MeSH 2020 - כל העדכונים!

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh

כמדי שנה, מונחי MeSH, המונחים מהם בונים את האינדקס של Medline, עוברים עדכון, שינוי והתאמה.  אותי תמיד מענין לראות את העדכונים הללו, המשקפים במידה רבה את המגמות והחידושים בעולם הביו-רפואי. ולמה זה שימושי? באמצעות מונחים אלה מתארים את אנשי המקצוע (ה - Indexers) בספריה הלאומית לרפואה בארצות הברית (NLM) את המאמרים החדשים הנכנסים ל - Medline, כך שיקל עלינו לאתרם על פי משמעותם בעת החיפוש במאגר. במלים אחרות, מונחים אלה משמשים כמעין "האשטגים" על כל מאמר. ניתן להשתמש במונחים הללו גם כדי ליצור התראה על מאמרים חדשים שנכנסים ל - Medline בנושאים שמעניינים אותנו. אז מה התחדש ב - 2020?

קצת מספרים

97 מונחי MeSH ראשיים (Headings) שונו או הוסרו. הרשימה המלאה כאן בקישור
293 מונחי MeSH ראשיים חדשים הוספו, וכן 2 סוגי פרסומים Publication Types. הרשימה המלאה כאן בקישור

חידושים מעניינים

ברשימת המונחים החדשים אפשר לראות מספר קבוצות, המשקפות פרויקטים עליהם עובדים ב - NLM. את העדכון המלא על הפרויקטים הללו ניתן לראות כאן.

פרויקט מונחים בתחום המזון

במונחים החדשים בתחום המזון ניתן לראות הגדרה כוללת של חלבון מהחי, מה שיכול לסייע בחיפושים המבדילים בין חלבון מהחי וחלבון מהצומח. מתאים למגמה הגוברת של תזונה מבוססת מזון מהצומח בהיבטים בריאותיים וסביבתיים. מונחים ייחודיים הוספו גם למשקאות ממותקים בסוכר או בממתיקים מלאכותיים, ובהמשך למחקר הענף ולסטארטאפים הרבים העוסקים בשילוב חרקים בתפריט - נוסף המונח המתבקש Edible Insects.

Animal Proteins, Dietary

Artificially Sweetened Beverages

Edible Insects

Pork Meat

Salads

Sugar-Sweetened Beverages

פרויקט מונחים מתחום הפסיכיאטריה והפסיכולוגיה

מונחים חשובים הוספו בתחום הפרעות אכילה מסוגים שונים, כולל אכילה בררנית, דיאבולימיה ודימוי גוף.

Avoidant Restrictive Food Intake Disorder

Body Dissatisfaction

Body Integrity Identity Disorder

Diabulimia

Emotional Regulation

Food Fussiness with an entry term of Picky Eating

Psychological Distress

Suicide, Completed

מונחים נוספים

מספר מונחים נוספים מעניינים נכנסו השנה לרשימה:

ברוח הזמן נכנסו המונחים- 

Blockchain, Data Management, Disruptive Technology,  Internet-Based Intervention

משבר האקלים והסביבה הביא את המונחים  Exposome , Microplastics, Extreme Weather 

בתחום הספורט  Para-Athletes , Relative Energy Deficiency in Sport 

בתחום ההשמנה Obesity, Maternal ,  Weight Prejudice

בתחום הפרעות אכילה וגסטרו Rumination Syndrome

ובתחום האנקדוטות לסיום: משהו חיובי Psychology, Positive  משהו בריא Pomegranate וכוסות רוח למת מישהו? Cupping Therapy.

למידע נוסף : סרטון הדרכה  חדש המסביר באופן כללי על MeSH  (שעה ועשרים דקות)

מאמר שהוסר - חלון לתהליך המדעי

Tracking retractions as a window into the scientific process - או בתרגום חופשי: מעקב אחרי מאמרים שהוסרו כחלון לתהליך המדעי (באנגלית זה נשמע יותר טוב..) זהו המשפט המתנוסס בראש הבלוג Retraction Watch. הבלוג נוסד בשנת 2010 על ידי אדם מרכוס ואיוון אורנסקי, במטרה בין היתר לשפר את השקיפות והנראות של מאמרים שהוסרו מהספרות המדעית מסיבות שונות.

תמונה 1. https://retractionwatch.com/

הבלוג כולל מאגר מידע מקיף של מאמרים שהוסרו לאחר פרסומם, או שקיבלו תיקונים והערות (expressions of concern), ונכון להיום מכסה מעל  21,000 מאמרים. ניתן לחפש במאגר על פי מספר רב של פרמטרים, בהם שם המאמר או המחבר/ים, כתב העת או המו"ל, המוסד בו עובדים החוקרים ועוד.
בנוסף כולל הבלוג פוסטים מרתקים בנושא זה, ביניהם למשל הפוסט על עשרת המאמרים המצוטטים ביותר שהוסרו מהספרות המדעית, תוך ציון כמה צוטטו לפני ואחרי ההסרה.
על התופעה של הסרת מאמרים ועל הבלוג כתבה גם ד"ר שירי דיסקין, העוסקת בכתיבה רפואית.

איך נבנה מאגר המידע של Retraction Watch

מקור המידע העיקרי עליו מבוסס המאגר הוא פאבמד. בפאבמד ניתן לאתר מאמרים שהוסרו או  שקיבלו הערה מסוגים שונים באמצעות מונחי חיפוש ייעודיים ו/או באמצעות מונחי MeSH העוסקים בכך, כמפורט בתמונות 2 ו - 3. ניתן גם, כמו בכל חיפוש בפאבמד, ליצור התראה על החיפוש ולקבל עדכונים שוטפים על מאמרים שהוסרו או קיבלו הערות מסוגים שונים.

תמונה 2. מונחי חיפוש ייעודיים להערות בפאבמד מתוך ספר העזרה 

תמונה 3. מונחי MeSH לחיפוש מאמרים שהוסרו או מאמרים בנושא הסרת מאמרים

לאחר שלא היה לי לגמרי ברור איך נבנה המאגר של Retraction Watch והאם הוא מבוסס רק על פאבמד או על מקורות מידע נוספים פניתי לבעלי הבלוג וקיבלתי הסבר מפורט יותר על האופן בו נבנה המאגר שלהם. לפי הסבר זה מסתבר שהמקור העיקרי הוא אכן פאבמד, עם השלמות ממאגרים נוספים, ואיסוף מטא-דאטא על כל פריט.

לסיכום, נראה ש - Retraction Watch פותח צוהר לחלק חשוב בתהליך המדעי שלא תמיד שמים עליו את הדגש ואת תשומת הלב, וזהו מקור טוב להתחיל ממנו בנושא זה. 

רואים תוצאות (חלק 2): מפות המידע - סקירת ספרות ויזואלית

בפוסט הראשון בסדרה "רואים תוצאות" הצגתי אתר המראה תוצאות חיפוש שאינו מדעי באופן ויזואלי.
Open Knowledge  Maps לעומת זאת, הוא אתר המאפשר קבלת תמונה ויזואלית של תוצאות חיפוש של מידע מדעי. האתר קם על ידי Peter Kraker בשנת 2015, לאחר שהתאכזב מכלי גילוי הידע הקיימים בתחום המדעי במסגרת עבודת הדוקטורט שלו. כיום עומד מאחורי האתר ארגון רשום ללא כוונת רווח. האתר נמצא כעת בגרסת הבטא שלו, כך שתגובות יתקבלו בברכה על ידי יוצריו.
האתר מאפשר לקבל במבט אחד תמונה של הידע הקיים התחום, לזהות מושגים מרכזיים, ולמצוא מאמרים לפי נושאים ספציפיים. ניתן לבצע את החיפוש ב - Pubmed למידע בתחום הביו-רפואי, או באתר Base (המתוחזק על ידי אוניברסיטת ביילפלד בגרמניה), המכסה נושאים רב תחומיים.
כל חיפוש יוצר מפת ידע שמבוססת על 100 מאמרים (או פחות, אם מדובר על נושא חדש או חיפוש מוגבל בזמן למשל).
ברירת המחדל היא חיפוש מכל הזמנים על פי רלוונטיות, אך ניתן לשנות לחיפוש לפי מועד הפרסום. בחיפוש באתר Base  יש אפשרויות סינון גדולות יותר. לחיצה על כל בועה במפה מציגה את המאמרים המרכיבים אותה.
את המפה המתקבלת בתוצאות החיפוש ניתן לשתף למייל, לפייסבוק או לטוויטר, לשתף את הקישור על ידי העתקתו, ואף להטמיע את המפה באמצעות קוד הטמעה שמספק האתר.
התוצאות מבליטות מאמרים בגישה פתוחה, במידה וקיימים.

