיפושים ללא תגית עם המונחים במתואר בתמונה 4:

תמונה 4. חיפושים ממוקדים לספרים ופרקים מספרים

מידע נוסף על אופן השימוש ב - BookShelf וכן רקע כללי על המאגר ניתן לראות כאן בסרטון. 

הרשמה לעדכונים על חומר חדש שעולה לאתר או עדכונים על חיפושים שנעשו ניתן לקבל באמצעות RSS מדף הבית של BookShelf או באמצעות Create Alert  ב - PubMed. 

Open Research Library

https://openresearchlibrary.org/home

המטרה של Open Research Library, שהושקה רשמית בינואר השנה על פי הבלוג של ד"ר יפה אהרוני, היא להוות פלטפורמה שבה ירוכזו כל הספרים בגישה פתוחה שעברו בקרת עמיתים. בספריה נכון להיום מעל 20 אלף ספרים ופרסומים מדעיים נוספים, כולם בגישה פתוחה. ניתן לגלוש לפי קטגוריה או לפי המו"ל, ולשמור סימניות, הערות ומועדפים בחשבון אישי. שווה לגלוש קצת בין הקטגוריות או להשתמש באופציית החיפוש לאיתור הספר הרלוונטי לכם.

מי אתה, Meta?

Search less. Discover more

META הוא כלי מבוסס בינה מלאכותית המאפשר לגלות מידע בתחום הביו-רפואה באמצעות יצירה ומעקב אחרי  Feeds מותאמים אישית. הכלי מבוסס על סטארטאפ שנוסד בשנת 2010 ,ונרכש על ידי קרן צ'אן-צוקרברג בשנת 2017 . Meta מכסה מאמרים מ – PubMed ומ – bioRxiv, וממש לאחרונה הוסף גם המאגר  medRxiv. המוטו של האתר  הוא Search less. Discover more, ועם זה אני מניחה שכל קוראות וקוראי הבלוג יזדהו. המשימה של גילוי המאמרים הרלוונטיים לך במהירות אינה קלה, במציאות בה (על פי Meta) מתווספים מדי יום מעל 4000 מאמרים חדשים בתחום הרפואה. זו למעשה היתה הסיבה ליצירת Meta מלכתחילה. השימוש בכלי הוא חופשי וללא פרסומות, בזכות התמיכה של קרן צ'אן-צוקרברג.

איך זה עובד?

השימוש ב - Meta מבוסס על מעקב אחרי  Feeds בנושאים שונים. ניתן לעקוב אחרי Feeds מוכנים הקיימים באתר, או ליצור Feeds אישיים. Feeds אישיים ניתן ליצור למשל על נושא, חוקר או כתב עת, או שילוב ביניהם. את ה - Feeds הקיימים ניתן גם לערוך. על יצירת ועריכת Feed ניתן ללמוד בסרטון הבא. על גילוי  Feeds מוכנים ניתן ללמוד בסרטון הבא. דוגמאות ל - Feeds מוכנים שמחכים לכם ב - Meta:
Nutrition & Diabetes
Diet and Multiple Sclerosis
HIV & Nutrition
Nutrition & Aging
ועוד ועוד...

בכל Feed ניתן לבחור לראות מאמרים מאותו יום או שבוע או חודש, וכן ניתן לסנן את המאמרים לפי סוג הפרסום, דוגמת סקירה, מחקר קליני או תיאור מקרה.

שמירת מאמרים וציטוטם

מאמרים לפי בחירתכם תוכלו לשמור לקריאה מאוחר יותר בתיקיות, או לסנכרן ישירות עם תוכנות לניהול ציטוטים. כעת ניתן לסנכרן עם תוכנת Mendeley. תוכנות נוספות יתווספו בהמשך. סרטון הדרכה על כך ניתן לראות כאן.

שיתוף ומעקב אחרי עדכונים

ניתן לשתף Feeds באמצעות קבלת קישור, אולם כדי לפתוח את הקישור על המקבל להרשם ל - Meta.

התראות על עדכונים ל - Feeds: ניתן לקבל אימייל שבועי עם עדכונים נבחרים, אולם כדי לראות את כל העדכונים יש להכנס לכלי עצמו. הרשמה או ביטול של אימיילים לעדכון אפשר לעשות דרך הפרופיל האישי ב - Meta.

