יום שישי, 7 באוגוסט 2015

אסרטגיית החיפוש בפאבמד - גרסת JPEN

דיפדפתי (וירטואלית... ) בגליון אוגוסט של העיתון JPEN , ובין מגוון מאמרים על הזנות מיוחדות, מצאתי מאמר שלם העוסק ב... איך לבצע סקירת ספרות בפאבמד! המאמר מלווה גם בסרטון באורך שעה המדגים את כל הטכניקות המוסברות בו. תוכלו פשוט לשבת ולצפות בסרטון, או לקרוא להלן את עיקרי הדברים, מלווים בקטעים הרלוונטיים מתוך הסרטון (ראו גם בסוף הפוסט). לקרוא/לצפות וליישם:

הקדמה

(בסרטון - מההתחלה עד דקה 9)
סקירה יסודית של הספרות הרפואית היא הבסיס של כל מחקר ורפואה מבוססת עובדות. אסטרטגיית חיפוש "גולד סטנדרט" תהיה כזו המאפשרת הן סקירה מקיפה ויעילה של הספרות תוך איתור כל המאמרים הרלוונטיים, והן, בדומה למחקר מדעי, אפשרות לחזור על אותו החיפוש.
פאבמד הוא מאגר מוביל לאיתור מידע רפואי, ואין סקירת ספרות בתחום שתהיה שלמה בלעדיו. פאבמד מורכב משני מאגרי מידע עיקריים: מאגר מדליין, והמאגרים שאינם מדליין. אסטרטגיית החיפוש במאגר מדליין היא יעילה מאוד (ומבוססת על חיפוש בעזרת MESH), אך החומר המכוסה על ידי מדליין מהווה רק 89% מהמידע הקיים בפאבמד. 11% האחוז הנותרים מכילים בין היתר את המאמרים החדשים ביותר שפורסמו וטרם הוכנסו למדליין, ועשויים להיות רלוונטיים ביותר לחיפוש. בחלק זה של פאבמד ניתן לחפש רק בדרכים יעילות פחות (מבוססות טקסט). חיפוש שלם ומקיף חייב לכלול את שני חלקי המאגר.

חיפוש רגיל בפאבמד יביא לתוצאות במספר דרכים. במידת האפשר, יתורגמו מונחי החיפוש למונחים המצויים ב -MESH. במידה והדבר אינו אפשרי יבצע פאבמד את החיפוש הפחות מתוחכם המבוסס על מלים. חיפוש המלים ייעשה ראשית בשדות שם העיתון, המחבר, החוקר ולבסוף ב -All Fields (כותרת, אבסטרקט ומילות מפתח) של המסמך. חיפוש כזה יביא לתוצאות רלוונטיות, אך גם לכמות רבה של מאמרים שאינם רלוונטיים כלל. מצב זה מביא את מבצעי החיפוש פעמים רבות לשימוש באפשרות של איתור מאמרים דומים. הכלי למציאת מאמרים דומים Similar articles שמציע פאבמד (נמצא בצד הימני של כל דף עם תקציר מאמר בפאבמד כמוצג בתמונה 1)  הוא כלי אוטומטי שימושי, אך אינו מומלץ לשימוש כאשר רוצים לבצע סקירה יעילה ומקיפה, היות  ולא ניתן לחזור עליו במדויק פעם נוספת, והוא אינו מבטיח את איתור כל המאמרים הרלוונטיים  לנושא החיפוש (הערה: לציין שבעת כתיבת המאמר אפשרות זו נקראה Related Citations ולאחר פרסומו הוחלפה ל - Similar articles).


תמונה 1. איתור מאמרים דומים 

חלק 1: עקרונות מרכזיים לביצוע חיפוש מקיף בפאבמד

חיפוש מקיף חייב לכלול את מאגר מדליין, שכל המאמרים המצויים בו ניתנים לאיתור בעזרת MESH ( מכסה כ -90% מהחומר), ואת המאמרים שאינם במדליין, אותם ניתן לאתר רק בחיפוש מבוסס טקסט. אסטרטגיית חיפוש זו מודגמת בתמונה 2. 