דוגמה למפה על דיאטת פלאו ניתן לראות כאן, ובתמונה 1.

תמונה 1. מפת המידע על דיאטת פלאו 

כתבו על האתר גם ד"ר יפה אהרוני והמידען מרכוס זילמן.
בחזון של מפתחי האתר גם אפשרות עתידית של עבודה משותפת על המפות, כפי שמוצג בסרטון הבא.
ואם אתם רוצים להעביר הדרכה על האתר, גם הכינו לכם מצגת.
נסו ותהנו!

MeSH: גרסת 2019

כמדי שנה מתעדכן מאגר המלים המבוקרות המשמש ליצירת האינדקס של מדליין - הלא הוא MeSH. תמיד מענין לצלול לתוך רשימת המונחים החדשים שנוספו, ולקבל אגב כך מושג על מגמות בספרות הרפואית.
 את הפירוט המלא של כל השינויים שחלו במאגר MeSH  לשנת 2019 ניתן לראות כאן.

MeSH Database

מה חדש במונחי MeSH? הצצה

להלן טעימה מתוך 421 המונחים החדשים שנוספו לרשימה השנה, ותפסו את עיני (מסודרים בסדר אלפביתי):

Adverse Childhood Experiences 

Aggressive Driving

Big Data

Body-Weight Trajectory 

Built Environment 

Burnout, Psychological

Change Management

Endurance Training 

Eucalyptus Oil 

Ex-Smokers 

Fish Proteins, Dietary

Fruit Proteins

Gestational Weight Gain

Grain Proteins

Gray Literature

Healthcare-Associated Pneumonia

Host Microbial Interactions

Internet Access

Lycopene

Meat Proteins 

Natural Disasters 

Non-Smokers 

Nut Proteins

Nutrients

Orlistat

Pea Proteins 

Poultry Proteins

Resveratrol 

Screen Time 

Shellfish Proteins

Solanales 

מספר מונחים הם בעלי חשיבות לעוסקים בתזונה, כמו פירוט מדויק של סוגי חלבונים מהחי ומהצומח. כמו כן מופיעים כעת במאגר נוטריינטים מרכזיים במחקר כגון רסרבטול וליקופן. מונחים שימושיים לטיפול השוטף כמו Body-Weight Trajectory או Gestational Weight Gain. ומונחים רלוונטיים נוספים כמו Orlistat או Screen Time.

השינוי המשמעותי ביותר נרשם בקטגוריית סוגי הפרסומים, עם הוספתן של סקירות שיטתיות כסוג פרסום ב – MeSH.  גם עד כה הופיעו סקירות שיטתיות ברשימת סוגי הפרסומים, אך הן היו שם במעמד מיוחד כפילטר ולא כמונח MeSH. כפילטר הן עדין מופיעות בדף של Clinical Queries.

בהוספתן  של  הסקירות השיטתיות לקטגורית סוגי הפרסומים ב – MeSH  נעשתה היסטוריה קטנה, כאשר לראשונה הוסף האינדקס גם למאמרים שפורסמו בעבר. בדרך כלל, מונחי MeSH חדשים מתווספים רק למאמרים חדשים. 

בין סוגי הפרסומים החדשים שהוספו ניתן למנות מספר סוגי קטלוגים ומילונים, פרפרינטים ואפילו פרמקופאה הומאופטית. מושג מענין מהבחינה המידענית שהוסף לרשימת המונחים הוא Gray Literature. 

בסך הכל נוספו השנה למאגר 421 מונחים ו – 20 סוגי פרסומים. נראה מה יביא איתו העדכון הבא!

איך אפשר להשתמש במונחים הללו באופן מעשי?

מונחי MeSH משמשים ליצירת האינדקס של כל המאמרים במדליין. כלומר אם נבצע חיפוש בעזרת מלים אלה נוכל לקבל את כל המאמרים שפורסמו בנושא. אפשר לבצע חיפוש כל פעם לפי הצורך, או להרשם להתראה שבאופן אוטומטי תעדכן אותנו בכל פרסום של מאמר רלוונטי חדש.
איך לבצע חיפוש עם מונחי MeSH? להלן סרטון קצר שמדגים זאת כאן בקישור
איך להרשם להתראות על החיפוש? להלן סרטון קצר שמדגים זאת כאן בקישור

לסיכום: MeSH?  - כדאי להשתמש!

המשרד (ODS) לשירותך: כל מה שרצית לדעת על תוספי תזונה. חלק 4: הפילטר המיוחד של פאבמד לתוספי תזונה

בפרק הרביעי והאחרון העוסק במקורות מידע לאנשי מקצוע מאתר ODS רציתי להפנות את תשומת הלב לפילטר מיוחד לנושא של תוספי תזונה המצוי בפאבמד, וקצת נחבא מן העין.
את הפרקים הקודמים בסדרה ניתן לקרוא כאן.
הפילטר, הנקרא Dietary Supplement Subset, הינו פרי של שיתוף פעולה בין ODS לבין הספריה הלאומית לרפואה NLM. הפילטר מאפשר להגביל את החיפושים בפאבמד לחלק של המאגר העוסק בתוספי תזונה בלבד.

איך משתמשים בפילטר של תוספי התזונה?

הפילטר של תוספי תזונה אינו נמצא בדרך כלל בפילטרים המופיעים כברירת מחדל לאחר כל חיפוש בפאבמד בצד שמאל של המסך. לכן במספר פעולות פשוטות מוסיפים אותו לפאנל הפילטרים.

שלב 1 : הוספת הפילטר Subjects לרשימת הפילטרים

הפילטר של תוספי תזונה שייך לקטגוריה הנקראת Subjects. לכן ראשית יש להסיף קטגוריה זו לרשימת האפשרויות. לאחר ביצוע חיפוש כלשהו, לוחצים על Show additional Filters  ובוחרים את Subjects כמתואר בתמונה 1, בדוגמה על חיפוש בנושא מגנזיום. 

תמונה 1: הוספת פילטר Subjects לפאנל הפילטרים

שלב 2: הוספת האפשרות של Dietary Supplements בתוך Subjects

לאחר שהוספנו את הפילטר  Subjects, יש להוסיף בתוכו את Dietary Supplements כמתואר בתמונה 2.  

תמונה 2: הוספת Dietary Supplements  

שלב 3: בחירת הפילטר Dietary Supplements

לאחר שהוספנו את הפילטר, כל שנותר לעשות הוא ללחוץ עליו, ולקבל תוצאות חחיפוש ממוקדות בנושא של תוספי תזונה. ניתן כמובן להוסיף פילטרים אחרים הצורך.

תמונה 3: בחירת הפילר של תוספי תזונה

מידע נוסף

מידע נוסף על הפילטר, כולל דוגמאות לשימוש, ניתן לקרוא כאן. בנוסף, אם אתם לא רוצים להוסיף לבד את הפילטר, תוכלו לבצע את החיפוש ישירות מתיבת החיפוש שכאן, ופאבמד יוסיף לכם אוטומטית את הפילטר של תוספי תזונה.
ואם כבר משתמשים בפילטרים המצויים תחת Subjects, שימו לב לפילטרים מעניינים נוספים כמו סרטן, איידס או ההיסטוריה של הרפואה, אולי גם הם יהיו לכם לעזר.