מאמרים בטקסט מלא

במידה והמאמר שבחרתם בגישה חופשית, תקבלו גישה מיידית בלחיצה על כפתור View PDF  שליד המאמר (לאחר בחירה במאמר מסוים). ל - Meta  שיתוף פעולה עם הכלי Kopernio, כך שאם נרשמתם לכלי (בחינם) תוכלו לקבל גישה גם דרכו. גישה למאמרים דרך מוסד אקדמי אם יש לכם, אפשר לקבל ישירות דרך Meta במידה ויש שיתוף פעולה בינו לבין המוסד (הסבר כאן), או באופן עקיף באמצעות Kopernio במידה והמוסד אליו אתם משויכים עובד עם Kopernio. למידע נוסף על Kopernio לחצו כאן.

Meta & Covid -19

ב - META יש Feed מוכן בנושא Covid -19. ניתן פשוט לעקוב אחריו, או לערוך אותו ולהתאים אותו יותר לצרכים האישיים. על עריכת Feed ניתן ללמוד בסרטון הבא.

לסיכום

נראה ש - Meta הוא כלי שמושקעת בו הרבה מחשבה, תוך התייחסות לצרכים של אנשי מקצוע בתחום הרפואה, כמו חיפוש נוח, גישה לטקסט מלא וסינכרון עם תוכנה לניהול ציטוטים. האינטגרציה עם כלים נוספים כמו Mendeley ו - Kopernio מאוד מייעלת את העבודה. כמו כן ניכר שיש פיתוחים נוספים בדרך, הכלי עדין בגרסת בטא, וחידושים נוספים כל הזמן. עדכונים על החידושים ניתן לראות כאן. מידע ועזרה על השימוש ב - Meta  בצורה מפורטת ביותר ובליווי סרטוני וידאו ניתן לראות כאן. המלצה שלי - שווה להשתמש. מה דעתכם? 

יש כימיה - PubChem - לא לכימאים בלבד!

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

PubChem הוא מאגר המידע בגישה חופשית הגדול בעולם בנושא כימיה, המנוהל על ידי הספריה הלאומית לרפואה בארה"ב והושק ב - 2004. כמובן שכימאים ימצאו פה מידע מקצועי רב, אבל לא חייבים להיות כימאים כדי ליהנות מהמאגר. המידע כאן הוא רב ומגוון, כפי שניתן ללמוד מדף הסטטיסטיקה: 
מעל 100 מליון תרכובות, מעל 250 מליון חומרים, מעל 30 מליון מאמרים מדעיים ומעל 3 מליון פטנטים.
דוגמה לחומרים שניתן למצוא עליהם כאן מידע מפורט - תרופות, ויטמינים, פפטידים, שומנים, פחמימות ונוקלאוטידים.
לסרטון קצר המתאר את מאגר PubChem  לחצו כאן

מה באתר?

במרץ 2019 עבר האתר מתיחת פנים ומאז נוספו לו עוד כלים ומקורות מידע. לאתר אין אפליקציה ייעודית למכשירים ניידים, אך הוא רספונסיבי ומתאים לשימוש בכל מכשיר.
לכל חומר או תרכובת באתר ניתן למצוא מידע רב המפורט ומסודר בתפריט הצד המאפשר ניווט נוח למידע הרצוי. למשל לדוגמה בערך על אספירין.

אספירין מקור

מה בתפריט?

בתפריט הצד של כל ערך (מודגש בצהוב בתמונה לעיל) ניתן למצוא מידע רב. כמה דגשים שימושיים:

בסעיף Names & Identifiers ניתן למצוא רשימת מלים נרדפות מ - MeSH אך גם ממקורות נוספים. מתאים לחיפושים מורכבים ויסודיים דוגמת סקירות שיטתיות ומטא-אנליזות. לדוגמא רשימת המלים הנרדפות שאינן מ - MeSH עבור אספירין

בסעיף Drug & Medication Information יש מידע רב מאוד: החל מאינדיקציות לשימוש בתרופה, מידע על רעילות לכבד, דפי המידע של התרופה, ניסויים קליניים בתרופה ממספר מקורות ועוד.