תמונה 2. אסטרטגיה לחיפוש מקיף בפאבמד


אסטרטגיית חיפוש בעזרת MESH

איתור המונחים הרלוונטיים לנושא החיפוש במאגר MESH הוא הבסיס לאסטרטגיית חיפוש יעילה. איתור מונחים אלה נעשה בעזרת 2 כלים: (1) חיפוש במאגר MESH, ו - (2) בדיקת מונחי MESH הרשומים תחת אבסטרקט של מאמר רלוונטי לנושא שכבר מופיע במדליין.

עיקרון 1. חיפוש במאגר MESH

תמונה 3 מציגה כיצד מחפשים במאגר MESH. בדף הבית של פאבמד (או בכל דף של פאבמד) לוחצים על החץ הקטן שליד המילה פאבמד בפינה השמאלית העליונה, ובוחרים MESH. מקלידים את המילה הרצויה בחלונית החיפוש, ובוחרים את המונח המתאים ביותר במידה ומופיעות מספר אפשרויות. כאן בדוגמה על המילה fasting .

תמונה 3. חיפוש במאגר MESH



בתמונה 4 מוצג הדף של MESH עבור המילה fasting. ניתן לראות בו את הגדרת המילה, תת נושאים לחיפוש, ומיקום המילה בהיררכיה של הנושאים ב -MESH. בעזרת מיקום המילה בהיררכיה אפשר לראות מונחים רחבים או צרים יותר, ולבחור את המונח המתאים ביותר.  מידע נוסף על חיפוש ב -MESH ניתן לקרוא כאן.

תמונה 4. מה מכיל דף מונח ב -MESH

עיקרון 2. איתור מונחי MESH במאמר רלוונטי

בדיקה באילו מונחי MESH השתמשו במאמר שעוסק בנושא החיפוש  וכבר הוכנס למדליין עשויה להוסיף מונחי MESH רלוונטיים לחיפוש הנוכחי. מונחים אלה ניתן לראות בקישור MeSH Terms המצוי מתחת לאבסטרקט של המאמר כמוצג בתמונה 5. ליד חלק מהמונחים מופיעה כוכבית. סימון זה משמעו כי המונח מייצג נושא מרכזי של המאמר הנדון. מונחי MESH ללא כוכבית מייצגים נושאים הנדונים במאמר, אך אינם העיקר בו.




תמונה 5. איתור מונחי MESH במאמר רלוונטי


עיקרון 3. עבודה עם אופרטורים בוליאניים

השימוש באופרטורים AND OR NOT הוא שימושי מאוד ומגדיר למנוע החיפוש את היחסים הרצויים בין מונחי החיפוש. AND מצמצם את מספר התוצאות, בעוד OR מרחיב אותן. האופרטור NOT עלול להוריד גם מאמרים רלוונטיים, לכן יש להשתמש בו בזהירות. את האופרטורים הבוליאניים יש תמיד לכתוב רק באותיות גדולות. בשימוש במספר אופרטורים יש להוסיף סוגריים במקומות המתאימים, בדומה לחוקי האלגברה. פירוט נוסף על השימוש הנכון באופרטורים הבולאניים ניתן לקרוא  בחלק 1,סעיף 3 של המאמר, או לצפות בחלק זה של הסרטון.


עיקרון 4. Mesh Search Builder

ניתן לבנות את החיפוש בפאבמד ולבצע אותו בפועל דרך חלונית PubMed Search Builder המצויה בכל דף מונח של MESH. הסבר והדגמה של אופן החיפוש ניתן לקרוא כאן.  בעת בניית החיפוש הסוגריים מתווספים אוטומטית, יש לבדוק שהם אכן במקומות הנכונים ולתקן לפי הצורך. עוד על החיפוש בעזרת  PubMed Search Builder ניתן לקרוא במאמר בחלק 1 סעיף 4.