אוכל למחשבה: מקורות מידע בנושא תזונה

אוכל למחשבה: הוובינרים

וובינר שנערך לאחרונה על ידי הרשת הלאומית של הספריות הרפואיות בארצות הברית National Network of Libraries of Medicine הוקדש כולו למקורות מידע בתחום התזונה. הוובינר עסק ברובו במקורות מידע המתאימים גם לציבור הרחב מהאתרים של USDA, FDA ו - CDC. אולם עשר הדקות האחרונות של הוובינר הוקדשו למידע עבור אנשי מקצוע.
זוהי הפעם השניה שבה הוובינר מתקיים. הפעם האשונה היתה ביולי 2017, בה התקיים הוובינר בשני חלקים של שעה כל אחד. החלק הראשון עסק במקורות המתאימים גם לציבור הרחב, והחלק השני עסק במקורות המתאימים בעיקר לציבור אנשי המקצוע, בהרחבה רבה יותר לעומת הוובינר האחרון.
בחלק המוקדש לאנשי מקצוע ניתן דגש על מקורות למידע סטטיסטי בתזונה, חיפוש בפאבמד בנושאי תזונה בעזרת MeSH ובעזרת שאילתות מובנות, סקירות שיטתיות בנושאי תזונה ומנוע החיפוש PubAg.

אוכל למחשבה: הוובינר

אוכל למחשבה: האתר

בנוסף לוובינרים, רוכזו כל מקורות המידע עם הקישורים הרלוונטיים באתר מיוחד המאפשר גישה נוחה לכל האתרים שהוזכרו בסרטונים. ניתן גם להוריד את המצגת באתר הקורס. עוד ניתן לראות באתר הקורס כי מחזור נוסף צפוי בנובמבר 2018.

מקורות מידע נבחרים 

שאילתות מובנות בפאבמד

בפאבמד קיימות מגוון שאילתות מוכנות מראש, כפי שגם הרחבתי בנושא בעבר. שאילתות כאלה בנושאי תזונה ניתן למצוא תחת Healthy People 2020 Structured Evidence Queries 

(גישה מדף הבית של פאבמד ← Healthy People 2020 ← Topic-Specific Queries ).

נושאים רלוונטיים במיוחד הם למשל Food Safety ,Nutrition and Weight Status, Diabetes.

מקורות מידע של הספריה הלאומית לחקלאות National Agricultural Library

אוספים דיגיטליים

באתר של הספריה הלאומית לחקלאות קיימים מספר אוספים דיגיטליים מעניינים מאוד. הגישה לאוספים היא מתפריט האוספים שבדף הבית של הספריה. בתחום התזונה ניתן למנות את האוסף הדיגיטלי ההיסטורי של המלצות התזונה האמריקאיות. באוסף קיימים למעלה מ - 900 פריטים, וניתן לגלוש לפי נושאים או לבצע חיפוש.
בנוסף קיימת באוסף אינפוגרפיקה המציגה פרסומים היסטוריים בנושא כולל רשימת מקורות.
בין האוספים ניתן למצוא גם אוסף היסטורי בנושא חקלאות אורגנית, ואוסף של פרסומים מדעיים של חוקרי משרד החקלאות. אוסף זה כלול גם במנוע החיפוש PubAg. 

PubAg

PubAg  הוא מנוע החיפוש של ספריית משרד החקלאות בנושאי חקלאות. הוא כולל מאמרים של חוקרי המשרד בטקסט מלא, וכן ציטוטים של יותר ממליון וחצי מאמרים בתחום. בין הנושאים המכוסים במאגר גם תזונה, בטיחות מזון ואיכות מזון. מידע נוסף ניתן לראות כאן. 

מרכז מידע בנושא מזון ותזונה 

המרכז כולל גישה לאין ספור מקורות מידע איכותיים בנושאי תזונה ומזון, ביניהם להמלצות התזונה העדכניות, מחשבון DRI לאנשי מקצוע, מאגר המידע של ערכים תזונתיים של ה - USDA ועוד ועוד...

הכי מעודכן בכיתה (חלק 6): התראות מפאבמד

בפרקים הקודמים עסקנו במקורות לקבלת עדכונים בנושאי תזונה ורפואה מאתרים ייעודיים העוסקים בנושאים אלה. הפעם נראה כיצד ניתן לקבל התראות על מאמרים חדשים שפורסמו בנושאים על פי בחירתנו. תחילה נראה כיצד עושים זאת בפאבמד, ובהמשך נראה כיצד עושים זאת בגוגל סקולר.

נניח שביצעתם חיפוש בנושא שמענין אתכם. קיבלתם את כל המאמרים הרלוונטיים נכון לרגע זה. אבל מה עם המאמר שיתפרסם עוד שעה? עוד יום ? עוד שבוע? במקום לחפש שוב ושוב, ניתן להרשם לקבלת עדכונים באמצעות הרשמה חינמית לחשבון My NCBI בפאבמד ולהיות תמיד מעודכנים. להלן הסבר על ההרשמה  כולל סרטוני הדרכה קצרים.

איך נרשמים? 

1. עושים חיפוש כלשהו בפאבמד.
2. לוחצים על הלינק יצירת התראה Create Alert המופיע מתחת לשורת החיפוש לאחר ביצוע חיפוש כלשהו (תמונה 1).
3. התחברות ל - My NCBI באמצעות חשבון גוגל (קישור להתחברות מופיע אוטומטית בלחיצה על Creat Alert  אם לא הייתם מחוברים קודם לכן) (תמונה 2).
4. הגדרות השמירה: בחירת שם לחיפוש/ בחירה אם לקבל מיילים על תוצאות חדשות כן או לא ושמירה.
5. לבדיקת תוצאות חדשות בכל עת גם ללא הרשמה למייל: נכנסים שוב ל - My NCBI מהלינק שבפינה הימנית של כל דף בפאבמד ובודקים בתיבת Saved Searches לגבי החיפוש הרלוונטי.

תמונה 1. קישור ליצירת התראה מתחת לחלונית החיפוש. מסומן בצהוב

תמונה 2. דף הפניה להתחברות ל - NCBI עם חשבון גוגל (בין היתר, מסומן בצהוב)

ניתן לראות כיצד מתבצע התהליך גם בסרטון הדרכה של צוות ההדרכה של פאבמד כאן בקישור (עד דקה 7 לערך).
וכן בסרטון קצר שהכינותי  אני בעבורכם כאן בקישור.

הרשמה לקבלת התראות על פרסומים של מחבר מסוים

עוד סוג שימושי של התראה הוא קבלת עדכונים על מאמרים של מחבר מסוים. אם יש מחבר החביב עליכם, שתרצו לדעת מיד על כל מאמר חדש שלו, ניתן ליצור לכך התראה. 

איך  נרשמים?

1. מחפשים מאמר שידוע לכם שהוא של המחבר.
2. לוחצים על כותרת המאמר לקבלת התקציר שלו.
3. לוחצים על שם המחבר תחת האבסטרקט (זהו לינק פעיל כעת). שימו לב שבשורת החיפוש של פאבמד מופיע כעת שמו.
4. לוחצים על Creat Alert וחוזרים על התהליך של ההרשמה לקבלת התראות כמו בסעיף הקודם.

צורה זו של רישום להתראה על מחבר מומלצת על מנת להבטיח בצורה מיטבית שנקבל התראות על המחבר שרצינו ולא של מחבר אחר עם שם זהה. 

להלן סרטון קצר המדגים את תהליך ההרשמה לפי מחבר עם הרשמה לקבלת התראות על הפרסומים של פרופ' איריס שי. 

הרשמה לקבלת התראות מ- Pubmed Health

Pubmed Health הוא מאגר מידע נוסף של NLM המכיל בעיקר סקירות שיטתיות. הוא מכסה גם מקורות מידע שאינם כלולים בפאבמד. ניתן לבצע חיפוש במאגר או לגלוש לפי נושאים. בשני המקרים ניתן ליצור התראה  ישירות ל - My NCBI. 

מידע מרוכז

ב - Pubmed Health ניתן למצוא מידע מרוכז לפי נושאים, אותם ניתן לאתר על ידי חיפוש או על ידי גלישה. בחיפוש ניתן לראות קישור לדף הנושא המרוכז בראש דף תוצאות החיפוש בתיבה (תמונה 3). לגלישה לפי נושאים נכנסים לתפריט Contents (בפינה השמאלית) ובוחרים Health A To Z. גם בדף הנושא וגם בדף של תוצאות החיפוש יש קישור (מסומן בצהוב) ליצירת התראה באותו אופן שיצרנו מפאבמד.

להלן סרטון הדרכה קצר המדגים את ההרשמה לקבלת עדכונים מ- Pubmed Health. 

תמונה 3. פאבמד הלת': הרשמה להתראות על נושא מוגדר או תוצאות חיפוש

תמונה 4. דף נושא ב-Pubmed Health , ניתן ליצור עם עליו התראה ל - My NCBI

לחפש כמו המקצוענים: אסטרטגיות חיפוש בקליק

אנשי מקצוע בתחום הרפואה מתמודדים עם שתי בעיות עיקריות בכל הקשור לחיפושי מידע:

1.מחסור בזמן.
2.קבלת תוצאות רבות בכל חיפוש, המקשה להגיע לתוצאות רלוונטיות במהירות (ראה סעיף 1).

בספריה הלאומית לרפואה בארה"ב יודעים את זה, ולכן יצרו עבור המשתמשים שאילתות חיפוש מוכנות מראש. מדובר בדרך כלל בשאילתות מורכבות מאוד, שנבנו בידי מומחים לדבר. אולם עבורנו המשתמשים, לא מדובר על יותר מאשר הוספת מילות המפתח הרלוונטיות לנו וחיפוש באמצעות קליק אחד או שניים. תוצאות החיפוש הן ממוקדות ונותנות מספר קטן יחסית של מאמרים איכותיים ורלוונטיים.

תמונה מספר 1. חיפושים מוכנים מראש בפאבמד

איפה נמצאים החיפושים המוכנים מראש?

קישור לחיפושים המוכנים מראש ניתן למצוא בדף הבית של פאבמד, בטור האמצעי תחת PubMed Tools.

בתמונה מספר 2 ניתן לראות את הקישורים מודגשים בצהוב: Clinical Queries ו - Topic-Specific Queries בדף הבית של פאבמד.

תמונה 2. קישור לחיפושים המוכנים מראש בדף הבית של פאבמד

Clinical Queries

עמוד הבית של PubMed Clinical Queries מציע חיפשים מוכנים מראש עבור קלינאים וחוקרים בשלוש קטגוריות: מחקרים קליניים, סקירות שיטתיות וגנטיקה רפואית. מכניסים את מילות החיפוש הרלוונטיות בחלונית החיפוש בראש הדף, ומקבלים שלושה טורים של תוצאות. בכל טור מוצגות מספר תוצאות מובילות, ועל מנת לראות את כל התוצאות יש ללחוץ על see all המופיע מתחת להן. אם רוצים לראות מהי אסטרטגיית החיפוש שבוצעה ניתן ללחוץ על filter information בתחתית כל טור (תמונה 3). 

סקירות שיטתיות Systematic Reviews ניתן לראות בטור האמצעי. 

בטור השמאלי יופיעו Clinical Study Categories. בטור זה ניתן לשנות את קטגוריות והיקף החיפוש לפי הצורך. ברירת המחדל היא קטגוריית מחקר של טיפול, וחיפוש בהיקף רחב. ניתן לשנות לקטגוריות מחקר נוספות כמו אבחון או פרוגנוזה, ולהיקף חיפוש צר. 

הטור הימני עוסק בגנטיקה רפואית וגם בו ניתן לשנות את נושאי החיפוש לפי הצורך.

תמונה 3. עמוד הבית של Clinical Queries

Topic-Specific Queries

עמוד הבית של Topic-Specific Queries מציג את רשימת החיפושים המוכנים מראש לפי נושאים הקיימים בפאבמד. חלקם אסטרטגיות חיפוש מוכנות מראש, חלקם פילטרים לסינון התוצאות וחלקם ממשקי חיפוש שונים מהחיפוש הרגיל באמצעות פאבמד.

הרשימה מחולקת ל - 4 קטגוריות, נתרכז בשתיים הראשונות והשימושיות ביותר:

1. Clinicians and Health Services Researchers Queries

Clinical Queries שפגשנו בסעיף הקודם מופיע בראש קטגוריה זו, וניתן לגשת אליו גם מכאן. זוהי למעשה דוגמה לממשק חיפוש אלטרנטיבי לפאבמד. עוד בקטגוריה זו ניתן למצוא חיפושים העוסקים ברשומה הרפואית האלקטורונית (Electronic Health Records), בהשוואת יעילות טיפולים שונים (Comparative Effectiveness Research)  ובאיכות טיפול לעומת עלות (Health Services Research (HSR) Queries). 

שימושי במיוחד בקטגוריה זו הוא הקישור לחיפושים המובנים של הפרוייקט Healthy People 2020. זהו פרוייקט של הממשל האמריקאי שהציב מטרות בתחומי בריאות שונים. על כל מטרה ומטרה של הפרוייקט הוכן חיפוש מובנה הניתן לשימוש. נושאים שימושיים בתחום התזונה בפרוייקט הם למשל Nutrition and Weight Status או Food Safety. תחת כל קטגוריה (תמונה 4) יש פירוט המטרות שהוצבו. מימין לכל מטרה יש קישור לפירוט המלא שלה, ומשמאל לה קישור לחיפוש הרלוונטי בפאבמד. לאחר שעוברים לפאבמד ניתן לבצע שינויים באסטרטגיית החיפוש המופיעה בחלונית פרטי החיפוש, למשל למחוק את ההגבלה לארה"ב בלבד אם רוצים להרחיב את החיפוש לאזורים נוספים (תמונה 5).

תמונה 4. דוגמה לפירוט המטרות בנושא בטיחות מזון והקישורים לפירוט המלא של המטרה (מימין) ולחיפוש המובנה מפאבמד (מצד שמאל).

תמונה 5. חיפוש מובנה בפאבמד. ניתן למחוק או להוסיף מלים בחלונית פרטי החיפוש.

2. Subjects

החיפושים לפי נושאים הם למעשה פילטרים של פאבמד המצמצמים את החיפוש במאגר לפי נושאים שונים. ניתן לבצע את החיפוש לפי נושאים גם ישירות מדף הבית של פאבמד בעזרת הפילטרים המופיעים משמאל לאחר ביצוע חיפוש כלשהו. בין הנושאים ניתן לראות למשל את מחלת הסרטן, תוספי תזונה, רפואה משלימה ועוד.
לחיצה על הקישור עם שם הנושא בצד שמאל (תמונה 6) תעביר אתכם ישירות לפאבמד עם הוספה אוטומטית של הפילטר הנבחר. אם אתם רוצים להתרשם ממורכבות החיפוש היוצר את תת הנושאים הללו תוכלו ללחוץ על הקישור מימין לפילטר. כאן למשל האסטרטגייה היוצרת את תת הנושא תוספי תזונה.

תמונה 6. פילטרים לפי נושאים

למידע נוסף ניתן גם לצפות בסרטון הבא העוסק בדיוק בנושא זה

• לסרטון המלא (49 דקות) Saving Time with PubMed Subject-Specific Queries
• מבוא - עד דקה 6
• Clinical Queries - מדקה 6 עד 10:18.
• Topic-Specific Queries - מדקה 10:19 עד 16:59.
• Subjects מדקה 17:00 עד דקה 22:37.
• מקורות נוספים מדקה 22:38 עד דקה 29:52 , כולל על חיפושים מוכנים מראש דרך נושאים ממדליין פלוס, טוקסנט ואוספים של עיתונים.
• חיפושים מובנים בפאבמד מאתרים אחרים, כולל מ-  ClinicalTriaels - מדקה 29:53 עד הסוף.

ולסיכום: חיפושים מוכנים זה פשוט מגניב! נסו ותהנו :)

זה לא רק סמנטיקה - על מנוע החיפוש Semantic Scholar והפיתוח החדש: Citeomatic

מנוע החיפוש החופשי Semantic Scholar עלה לרשת בחודש נובמבר 2015 עם 3 מליון מאמרים מדעיים. כיום הוא מכסה למעלה מעשרה מליון מאמרים, והצפי לשנת 2017 הוא הרחבה לעשרים מליון מאמרים מדעיים.
לפי המידע על מנוע החיפוש, מרבית המאמרים עד כה הם מתחום מדעי המחשב והמוח, אם כי מההתנסות שלי מצאתי מאמרים רבים גם בתחומי הרפואה השונים כולל תזונה. התוכנית לשנת 2017 היא להגדיל משמעותית את הכיסוי של מנוע החיפוש לתחום הביו רפואי.
מנוע החיפוש הוא פרי פיתוחם של Allen Institute for Artificial Intelligence בהנהלת מדען המחשבים פרופ' אורן עציוני ו- The Allen Institute for Brain Science. עוד על פרופ' אורן עציוני ועל סמנטיק סקולר ניתן לקרוא כאן בבלוג של עמי סלנט.

סמנטיק סקולר וה - Citeomatic

מאפייני Semantic Scholar

צורת החיפוש של סמנטיק סקולר שונה ממנועי חיפוש אחרים ומבוססת על בינה מלאכותית. בשיטה זו מנוע החיפוש כמו "מבין" את המאמר, ודולה ממנו את מילות המפתח מבלי להיות תלוי במלים שהגדירו המחבר או המו"ל. הוא גם מסוגל למשל להבין מי מבין המאמרים המצוטטים במאמר היו חשובים למאמר, ומי צוטטו לצורך רקע בלבד.

כמו כן חשוב לדעת שסמנטיק סקולר מכסה כמעט אך ורק מאמרים בטקסט מלא. או כפי שמסבירים יוצרי האתר, הם אינם יכולים לעבור את חומת התשלום. 

כלים שימושיים

פילטרים

את תוצאות החיפוש ניתן למיין לפי רלוונטיות או תאריך (בפינה הימנית העליונה של המסך).

הפילטרים מצד שמאל של מסך תוצאות החיפוש מאפשרים מיונים נוספים, חלקם ספציפיים מדי לטעמי (אם אתם לא חוקרי מוח):

• לפי תחום המחקר Filed of study - כאן ניכרים תחומי העיסוק של יוצרי מנוע החיפוש - התחומים הקיימים נכון לעכשיו הם מדעי המחשב ומדעי המוח. 
• לפי שנת הפרסום
• לפי סוג הפרסום (סקירה, מאמר מקורי ועוד)
• לפי מחבר (מאפשר גם לזהות מחברים מובילים בתחום מסוים)
• לפי העיתון בו פורסם המאמר
• לפי האזור במוח וסוג התא במערכת העצבים ... (מדעי המוח כבר אמרנו?)
• לפי מאגרי נתונים בהם השתמשו
• לפי מונחי מפתח - שימושי!!
• לפי שיטות מחקר
• לפי בעל החיים הנחקר

שמירת מאמרים, שיתוף וציטוט

בראש המסך ניתן למצוא כלים ברוח התקופה - כפתור שיתוף של מנוע החיפוש לרשתות חברתיות שונות, וכן אפשרות להרשם באמצעות פייסבוק, גוגל או טוויטר וכך לשמור מאמרים ברשימת קריאה. 

את השמירה של מאמרים עושים בעזרת כפתור השמירה המופיע מתחת לכל מאמר בתוצאות החיפוש. 

כפתור ה - Cite המצוי גם כן תחת כל מאמר יאפשר לכם לשלוח את הציטוט לתוכנות לניהול ביבליוגרפיה או לקבל ציטוט מוכן להעתקה לפי APA, MLA או שיקגו. 

מאמרים דומים, מהירות הציטוט והרפרנסים המרכזיים

מתחת לכל מאמר נוכל למצוא גם הפניה למאמרים דומים ולטקסט המלא.

בחלק מהמאמרים יופיעו גם הנתונים המעניינים הבאים - באיזו מהירות צוטט המאמר ( Citation Velocity), ואילו רפרנסים שהוא מצטט הם החשובים ביותר לתוכנו ( Highly Influential Citations).

. 

חדש! ה - Citeomatic

בסוף ינואר 2017 הושק כלי חדש לסקירת ספרות שזכה לשם Citeomatic. מעלים לתוך ה - Citeomatic אבסטרקט או מאמר, והכלי מוצא מאמרים רלוונטיים. מתאים במיוחד בתחילת מחקר, או רגע לפני פרסום מאמר. אבל גם סתם כך למצוא מאמרים נוספים דומים למאמר טוב שכבר מצאתם. 

מה בין סמנטיק סקולר לגוגל סקולר ופאבמד - מחשבות

הכיסוי של מאמרים בטקסט מלא בעיקר מגביל את תוצאות החיפוש של סמנטיק סקולר לעומת מנועי החיפוש  פאבמד וגוגל סקולר, שכן כוללים מאמרים בתשלום בתוצאות החיפוש שלהם.

מבחינת היקף החומר המכוסה על ידי מנועי החיפוש, אם בסמנטיק סקולר שואפים להגיע ל -20 מליון בשנת 2017, בפאבמד יש כבר עכשיו מעל 26 מליון מאמרים, ובגוגל סקולר לפי ההערכות אף מעל 200 מליון.

יתרונו של גוגל סקולר הוא בכיסוי הרחב שלו, אולם הפרסומים הכלולים בו אינם מאמרים מדעיים בלבד, וכן החיפוש שלו כמעט ואינו מבוסס על מילות מפתח (מקור). 

בפאבמד כל המאמרים המגיעים למדליין עוברים מפתוח על ידי אנשי מקצוע הקוראים אותם - כך שיש מי שקורא ומבין את המאמר, בדומה לבינה המלאכותית אולי, אך כיון שמדובר בקצב של בני אדם לעומת מחשב, היתרון של מחשב ברור לאור הנפח העצום של מאמרים מדעיים המתפרסמים מדי שנה. 

שורת תחתונה

לעת עתה נראה שסמנטיק סקולר אינו יכול להחליף את גוגל סקולר ופאבמד באופן בלעדי, אך הוא בהחלט ראוי להכנס לרשימת מנועי החיפוש השימושיים והמשלימים זה את זה. שווה לעקוב ולראות אילו עדכונים ייכנסו בשנת 2017, נראה כי יש בהחלט למה לצפות!

כבר לא ילד: פאבמד חוגג 20 !

מאגר המידע פאבמד חוגג 20 שנה! ולנו יש בהחלט סיבה לחגוג ביחד איתו ולאחל לו אריכות ימים. להלן ההודעה הרשמית על האירוע.
קצת סטטיסטיקות:

מתוך מצגת מאי 2016

מה מייחד את פאבמד?

בניגוד למאגרי מידע מדעיים אחרים בגישה חופשית ברשת, בהם איתור החומר הוא בעזרת מנועי חיפוש אוטומטיים בעיקר (דוגמת גוגל סקולר למשל), פאבמד הוא מאגר העשוי בעבודת יד של אנשי מקצוע, וניתן לעשות בו חיפוש המונחה על ידי משמעות הטקסט. אולי כאן המקום להגיד מילה טובה לממשל האמריקאי המאפשר גישה חופשית מכל העולם לאתר הזה, שהחל כפרויקט ניסויי בינואר 1996 (השנה בה סיימתי את לימודי התזונה בפקולטה...) והגיע עד הלום.

חוגג 20!

MeSH - משמעות השנים ועוד

MeSH הוא מאגר מילות המפתח של מדליין (המאגר העיקרי מבין המאגרים המרכיבים את פאבמד), המשמש ליצירת אינדקס של כל מאמר ומאמר המופיע בו. החיפוש באמצעות MeSH הוא שיטתי ויעיל, ונותן תוצאות מדויקות בהשוואה לחיפוש במנוע חיפוש אוטומטי.
MeSH מתעדכן מדי שנה בחודש דצמבר, והעדכון משקף את השינויים והחידושים בתחומים אותם הוא מכסה. כאן בקישור מידע על העדכונים שנעשו בדצמבר 2015. כך למשל בשנת 2015 נכנס ל - MeSH המונח  Diet, Paleolithic ובאופן די מפתיע נכנס המונח Diet, Vegan  רק בעדכון של 2016. קודם לכן נכלל המושג טבעונות תחת הגדרה רחבה של צמחונות.
מכאן למשל עולה השאלה איך מבצעים חיפוש דרך MeSH על המונח טבעונות? איך מתייחסים למה שהיה עד 2015 ואיך מחפשים החל מ -2016? סרטון שפורסם לאחרונה על ידי מרכז ההדרכה של הספריה הלאומית לרפואה מסביר מה משמעות התאריכים המופיעים בערכים של MeSH וכיצד יש להתייחס אליהם בעת ביצוע חיפוש. לצפיה בסרטון לחצו כאן.
סרטון נוסף ומקיף (11 דקות - מומלץ!) על MeSH ניתן לראות כאן.

מידע נוסף על פאבמד ו - MeSH

מידע נוסף על חיפוש יעיל בפאבמד, חיפוש באמצעות MeSH, שמירת מאמרים, קבלת התראות על חיפושים, פילטרים אישיים ויצירת ביבליוגרפיה עם My NCBI קראו כאן.
מידע על הספרים שניתן לקרוא בפאבמד קראו כאן.

ספרים - גם בפאבמד

מזל טוב ואריכות ימים לפאבמד!!

מדף הספרים של NCBI ועוד מקורות לספרים חינמיים בתחומי הרפואה והתזונה

מדף הספרים של NCBI

ספר. תמיד טוב להעמיק

מדף הספרים (Bookshelf) של NCBI הוא למעשה אגף הספרים של המאגר. הוא מכיל למעלה מ - 4000 ספרים ומסמכים בטקסט מלא בגישה חופשית.
ניתן להיכנס למדף הספרים מדף הבית של פאבמד בשתי דרכים: דרך התפריט הנפתח בצד שמאל למעלה של הדף, או דרך הקישור בתפריט POPULAR בתחתית דף הבית (שתי האפשרויות מסומנות בצהוב בתמונה 1).

תמונה 1: כניסה למדף הספרים מדף הבית של פאבמד

חיפוש ספרים ומסמכים במאגר

ניתן לחפש ספרים במאגר במספר דרכים.

ספרים ומסמכים  חדשים

להתרשמות מספרים ומסמכים חדשים שנוספו למאגר ניתן לגלוש לרשימת New & Updated שבדף הבית.

גלישה במאגר

לגלישה במאגר כולו נכנסים ל -  Browse Titles שבדף הבית. כאן מופיעה הרשימה המלאה של הספרים בסדר אלפאביתי של הכותרת, או לפי תאריך הפרסום, כפי שמוצג כאן.  כדי לצמצם את הרשימה לפי מונחים המופיעים בכותרת ו/או לפי שם המחבר ניתן להכניס מלים מתאימות בחלונית “Filter term”. ניתן לצמצם את הרשימה גם לפי חיפוש נושא, סוג הפרסום או המוציא לאור כפי שמוצג כאן.
סרטון הדרכה קצר מסביר את אופן החיפוש באמצעות גלישה במאגר הספרים עם דוגמה על חפוש ספרים העוסקים בגנטיקה.

חיפוש

כמו בכל מאגר של NCBI, ניתן לחפש במדף הספרים בעזרת מונחי חיפוש, הוספת פילטרים (Limits) או חיפוש מתקדם.
מידע נוסף ניתן לקרוא כאן ו/או לצפות בסרטוני הדרכה.

PUBREADER

על מנת לאפשר קריאה נוחה, בעיקר במכשירים ניידים קטנים, קיימת אפשרות תצוגה נוספת הדומה לספר באמצעות Pubreader. ניתן לעבור אליה בקלות באמצעות לחיצה על האפשרות Pubreader בכל ספר בו נמצאים, כמוצג בתמונה 2.

תמונה 2. מעבר לתצוגת Pubreader

ספרים ומסמכים מעניינים לדוגמה

בחיפוש ספרים בנושא Nutrition  מצאתי למשל את הספר Antioxidants in Sport Nutrition משנת 2015, ואת סיכום הסדנה Examining a Developmental Approach to Childhood Obesity. 

דוגמה נוספת למסמך הקיים במאגר:

Relationships Among the Brain, the Digestive System, and Eating Behavior

ובקיצור: שווה לחטט קצת...

איך יודעים מה חדש?

חשבון טוויטר חדש יעדכן אתכם בכל החידושים באתר. עוד לא הצטרפתם לטוויטר? אולי הגיע הזמן! ניתן להתעדכן אודות פרסומים חדשים וחידושים במאגר גם באמצעות RSS. לא יודעים מה זה RSS? קראו כאן.

תמונה 3. מודיעים בפייסבוק על חשבון הטוויטר החדש

InTech

InTech היא הוצאה לאור של ספרים ומגזינים בתחומי המדע, הטכנולוגיה והרפואה בגישה פתוחה. החברה הוקמה בוינה שבאוסטריה בשנת 2004, והוציאה לאור עד כה למעלה מ - 2600 ספרים, מתוכם למעלה מ 800 ספרים עוסקים בתחומי הרפואה השונים.

ניתן לגלוש באתר על פי נושאים (תמונה 4), או לעשות חיפוש לפי מילה (תמונה 5), ואז לסנן את התוצאות לפי פרמטרים שונים כמו סוג הפרסום, נושא או שנת ההוצאה לאור. 

תמונה 4. גלישה לפי נושא ב - INTECH

תמונה 5. חיפוש לפי המילה NUTRITION ואפשרויות הסינון

באתר מצאתי כמה  "פנינים" משנת 2015, ביניהן לדוגמה פרק על תמיכה תזונתית בדיספגיה, או טיפול תזונתי בסוכרת מסוג 1. לסיכום, אתר טוב לאיתור ספרים חינמיים בנושאים שונים, שווה דפדוף. 

MSD Manuals

Merck Manuals (בארה"ב וקנדה) או MSD Manuals (בשאר העולם) ידוע כמקור מידע חשוב לעוסקים בתחומי הרפואה. משנת 2011 הועלה הספר לרשת בגישה חינמית מלאה, והוא מעודכן באופן שוטף. לספר גרסה לאנשי מקצוע, וגרסה לציבור הרחב. 

בספר קיימת התייחסות רחבה גם לנושאי תזונה. 

בנוסף לטקסטים המפורסמים בספר, באתר גם עדכונים שוטפים בנושאים רלוונטיים מאתרי חדשות העוסקים במדע, סרטונים, תמונות ואינפוגרפיקות, הנותנים ערך מוסף לעומת הספר המודפס. 