בסעיף Toxicity ניתן למצוא מידע גם על רעילות סביבתית ואקולוגית.

בסעיף Literature ניתן למצוא מידע ממקורות ספרות שונים, וגם חיפושים מוכנים וממוקדים ב - PubMed. 

מה חדש?

הטבלה המחזורית

בשנת 2019 מלאו 150 שנה לגילוי הטבלה המחזורית על ידי מנדלייב, והשנה הוכרזה על ידי הקהילה המדעית כ"שנה הבינלאומית של הטבלה המחזורית". ב - PubChem השיקו לרגל האירוע את הטבלה המחזורית האינטראקטיבית ודפי המידע על היסודות המרכיבים אותה.
לטבלה המחזורית באתר שלוש אפשרויות תצוגה: כטבלה, כרשימת יסודות או כמשחק לבחינת הידע. לחיצה על שם היסוד מציגה מידע מקוצר, ולחיצה נוספת על הקישור המצורף מביאה לדף מידע הכולל מידע מפורט יותר. מתאים במיוחד כשצריך מידע ממוקד על אחד או יותר מהיסודות המופיעים בטבלה.

הטבלה המחזורית 

Pathway Pages

במרץ השנה הוספו לאתר Pathway Pages, שבהם תיאור מפורט של תהליכים כימיים וביולוגיים בהם מעורבים התרכובות והחומרים שבמאגר. המידע נאסף ממספר מקורות אל PubChem. בחלק ממקורות אלה גם ניתן להוריד תרשים של התהליך ואף לערוך אותו לפני כן על פי הצורך. מתאים במיוחד למרצים ולסטודנטים, להכנת עבודות ומצגות. יש לשים לב לזכויות היוצרים של כל תמונה כמפורט במקור. בד"כ חופשי לשימוש תוך מתן קרדיט. תמונה לדוגמה - מטבוליזם ויטמינים מסיסי שומן:

מטבוליזם ויטמינים מסיס שומן. מקור

פטנטים: אינטגרציה עם WIPO

עוד חידוש שהוסף במרץ השנה הוא אינטגרציה עם המידע הקיים באתר

 World Intellectual Property Organization WIPO. בכך ניתן למצוא ביתר קלות פטנטים המקושרים לחומר הכימי הרלוונטי. 

לסיכום

PubChem מסתמן כמקור מידע רב פנים ושימושי, וממש לא לכימאים בלבד. כמו כן נראה שהוא בתנופת שיפורים, מענין לראות מה יתחדש עוד בהמשך.

קורונה - חיפושים מוכנים לאנשים עסוקים

וירוס הקורונה החדש - מקורות ספרות

וירוס הקורונה מכה בעולם וכך גם הספרות הרפואית המצטברת בנושא. מספר גופים ומנועי חיפוש מנסים להקל עלינו קצת את המעמסה, ולקבל את העדכונים הרלוונטיים לנו מתוך אוקיינוס הפרסומים. להלן מספר המלצות למקורות מידע שמנסים להקל עלינו ולו במעט את התהליך.

PubMed

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

PubMed הוא אחד האתרים החשובים בעולם לאיתור ספרות מדעית בתחום הרפואה, שאף משיק בימים אלה אתר חדש. בספריה הלאומית לרפואה, NLM, האחראית לאתר PubMed, הכינו חיפוש מוכן עבור משתמשי האתר. החיפוש המוכן  בנוי היטב ומכסה את כל הגרסאות האפשריות לתיאור וירוס הקורונה החדש. כל מה שצריך לעשות המשתמש זה ללחוץ על הקישור, והחיפוש נשתל בתוך מנוע החיפוש. לאחר שהחיפוש כבר בפנים, ניתן להוסיף מונחים רלוונטיים על פי הצורך כדי לצמצם את התוצאות לתחום המבוקש. למשל בנושא טיפול נמרץ, פסיכולוגיה או תזונה. לקישור לקבלת החיפוש המוכן לחצו כאן. לסרטון הדרכה קצר על השימוש בחיפוש המוכן לחצו כאן

Dimansions

https://app.dimensions.ai/discover/publication

מנוע החיפוש Dimansions, מנוע חיפוש רב תחומי העוסק גם בנושאי רפואה, מציע אף הוא חיפוש מוכן בנושא וירוס הקורונה החדש עבור משתמשיו. גם כאן, כל מה שיש לעשות זה ללחוץ על הקישור, והחיפוש נשתל במנוע החיפוש. לאחר מכן ניתן להוסיף מלים למיקוד החיפוש, ו/או להשתמש בפילטרים הייחודיים של האתר המאפשרים סינון לפי תחום מחקר. לקישור לחיפוש המוכן לחצו כאן, לסרטון הדרכה קצר על השימוש בחיפוש המוכן לחצו כאן 

Epistemonikos

https://www.epistemonikos.org/

מנוע החיפוש Epistemonikos ( המילה היוונית  Epistemonikos משמעותה דברים ששווה לדעת), המכסה מעל 300 אלף סקירות שיטתיות, הקים מרכז מידע המרכז את כל החומר הקשור למגיפת הקורונה, כולל סקירות שיטתיות המצויות בתהליך וכן ניסויים קליניים בתהליך. באמצעות הכלי של Epistemonikos הנקרא L•OVE ניתן לסנן את המידע הקיים על פי הפרמטרים הרצויים של מונחי PICO. מידע נוסף על מנוע החיפוש ניתן לקרוא כאן. 

Cochrane Library

https://www.cochranelibrary.com/

Cochrane Library גם נרתמו לעזרה והכינו אוסף מיוחד הכולל את כל הסקירות השיטתיות הרלוונטיות למגיפת הקורונה שפורסמו על ידם. להלן קישור לאוסף הכולל מידע על טיפול נמרץ, על מניעת הפצה של זיהומים ועל דרכים להפסקת עישון במהלך המגיפה. 

Semantic Scholar

Semantic Scholar הוא מנוע חיפוש רב תחומי המבוסס על אלגוריתם של בינה מלאכותית. בנוסף לקובץ נתונים שהוא משתף בגישה פתוחה, הוא מציע לנו Feed של מאמרים בנושא וירוס הקורונה, שאותו נוכל "ללמד" על העדפותינו. אנחנו נסמן איזה מאמרים באותו Feed אנו אוהבים יותר או פחות, וכך נתאים אותו לצרכינו, והוא יראה לנו בעתיד מאמרים שיותר רלוונטיים לתחום עיסוקנו על פי מה שבחרנו. לצורך שמירת ה - Feed צריך להרשם לחשבון חינמי באתר, אפשר בין היתר עם פרטי חשבון הגוגל.

META

https://www.meta.org/

META הוא כלי מבוסס בינה מלאכותית המאפשר לגלות מידע בתחום הביו-רפואה באמצעות יצירה ומעקב אחרי  Feeds מותאמים אישית. הכלי מבוסס על סטארטאפ שנוסד בשנת 2010 ,ונרכש על ידי קרן צ'אן-צוקרברג בשנת 2017 . הכלי מכסה מאמרים מ – PubMed ומ – bioRxiv. המוטו של האתר  הוא Search less. Discover more. גם ב - META יש Feed מוכן בנושא Covid -19. ניתן פשוט לעקוב אחריו, או לערוך אותו ולהתאים אותו יותר לצרכינו. על עריכת Feed ניתן ללמוד בסרטון הבא. 

Trip

מנוע החיפוש Trip מכסה מידע רפואי איכותי ממגוון מקורות מידע. כלי שימושי שמציע האתר נקרא Latest & greatest. כאן תוכלו למצוא ריכוז של מאמרים לפי נושאים, ובתוך כל נושא חלוקה למאמרים החדשים ביותר (Latest) או הפופולריים ביותר (Greatest).  כמובן שהמונח Covid-19  הוסף לרשימה וניתן לסקור באמצעותו מאמרים מובילים בנושא. 

Google Scholar

https://scholar.google.co.il/schhp?hl=iw

ולסיום, עוד בקטנה על Google Scholar: בדף הבית של האתר יצרו מעין מיני פורטל המרכז מקורות מידע חשובים בנושא Covid-19 , נקודת פתיחה טובה לחיפוש מידע בתחום.