אסטרטגיית חיפוש ללא MESH

בהתאם לזמינות של מונחי MESH רלוונטיים לנושאי החיפוש, יש להפעיל אסטרטגיית חיפוש שאינה מבוססת על MESH הן למאגר מדליין והן למאגרים שאינם מדליין. בניגוד למאגר MESH, הבנוי על אינטליגנציה אנושית של אנשים מיומנים לקטלוג על פי משמעות המאמר, המערכת שאינה מבוססת על MESH מבוססת על אינטלגנציה של מחשב לקיטלוג על פי מלים. כמו כן מערכת זו משתמשת רק במלים המופיעות בציטוט ובאבסטרקט , ולא בתוכן המאמר כולו. החיפוש מבוסס המלים במאגרים שאינם כלולים ב -MESH מחייב את המחפש להשתמש בכמה שיותר גרסאות של אותה מילה.


עיקרון 5. טיפים לחיפוש שאינו מבוסס MESH

  1. השתמשו במרכאות לחיפוש ביטוי מדויק או איות מסוים של המילה.
  2. כיתבו צורות איות שונות אם קיימות, למשל (color OR colour).
  3. השתמשו בתזאורוס לאיתור מלים נרדפות או מונחים קשורים.
  4. הכניסו גם את צורת הרבים של מלים רלוונטיות.
  5. השתמשו בראשי תיבות עם ובלי נקודות.
  6. השתמשו בקיטוע מילה בעזרת כוכבית על מנת לכלול סיומות שונות שלה כולל הטיות שונות וצורת רבים , וכן את כל ביטויי ה -MESH אם קיימים. למשל  *microbiolog  יכלול גם את microbiology, microbiologist, microbiologia ועוד. 

עיקרון 6. תיבת פרטי החיפוש

בחיפוש רגיל, פאבמד מנסה כברירת המחדל  לתרגם את מילות החיפוש למונחי MESH, או לוריאציות שאינן MESH, לרוע המזל, במקרים רבים הוא מצליח בכך באופן חלקי בלבד, או שהפרוש שלו מוטעה. פעמים רבות המונחים שנבחרים על ידו מ -MESH מתאימים למילה אך לא למשמעות. למשל, חיפוש רגיל של Medium Chain Triglycerides ישייך את המילה Medium למונח [Communications Media[MeSH, וינסה למצוא ציטוטים עם מונח זה הכוללים גם את המלים [Chain[All Fields] and Triglycerides[All Fields.
המידע יקר הערך אודות הדרך שבה פאבמד מפרש את אסטרטגיית החיפוש שלנו נמצא בתיבת פרטי החיפוש בצד ימין באמצע בכל דף תוצאות חיפוש בפאבמד.  ניתן לראות את תיבת פרטי החיפוש בתמונה 6. בדיקת התיבה מאפשרת איתור בעיות באסטרטגיית החיפוש, ותיקונן.


תמונה 6. תיבת פרטי החיפוש של פאבמד



עיקרון 7. פילטרים

הפרדה של החיפוש למדליין ולא מדליין
החיפוש במאגר מדליין יהיה מבוסס במידת האפשר על MESH . אנו נרצה להגביל את החיפוש שאינו מבוסס על MESH רק על אותו חלק שאינו במדליין, ולכן אינו מקוטלג ב -MESH. על מנת ליצור הפרדה זו ניתן להשתמש בפילטרים הקרויים  subsets ומציינים חלקים שונים של המאגרים שאינם מדליין:
 [publisher[sb], inprocess[sb], oldmedline[sb], and pubmednotmedline[sb.
הדרך הפשוטה ביותר ליצור את ההפרדה היא להוסיף את הפילטר [medline[sb עם האופרטור NOT בסוף קטע החיפוש שאינו כולל את מדליין.