פרוייקט מיוחד שהחל באתר ב -2015 וצפוי להסתיים  עד 2020, מטרתו הנגשת המידע הרפואי לקהל רחב ככל האפשר, וכולל תרגום החומר לעשר שפות שונות. כך שיש למה לצפות... :)

קריאה נעימה! 

אסרטגיית החיפוש בפאבמד - גרסת JPEN

דיפדפתי (וירטואלית... ) בגליון אוגוסט של העיתון JPEN , ובין מגוון מאמרים על הזנות מיוחדות, מצאתי מאמר שלם העוסק ב... איך לבצע סקירת ספרות בפאבמד! המאמר מלווה גם בסרטון באורך שעה המדגים את כל הטכניקות המוסברות בו. תוכלו פשוט לשבת ולצפות בסרטון, או לקרוא להלן את עיקרי הדברים, מלווים בקטעים הרלוונטיים מתוך הסרטון (ראו גם בסוף הפוסט). לקרוא/לצפות וליישם:

הקדמה

(בסרטון - מההתחלה עד דקה 9)
סקירה יסודית של הספרות הרפואית היא הבסיס של כל מחקר ורפואה מבוססת עובדות. אסטרטגיית חיפוש "גולד סטנדרט" תהיה כזו המאפשרת הן סקירה מקיפה ויעילה של הספרות תוך איתור כל המאמרים הרלוונטיים, והן, בדומה למחקר מדעי, אפשרות לחזור על אותו החיפוש.
פאבמד הוא מאגר מוביל לאיתור מידע רפואי, ואין סקירת ספרות בתחום שתהיה שלמה בלעדיו. פאבמד מורכב משני מאגרי מידע עיקריים: מאגר מדליין, והמאגרים שאינם מדליין. אסטרטגיית החיפוש במאגר מדליין היא יעילה מאוד (ומבוססת על חיפוש בעזרת MESH), אך החומר המכוסה על ידי מדליין מהווה רק 89% מהמידע הקיים בפאבמד. 11% האחוז הנותרים מכילים בין היתר את המאמרים החדשים ביותר שפורסמו וטרם הוכנסו למדליין, ועשויים להיות רלוונטיים ביותר לחיפוש. בחלק זה של פאבמד ניתן לחפש רק בדרכים יעילות פחות (מבוססות טקסט). חיפוש שלם ומקיף חייב לכלול את שני חלקי המאגר.

חיפוש רגיל בפאבמד יביא לתוצאות במספר דרכים. במידת האפשר, יתורגמו מונחי החיפוש למונחים המצויים ב -MESH. במידה והדבר אינו אפשרי יבצע פאבמד את החיפוש הפחות מתוחכם המבוסס על מלים. חיפוש המלים ייעשה ראשית בשדות שם העיתון, המחבר, החוקר ולבסוף ב -All Fields (כותרת, אבסטרקט ומילות מפתח) של המסמך. חיפוש כזה יביא לתוצאות רלוונטיות, אך גם לכמות רבה של מאמרים שאינם רלוונטיים כלל. מצב זה מביא את מבצעי החיפוש פעמים רבות לשימוש באפשרות של איתור מאמרים דומים. הכלי למציאת מאמרים דומים Similar articles שמציע פאבמד (נמצא בצד הימני של כל דף עם תקציר מאמר בפאבמד כמוצג בתמונה 1)  הוא כלי אוטומטי שימושי, אך אינו מומלץ לשימוש כאשר רוצים לבצע סקירה יעילה ומקיפה, היות  ולא ניתן לחזור עליו במדויק פעם נוספת, והוא אינו מבטיח את איתור כל המאמרים הרלוונטיים  לנושא החיפוש (הערה: לציין שבעת כתיבת המאמר אפשרות זו נקראה Related Citations ולאחר פרסומו הוחלפה ל - Similar articles).

תמונה 1. איתור מאמרים דומים 

חלק 1: עקרונות מרכזיים לביצוע חיפוש מקיף בפאבמד

חיפוש מקיף חייב לכלול את מאגר מדליין, שכל המאמרים המצויים בו ניתנים לאיתור בעזרת MESH ( מכסה כ -90% מהחומר), ואת המאמרים שאינם במדליין, אותם ניתן לאתר רק בחיפוש מבוסס טקסט. אסטרטגיית חיפוש זו מודגמת בתמונה 2. 

תמונה 2. אסטרטגיה לחיפוש מקיף בפאבמד

אסטרטגיית חיפוש בעזרת MESH

איתור המונחים הרלוונטיים לנושא החיפוש במאגר MESH הוא הבסיס לאסטרטגיית חיפוש יעילה. איתור מונחים אלה נעשה בעזרת 2 כלים: (1) חיפוש במאגר MESH, ו - (2) בדיקת מונחי MESH הרשומים תחת אבסטרקט של מאמר רלוונטי לנושא שכבר מופיע במדליין.

עיקרון 1. חיפוש במאגר MESH

תמונה 3 מציגה כיצד מחפשים במאגר MESH. בדף הבית של פאבמד (או בכל דף של פאבמד) לוחצים על החץ הקטן שליד המילה פאבמד בפינה השמאלית העליונה, ובוחרים MESH. מקלידים את המילה הרצויה בחלונית החיפוש, ובוחרים את המונח המתאים ביותר במידה ומופיעות מספר אפשרויות. כאן בדוגמה על המילה fasting .

תמונה 3. חיפוש במאגר MESH

בתמונה 4 מוצג הדף של MESH עבור המילה fasting. ניתן לראות בו את הגדרת המילה, תת נושאים לחיפוש, ומיקום המילה בהיררכיה של הנושאים ב -MESH. בעזרת מיקום המילה בהיררכיה אפשר לראות מונחים רחבים או צרים יותר, ולבחור את המונח המתאים ביותר.  מידע נוסף על חיפוש ב -MESH ניתן לקרוא כאן.

תמונה 4. מה מכיל דף מונח ב -MESH

עיקרון 2. איתור מונחי MESH במאמר רלוונטי

בדיקה באילו מונחי MESH השתמשו במאמר שעוסק בנושא החיפוש  וכבר הוכנס למדליין עשויה להוסיף מונחי MESH רלוונטיים לחיפוש הנוכחי. מונחים אלה ניתן לראות בקישור MeSH Terms המצוי מתחת לאבסטרקט של המאמר כמוצג בתמונה 5. ליד חלק מהמונחים מופיעה כוכבית. סימון זה משמעו כי המונח מייצג נושא מרכזי של המאמר הנדון. מונחי MESH ללא כוכבית מייצגים נושאים הנדונים במאמר, אך אינם העיקר בו.

תמונה 5. איתור מונחי MESH במאמר רלוונטי

עיקרון 3. עבודה עם אופרטורים בוליאניים

השימוש באופרטורים AND OR NOT הוא שימושי מאוד ומגדיר למנוע החיפוש את היחסים הרצויים בין מונחי החיפוש. AND מצמצם את מספר התוצאות, בעוד OR מרחיב אותן. האופרטור NOT עלול להוריד גם מאמרים רלוונטיים, לכן יש להשתמש בו בזהירות. את האופרטורים הבוליאניים יש תמיד לכתוב רק באותיות גדולות. בשימוש במספר אופרטורים יש להוסיף סוגריים במקומות המתאימים, בדומה לחוקי האלגברה. פירוט נוסף על השימוש הנכון באופרטורים הבולאניים ניתן לקרוא  בחלק 1,סעיף 3 של המאמר, או לצפות בחלק זה של הסרטון.

עיקרון 4. Mesh Search Builder

ניתן לבנות את החיפוש בפאבמד ולבצע אותו בפועל דרך חלונית PubMed Search Builder המצויה בכל דף מונח של MESH. הסבר והדגמה של אופן החיפוש ניתן לקרוא כאן.  בעת בניית החיפוש הסוגריים מתווספים אוטומטית, יש לבדוק שהם אכן במקומות הנכונים ולתקן לפי הצורך. עוד על החיפוש בעזרת  PubMed Search Builder ניתן לקרוא במאמר בחלק 1 סעיף 4.

אסטרטגיית חיפוש ללא MESH

בהתאם לזמינות של מונחי MESH רלוונטיים לנושאי החיפוש, יש להפעיל אסטרטגיית חיפוש שאינה מבוססת על MESH הן למאגר מדליין והן למאגרים שאינם מדליין. בניגוד למאגר MESH, הבנוי על אינטליגנציה אנושית של אנשים מיומנים לקטלוג על פי משמעות המאמר, המערכת שאינה מבוססת על MESH מבוססת על אינטלגנציה של מחשב לקיטלוג על פי מלים. כמו כן מערכת זו משתמשת רק במלים המופיעות בציטוט ובאבסטרקט , ולא בתוכן המאמר כולו. החיפוש מבוסס המלים במאגרים שאינם כלולים ב -MESH מחייב את המחפש להשתמש בכמה שיותר גרסאות של אותה מילה.

עיקרון 5. טיפים לחיפוש שאינו מבוסס MESH

1. השתמשו במרכאות לחיפוש ביטוי מדויק או איות מסוים של המילה.
2. כיתבו צורות איות שונות אם קיימות, למשל (color OR colour).
3. השתמשו בתזאורוס לאיתור מלים נרדפות או מונחים קשורים.
4. הכניסו גם את צורת הרבים של מלים רלוונטיות.
5. השתמשו בראשי תיבות עם ובלי נקודות.
6. השתמשו בקיטוע מילה בעזרת כוכבית על מנת לכלול סיומות שונות שלה כולל הטיות שונות וצורת רבים , וכן את כל ביטויי ה -MESH אם קיימים. למשל  *microbiolog  יכלול גם את microbiology, microbiologist, microbiologia ועוד. 

עיקרון 6. תיבת פרטי החיפוש

בחיפוש רגיל, פאבמד מנסה כברירת המחדל  לתרגם את מילות החיפוש למונחי MESH, או לוריאציות שאינן MESH, לרוע המזל, במקרים רבים הוא מצליח בכך באופן חלקי בלבד, או שהפרוש שלו מוטעה. פעמים רבות המונחים שנבחרים על ידו מ -MESH מתאימים למילה אך לא למשמעות. למשל, חיפוש רגיל של Medium Chain Triglycerides ישייך את המילה Medium למונח [Communications Media[MeSH, וינסה למצוא ציטוטים עם מונח זה הכוללים גם את המלים [Chain[All Fields] and Triglycerides[All Fields.

המידע יקר הערך אודות הדרך שבה פאבמד מפרש את אסטרטגיית החיפוש שלנו נמצא בתיבת פרטי החיפוש בצד ימין באמצע בכל דף תוצאות חיפוש בפאבמד.  ניתן לראות את תיבת פרטי החיפוש בתמונה 6. בדיקת התיבה מאפשרת איתור בעיות באסטרטגיית החיפוש, ותיקונן.

תמונה 6. תיבת פרטי החיפוש של פאבמד

עיקרון 7. פילטרים

הפרדה של החיפוש למדליין ולא מדליין

החיפוש במאגר מדליין יהיה מבוסס במידת האפשר על MESH . אנו נרצה להגביל את החיפוש שאינו מבוסס על MESH רק על אותו חלק שאינו במדליין, ולכן אינו מקוטלג ב -MESH. על מנת ליצור הפרדה זו ניתן להשתמש בפילטרים הקרויים  subsets ומציינים חלקים שונים של המאגרים שאינם מדליין:

 [publisher[sb], inprocess[sb], oldmedline[sb], and pubmednotmedline[sb.
הדרך הפשוטה ביותר ליצור את ההפרדה היא להוסיף את הפילטר [medline[sb עם האופרטור NOT בסוף קטע החיפוש שאינו כולל את מדליין.

פילטרים מבוססי MESH
פאבמד מציע מגוון פילטרים לסינון תוצאות החיפוש, המופיעים בצד שמאל של כל דף תוצאות חיפוש. חשוב לדעת כי חלק מפילטרים אלה הם מבוססי MESH, ולכן לא ניתן להשתמש בהם בחיפוש על החלק שאינו מקוטלג ל -MESH. אם מוסיפים אותם על כל החיפוש, הם מצורפים אוטומטית עם האופרטור AND, ובכך חותכים למעשה את כל החלק שאינו מדליין מהחיפוש. הדרך להתגבר על כך היא להכניס את הפילטרים ידנית, ולהפריד את שני חלקי החיפוש :(מדליין/לא מדליין) עם האופרטור OR.
הפילטרים השייכים ל - MESH הם Article Types, Species, Sex, and Age . כדי להכניס אותם ידנית יש לדעת כיצד כותבים אותם. ניתן לברר זאת בשתי דרכים:

1. לבצע חיפוש כלשהו. כאשר מגיעים לדף תוצאות החיפוש  מוחקים את המונח אותו חיפשנו, ומוסיפים את הפילטר המבוקש. כעת יופיע בתיבת פרטי החיפוש רק שמו של הפילטר.
2. להוסיף את הפילטר כמונח MESH בעזרת PubMed Search Builder.

בשני המקרים, יש להוסיף את הפילטר עם האופרטור AND בסוף החלק המתייחס למקטע של מדליין בלבד.

עיקרון 8. יצירת אסטרטגיית חיפוש מקיפה

נוסחת החיפוש המקיף והיעיל בצורה פשוטה:

נוסחה זו מאפשרת למקד את החיפוש עם מונחי MESH במאגר מדליין המקוטלג באופן ידני על פי התכנים של המאמר, ולהגביל את החיפוש  הבסיסי של פאבמד המבוסס על טקסט רק על החלק שאינו כלול במדליין. בדרך זו החיפוש גם יעיל וגם מקיף - וזו המטרה הלא כן?

חלק 2: חיפוש מודרך צעד אחרי צעד

בחלק השני של המאמר מסביר המחבר באופן מפורט כיצד מבצעים באופן מעשי את החיפוש המקיף והיעיל בשני החלקים של פאבמד: מדליין ולא מדליין. חלק זה מלווה בסרטון המדגים את כל שלבי החיפוש צעד אחר צעד בצורה ברורה. אורך הסרטון כשעה, לכן מובאת כאן חלוקה שלו עם קישורים לחלקיו השונים, על מנת לאפשר צפיה לפי נוחיותכם והזמן העומד לרשותכם. 

חלקי הסרטון

1. הקדמה (התחלה עד דקה 9.21)
2. אופרטורים בוליאניים (דקה 9.21 עד דקה 18.13)
3. הדרכה לחיפוש שיטתי  עם הדוגמה של Alternate Day Fasting. במהלך הקטע מצוין לאילו סעיפים שהוזכרו במאמר יש התייחסות בכל רגע (דקה 18.14 עד דקה 41.51 - החיפוש בחלק של מדליין, דקה 41.44 עד  49.50   החיפוש בחלק שאינו מדליין וחיבור שני החלקים לאסטרטגיית חיפוש שלמה).
4. קבלת התראות על מאמרים חדשים המתאימים לאסטרטגיית החיפוש  (דקה 49.51 עד דקה 54.05). על שמירת חיפושים וקבלת התראות ניתן לקרוא גם כאן. 
5. איך להוסיף נושא לחיפוש ולראות רק את המאמרים החדשים שהתווספו עקב כך בעזרת החיפוש המתקדם (דקה 54.04 עד הסוף).

לסיכום, מאמר זה מדגים כיצד לבצע חיפוש מושכל בפאבמד. לא חייבים תמיד ליישם את כל האלמנטים שהוצגו ,אלא בהתאם לצורך.  עם זאת חשוב תמיד לדעת מה המשמעות של כל צעד שאנו עושים תוך כדי החיפוש, ואיך הוא משפיע על התוצאות אותן נקבל.