לסיכום  

מה נותר עוד לומר? שנהיה בריאים!

אשמח לשמוע בתגובות מה חשבתם על מקורות המידע ועל המלצות שלכם למקורת מידע טובים נוספים למגיפת ה - Covid-19 וגם בכלל... 

MeSH 2020 - כל העדכונים!

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh

כמדי שנה, מונחי MeSH, המונחים מהם בונים את האינדקס של Medline, עוברים עדכון, שינוי והתאמה.  אותי תמיד מענין לראות את העדכונים הללו, המשקפים במידה רבה את המגמות והחידושים בעולם הביו-רפואי. ולמה זה שימושי? באמצעות מונחים אלה מתארים את אנשי המקצוע (ה - Indexers) בספריה הלאומית לרפואה בארצות הברית (NLM) את המאמרים החדשים הנכנסים ל - Medline, כך שיקל עלינו לאתרם על פי משמעותם בעת החיפוש במאגר. במלים אחרות, מונחים אלה משמשים כמעין "האשטגים" על כל מאמר. ניתן להשתמש במונחים הללו גם כדי ליצור התראה על מאמרים חדשים שנכנסים ל - Medline בנושאים שמעניינים אותנו. אז מה התחדש ב - 2020?

קצת מספרים

97 מונחי MeSH ראשיים (Headings) שונו או הוסרו. הרשימה המלאה כאן בקישור
293 מונחי MeSH ראשיים חדשים הוספו, וכן 2 סוגי פרסומים Publication Types. הרשימה המלאה כאן בקישור

חידושים מעניינים

ברשימת המונחים החדשים אפשר לראות מספר קבוצות, המשקפות פרויקטים עליהם עובדים ב - NLM. את העדכון המלא על הפרויקטים הללו ניתן לראות כאן.

פרויקט מונחים בתחום המזון

במונחים החדשים בתחום המזון ניתן לראות הגדרה כוללת של חלבון מהחי, מה שיכול לסייע בחיפושים המבדילים בין חלבון מהחי וחלבון מהצומח. מתאים למגמה הגוברת של תזונה מבוססת מזון מהצומח בהיבטים בריאותיים וסביבתיים. מונחים ייחודיים הוספו גם למשקאות ממותקים בסוכר או בממתיקים מלאכותיים, ובהמשך למחקר הענף ולסטארטאפים הרבים העוסקים בשילוב חרקים בתפריט - נוסף המונח המתבקש Edible Insects.

Animal Proteins, Dietary

Artificially Sweetened Beverages

Edible Insects

Pork Meat

Salads

Sugar-Sweetened Beverages

פרויקט מונחים מתחום הפסיכיאטריה והפסיכולוגיה

מונחים חשובים הוספו בתחום הפרעות אכילה מסוגים שונים, כולל אכילה בררנית, דיאבולימיה ודימוי גוף.

Avoidant Restrictive Food Intake Disorder

Body Dissatisfaction

Body Integrity Identity Disorder

Diabulimia

Emotional Regulation

Food Fussiness with an entry term of Picky Eating

Psychological Distress

Suicide, Completed

מונחים נוספים

מספר מונחים נוספים מעניינים נכנסו השנה לרשימה:

ברוח הזמן נכנסו המונחים- 

Blockchain, Data Management, Disruptive Technology,  Internet-Based Intervention

משבר האקלים והסביבה הביא את המונחים  Exposome , Microplastics, Extreme Weather 

בתחום הספורט  Para-Athletes , Relative Energy Deficiency in Sport 

בתחום ההשמנה Obesity, Maternal ,  Weight Prejudice

בתחום הפרעות אכילה וגסטרו Rumination Syndrome

ובתחום האנקדוטות לסיום: משהו חיובי Psychology, Positive  משהו בריא Pomegranate וכוסות רוח למת מישהו? Cupping Therapy.

למידע נוסף : סרטון הדרכה  חדש המסביר באופן כללי על MeSH  (שעה ועשרים דקות)

לחפש על הקנווס עם פלטפורמת 2DSEARCH

https://www.2dsearch.com/

מה דעתכם "לזרוק" מלים על קנווס וירטואלי, לגרור אותן לקבוצות לפי נושאים (קבוצות של מלים נרדפות), לקבל שאילתה בנויה היטב, ולהריץ אותה בלחיצת כפתור במספר מנועי חיפוש? ועל הדרך להכיר ולהשתמש במנועי חיפוש שאולי פחות מוכרים כמו Trip Database או Epistemonikos?

כל זאת ועוד מציע  2DSEARCH. האתר 2DSEARCH מיועד למידענים, חוקרים, סטודנטים וכן לעוסקים באיתור וגיוס עובדים. הוא פותח על ידי צוות בראשותו של ד"ר טוני ראסל-רוז, יזם טכנולוגיה עם ידע וענין בעולם החיפוש. האתר קיים מאמצע שנת 2018 ,ומהווה פלטפורמה לבניית חיפושים מורכבים בצורה פשוטה במגוון מנועי חיפוש המאפשרים גישה למפתחים, ובהם  Googlr Scholar, PubMed ,Trip Database  וכן Google ו – Bing . השאילתה מוצגת בצורה ויזואלית במספר אופנים, ומאפשרת בניה נוחה וגם איתור  טעויות אם יש.
עבור אנשי מקצוע בתחום המידענות,  ולמי שיש גישה (דרך האוניברסיטה/מקום העבודה) למנועי חיפוש שאינם בגישה חופשית ברשת, יש אפשרויות נוספות: לפני מספר חודשים הוספה אפשרות של תרגום שאילתות חיפוש לאתרים שבהם לא ניתן לחפש ישירות מהפלטפורמה, לדוגמה Embase ו -  Cochrane. התרגום אינו מלא, למשל מונחים שמקורם בתזאורי דוגמת MeSH  או Emtree עדין יש צורך להכניס ידנית גם כאן.

איך זה עובד?

בניית השאילתות באתר מתחילה על מעין קנווס ריק, בו כותבים את המונחים, ולאחר מכן מארגנים אותם בקבוצות. מוסיפים שדות חיפוש ואופרטורים בוליאניים (AND, OR , NOT) לפי הצורך. חלק ממנועי החיפוש מאפשרים לצפות בתוצאות החיפוש בדף הצמוד לקנווס, ובחלקם יש לעבור לחלון נפרד על מנת לראות אותן.
את השאילתות הנבנות באתר ניתן לשמור ולשתף בפתיחת חשבון חינמי עם סיסמת גוגל או סיסמה ייחודית.
וובינר הדרכה על הסיבות לפיתוח הפלטפורמה ואופן השימוש בה התקיים לפני מספר חודשים על ידי Shokraneh Farhad המשמש בין היתר כחוקר ב-  Cochrane. הוובינר עוזר ומקצר את הדרך להבנת אופן הפעולה של הפלטפורמה והשימוש בה. מומלץ לצפות ולהתנסות! כמו כן, הצוות שוקד על פיתוחים נוספים, שווה לעקוב אחרי החידושים הצפויים בפלטפורמת 2DSearch ב - 2020.

מאמר שהוסר - חלון לתהליך המדעי

Tracking retractions as a window into the scientific process - או בתרגום חופשי: מעקב אחרי מאמרים שהוסרו כחלון לתהליך המדעי (באנגלית זה נשמע יותר טוב..) זהו המשפט המתנוסס בראש הבלוג Retraction Watch. הבלוג נוסד בשנת 2010 על ידי אדם מרכוס ואיוון אורנסקי, במטרה בין היתר לשפר את השקיפות והנראות של מאמרים שהוסרו מהספרות המדעית מסיבות שונות.

תמונה 1. https://retractionwatch.com/

הבלוג כולל מאגר מידע מקיף של מאמרים שהוסרו לאחר פרסומם, או שקיבלו תיקונים והערות (expressions of concern), ונכון להיום מכסה מעל  21,000 מאמרים. ניתן לחפש במאגר על פי מספר רב של פרמטרים, בהם שם המאמר או המחבר/ים, כתב העת או המו"ל, המוסד בו עובדים החוקרים ועוד.
בנוסף כולל הבלוג פוסטים מרתקים בנושא זה, ביניהם למשל הפוסט על עשרת המאמרים המצוטטים ביותר שהוסרו מהספרות המדעית, תוך ציון כמה צוטטו לפני ואחרי ההסרה.
על התופעה של הסרת מאמרים ועל הבלוג כתבה גם ד"ר שירי דיסקין, העוסקת בכתיבה רפואית.

איך נבנה מאגר המידע של Retraction Watch

מקור המידע העיקרי עליו מבוסס המאגר הוא פאבמד. בפאבמד ניתן לאתר מאמרים שהוסרו או  שקיבלו הערה מסוגים שונים באמצעות מונחי חיפוש ייעודיים ו/או באמצעות מונחי MeSH העוסקים בכך, כמפורט בתמונות 2 ו - 3. ניתן גם, כמו בכל חיפוש בפאבמד, ליצור התראה על החיפוש ולקבל עדכונים שוטפים על מאמרים שהוסרו או קיבלו הערות מסוגים שונים.

תמונה 2. מונחי חיפוש ייעודיים להערות בפאבמד מתוך ספר העזרה 

תמונה 3. מונחי MeSH לחיפוש מאמרים שהוסרו או מאמרים בנושא הסרת מאמרים

לאחר שלא היה לי לגמרי ברור איך נבנה המאגר של Retraction Watch והאם הוא מבוסס רק על פאבמד או על מקורות מידע נוספים פניתי לבעלי הבלוג וקיבלתי הסבר מפורט יותר על האופן בו נבנה המאגר שלהם. לפי הסבר זה מסתבר שהמקור העיקרי הוא אכן פאבמד, עם השלמות ממאגרים נוספים, ואיסוף מטא-דאטא על כל פריט.

לסיכום, נראה ש - Retraction Watch פותח צוהר לחלק חשוב בתהליך המדעי שלא תמיד שמים עליו את הדגש ואת תשומת הלב, וזהו מקור טוב להתחיל ממנו בנושא זה. 

רואים תוצאות (חלק 2): מפות המידע - סקירת ספרות ויזואלית

בפוסט הראשון בסדרה "רואים תוצאות" הצגתי אתר המראה תוצאות חיפוש שאינו מדעי באופן ויזואלי.
Open Knowledge  Maps לעומת זאת, הוא אתר המאפשר קבלת תמונה ויזואלית של תוצאות חיפוש של מידע מדעי. האתר קם על ידי Peter Kraker בשנת 2015, לאחר שהתאכזב מכלי גילוי הידע הקיימים בתחום המדעי במסגרת עבודת הדוקטורט שלו. כיום עומד מאחורי האתר ארגון רשום ללא כוונת רווח. האתר נמצא כעת בגרסת הבטא שלו, כך שתגובות יתקבלו בברכה על ידי יוצריו.
האתר מאפשר לקבל במבט אחד תמונה של הידע הקיים התחום, לזהות מושגים מרכזיים, ולמצוא מאמרים לפי נושאים ספציפיים. ניתן לבצע את החיפוש ב - Pubmed למידע בתחום הביו-רפואי, או באתר Base (המתוחזק על ידי אוניברסיטת ביילפלד בגרמניה), המכסה נושאים רב תחומיים.
כל חיפוש יוצר מפת ידע שמבוססת על 100 מאמרים (או פחות, אם מדובר על נושא חדש או חיפוש מוגבל בזמן למשל).
ברירת המחדל היא חיפוש מכל הזמנים על פי רלוונטיות, אך ניתן לשנות לחיפוש לפי מועד הפרסום. בחיפוש באתר Base  יש אפשרויות סינון גדולות יותר. לחיצה על כל בועה במפה מציגה את המאמרים המרכיבים אותה.
את המפה המתקבלת בתוצאות החיפוש ניתן לשתף למייל, לפייסבוק או לטוויטר, לשתף את הקישור על ידי העתקתו, ואף להטמיע את המפה באמצעות קוד הטמעה שמספק האתר.
התוצאות מבליטות מאמרים בגישה פתוחה, במידה וקיימים.

דוגמה למפה על דיאטת פלאו ניתן לראות כאן, ובתמונה 1.

תמונה 1. מפת המידע על דיאטת פלאו 

כתבו על האתר גם ד"ר יפה אהרוני והמידען מרכוס זילמן.
בחזון של מפתחי האתר גם אפשרות עתידית של עבודה משותפת על המפות, כפי שמוצג בסרטון הבא.
ואם אתם רוצים להעביר הדרכה על האתר, גם הכינו לכם מצגת.
נסו ותהנו!

MeSH: גרסת 2019

כמדי שנה מתעדכן מאגר המלים המבוקרות המשמש ליצירת האינדקס של מדליין - הלא הוא MeSH. תמיד מענין לצלול לתוך רשימת המונחים החדשים שנוספו, ולקבל אגב כך מושג על מגמות בספרות הרפואית.
 את הפירוט המלא של כל השינויים שחלו במאגר MeSH  לשנת 2019 ניתן לראות כאן.

MeSH Database

מה חדש במונחי MeSH? הצצה

להלן טעימה מתוך 421 המונחים החדשים שנוספו לרשימה השנה, ותפסו את עיני (מסודרים בסדר אלפביתי):

Adverse Childhood Experiences 

Aggressive Driving

Big Data

Body-Weight Trajectory 

Built Environment 

Burnout, Psychological

Change Management

Endurance Training 

Eucalyptus Oil 

Ex-Smokers 

Fish Proteins, Dietary

Fruit Proteins

Gestational Weight Gain

Grain Proteins

Gray Literature

Healthcare-Associated Pneumonia

Host Microbial Interactions

Internet Access

Lycopene

Meat Proteins 

Natural Disasters 

Non-Smokers 

Nut Proteins

Nutrients

Orlistat

Pea Proteins 

Poultry Proteins

Resveratrol 

Screen Time 

Shellfish Proteins

Solanales 

מספר מונחים הם בעלי חשיבות לעוסקים בתזונה, כמו פירוט מדויק של סוגי חלבונים מהחי ומהצומח. כמו כן מופיעים כעת במאגר נוטריינטים מרכזיים במחקר כגון רסרבטול וליקופן. מונחים שימושיים לטיפול השוטף כמו Body-Weight Trajectory או Gestational Weight Gain. ומונחים רלוונטיים נוספים כמו Orlistat או Screen Time.

השינוי המשמעותי ביותר נרשם בקטגוריית סוגי הפרסומים, עם הוספתן של סקירות שיטתיות כסוג פרסום ב – MeSH.  גם עד כה הופיעו סקירות שיטתיות ברשימת סוגי הפרסומים, אך הן היו שם במעמד מיוחד כפילטר ולא כמונח MeSH. כפילטר הן עדין מופיעות בדף של Clinical Queries.

בהוספתן  של  הסקירות השיטתיות לקטגורית סוגי הפרסומים ב – MeSH  נעשתה היסטוריה קטנה, כאשר לראשונה הוסף האינדקס גם למאמרים שפורסמו בעבר. בדרך כלל, מונחי MeSH חדשים מתווספים רק למאמרים חדשים. 

בין סוגי הפרסומים החדשים שהוספו ניתן למנות מספר סוגי קטלוגים ומילונים, פרפרינטים ואפילו פרמקופאה הומאופטית. מושג מענין מהבחינה המידענית שהוסף לרשימת המונחים הוא Gray Literature. 

בסך הכל נוספו השנה למאגר 421 מונחים ו – 20 סוגי פרסומים. נראה מה יביא איתו העדכון הבא!

איך אפשר להשתמש במונחים הללו באופן מעשי?

מונחי MeSH משמשים ליצירת האינדקס של כל המאמרים במדליין. כלומר אם נבצע חיפוש בעזרת מלים אלה נוכל לקבל את כל המאמרים שפורסמו בנושא. אפשר לבצע חיפוש כל פעם לפי הצורך, או להרשם להתראה שבאופן אוטומטי תעדכן אותנו בכל פרסום של מאמר רלוונטי חדש.
איך לבצע חיפוש עם מונחי MeSH? להלן סרטון קצר שמדגים זאת כאן בקישור
איך להרשם להתראות על החיפוש? להלן סרטון קצר שמדגים זאת כאן בקישור

לסיכום: MeSH?  - כדאי להשתמש!