פילטרים מבוססי MESH
פאבמד מציע מגוון פילטרים לסינון תוצאות החיפוש, המופיעים בצד שמאל של כל דף תוצאות חיפוש. חשוב לדעת כי חלק מפילטרים אלה הם מבוססי MESH, ולכן לא ניתן להשתמש בהם בחיפוש על החלק שאינו מקוטלג ל -MESH. אם מוסיפים אותם על כל החיפוש, הם מצורפים אוטומטית עם האופרטור AND, ובכך חותכים למעשה את כל החלק שאינו מדליין מהחיפוש. הדרך להתגבר על כך היא להכניס את הפילטרים ידנית, ולהפריד את שני חלקי החיפוש :(מדליין/לא מדליין) עם האופרטור OR.
הפילטרים השייכים ל - MESH הם Article Types, Species, Sex, and Age . כדי להכניס אותם ידנית יש לדעת כיצד כותבים אותם. ניתן לברר זאת בשתי דרכים:

  1. לבצע חיפוש כלשהו. כאשר מגיעים לדף תוצאות החיפוש  מוחקים את המונח אותו חיפשנו, ומוסיפים את הפילטר המבוקש. כעת יופיע בתיבת פרטי החיפוש רק שמו של הפילטר.
  2. להוסיף את הפילטר כמונח MESH בעזרת PubMed Search Builder.

בשני המקרים, יש להוסיף את הפילטר עם האופרטור AND בסוף החלק המתייחס למקטע של מדליין בלבד.

עיקרון 8. יצירת אסטרטגיית חיפוש מקיפה

נוסחת החיפוש המקיף והיעיל בצורה פשוטה:



נוסחה זו מאפשרת למקד את החיפוש עם מונחי MESH במאגר מדליין המקוטלג באופן ידני על פי התכנים של המאמר, ולהגביל את החיפוש  הבסיסי של פאבמד המבוסס על טקסט רק על החלק שאינו כלול במדליין. בדרך זו החיפוש גם יעיל וגם מקיף - וזו המטרה הלא כן?

חלק 2: חיפוש מודרך צעד אחרי צעד

בחלק השני של המאמר מסביר המחבר באופן מפורט כיצד מבצעים באופן מעשי את החיפוש המקיף והיעיל בשני החלקים של פאבמד: מדליין ולא מדליין. חלק זה מלווה בסרטון המדגים את כל שלבי החיפוש צעד אחר צעד בצורה ברורה. אורך הסרטון כשעה, לכן מובאת כאן חלוקה שלו עם קישורים לחלקיו השונים, על מנת לאפשר צפיה לפי נוחיותכם והזמן העומד לרשותכם. 

חלקי הסרטון


  1. הקדמה (התחלה עד דקה 9.21)
  2. אופרטורים בוליאניים (דקה 9.21 עד דקה 18.13)
  3. הדרכה לחיפוש שיטתי  עם הדוגמה של Alternate Day Fasting. במהלך הקטע מצוין לאילו סעיפים שהוזכרו במאמר יש התייחסות בכל רגע (דקה 18.14 עד דקה 41.51 - החיפוש בחלק של מדליין, דקה 41.44 עד  49.50   החיפוש בחלק שאינו מדליין וחיבור שני החלקים לאסטרטגיית חיפוש שלמה).
  4. קבלת התראות על מאמרים חדשים המתאימים לאסטרטגיית החיפוש  (דקה 49.51 עד דקה 54.05). על שמירת חיפושים וקבלת התראות ניתן לקרוא גם כאן
  5. איך להוסיף נושא לחיפוש ולראות רק את המאמרים החדשים שהתווספו עקב כך בעזרת החיפוש המתקדם (דקה 54.04 עד הסוף).

לסיכום, מאמר זה מדגים כיצד לבצע חיפוש מושכל בפאבמד. לא חייבים תמיד ליישם את כל האלמנטים שהוצגו ,אלא בהתאם לצורך.  עם זאת חשוב תמיד לדעת מה המשמעות של כל צעד שאנו עושים תוך כדי החיפוש, ואיך הוא משפיע על התוצאות אותן נקבל. 

תגובה 1: