יש כימיה - PubChem - לא לכימאים בלבד!

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

PubChem הוא מאגר המידע בגישה חופשית הגדול בעולם בנושא כימיה, המנוהל על ידי הספריה הלאומית לרפואה בארה"ב והושק ב - 2004. כמובן שכימאים ימצאו פה מידע מקצועי רב, אבל לא חייבים להיות כימאים כדי ליהנות מהמאגר. המידע כאן הוא רב ומגוון, כפי שניתן ללמוד מדף הסטטיסטיקה: 
מעל 100 מליון תרכובות, מעל 250 מליון חומרים, מעל 30 מליון מאמרים מדעיים ומעל 3 מליון פטנטים.
דוגמה לחומרים שניתן למצוא עליהם כאן מידע מפורט - תרופות, ויטמינים, פפטידים, שומנים, פחמימות ונוקלאוטידים.
לסרטון קצר המתאר את מאגר PubChem  לחצו כאן

מה באתר?

במרץ 2019 עבר האתר מתיחת פנים ומאז נוספו לו עוד כלים ומקורות מידע. לאתר אין אפליקציה ייעודית למכשירים ניידים, אך הוא רספונסיבי ומתאים לשימוש בכל מכשיר.
לכל חומר או תרכובת באתר ניתן למצוא מידע רב המפורט ומסודר בתפריט הצד המאפשר ניווט נוח למידע הרצוי. למשל לדוגמה בערך על אספירין.

אספירין מקור

מה בתפריט?

בתפריט הצד של כל ערך (מודגש בצהוב בתמונה לעיל) ניתן למצוא מידע רב. כמה דגשים שימושיים:

בסעיף Names & Identifiers ניתן למצוא רשימת מלים נרדפות מ - MeSH אך גם ממקורות נוספים. מתאים לחיפושים מורכבים ויסודיים דוגמת סקירות שיטתיות ומטא-אנליזות. לדוגמא רשימת המלים הנרדפות שאינן מ - MeSH עבור אספירין

בסעיף Drug & Medication Information יש מידע רב מאוד: החל מאינדיקציות לשימוש בתרופה, מידע על רעילות לכבד, דפי המידע של התרופה, ניסויים קליניים בתרופה ממספר מקורות ועוד.

בסעיף Toxicity ניתן למצוא מידע גם על רעילות סביבתית ואקולוגית.

בסעיף Literature ניתן למצוא מידע ממקורות ספרות שונים, וגם חיפושים מוכנים וממוקדים ב - PubMed. 

מה חדש?

הטבלה המחזורית

בשנת 2019 מלאו 150 שנה לגילוי הטבלה המחזורית על ידי מנדלייב, והשנה הוכרזה על ידי הקהילה המדעית כ"שנה הבינלאומית של הטבלה המחזורית". ב - PubChem השיקו לרגל האירוע את הטבלה המחזורית האינטראקטיבית ודפי המידע על היסודות המרכיבים אותה.
לטבלה המחזורית באתר שלוש אפשרויות תצוגה: כטבלה, כרשימת יסודות או כמשחק לבחינת הידע. לחיצה על שם היסוד מציגה מידע מקוצר, ולחיצה נוספת על הקישור המצורף מביאה לדף מידע הכולל מידע מפורט יותר. מתאים במיוחד כשצריך מידע ממוקד על אחד או יותר מהיסודות המופיעים בטבלה.

הטבלה המחזורית 

Pathway Pages

במרץ השנה הוספו לאתר Pathway Pages, שבהם תיאור מפורט של תהליכים כימיים וביולוגיים בהם מעורבים התרכובות והחומרים שבמאגר. המידע נאסף ממספר מקורות אל PubChem. בחלק ממקורות אלה גם ניתן להוריד תרשים של התהליך ואף לערוך אותו לפני כן על פי הצורך. מתאים במיוחד למרצים ולסטודנטים, להכנת עבודות ומצגות. יש לשים לב לזכויות היוצרים של כל תמונה כמפורט במקור. בד"כ חופשי לשימוש תוך מתן קרדיט. תמונה לדוגמה - מטבוליזם ויטמינים מסיסי שומן:

מטבוליזם ויטמינים מסיס שומן. מקור

פטנטים: אינטגרציה עם WIPO

עוד חידוש שהוסף במרץ השנה הוא אינטגרציה עם המידע הקיים באתר

 World Intellectual Property Organization WIPO. בכך ניתן למצוא ביתר קלות פטנטים המקושרים לחומר הכימי הרלוונטי. 

לסיכום

PubChem מסתמן כמקור מידע רב פנים ושימושי, וממש לא לכימאים בלבד. כמו כן נראה שהוא בתנופת שיפורים, מענין לראות מה יתחדש עוד בהמשך.

שפיות סמנטית: עדכונים מ - Semntic Scholar

מנוע החיפוש המבוסס בינה מלאכותית Semntic Scholar  נמצא בתנופת פיתוח משמעותית בימים אלה. לאחר שעלה לרשת בשנת 2015 עם כיסוי של 3 מליון מאמרים בתחומי הרפואה והמחשבים, כיום הוא מכסה מעל 178 מליון מאמרים בתחומי מחקר רבים. את מגוון תחומי המחקר ניתן לראות, ואף לבחור את התחום הרצוי לחיפוש, בלחיצה על התפריט הנפתח לצד תיבת החיפוש כמוצג בתמונה 1. עוד חידוש  שימושי במאגר: כיסוי רחב יותר של מאמרים בטקסט מלא באמצעות שיתוף פעולה עם Unpaywall.

תמונה 1: תחומי המחקר המכוסים על ידי Semantic Scholar

עדכון של פרופיל חוקר

ב - Semantic Scholar קיימים פרופילי חוקרים, אותם מייצר המאגר באופן אוטומטי. כעת ניתן לפנות לצוות הפיתוח על מנת לתקן ולהוסיף פרטים ומידע לפרופיל כמוצג בתמונה 2.

תמונה 2: אפשרות לעדכון פרופיל החוקר במאגר

תוספי תזונה ותרופות - כלי מבוסס בינה מלאכותית לגילוי האינטרקציות ביניהם

ב - Semantic Scholar ממשיכים לתמוך בעולם הרפואה, ומגייסים את טכנולוגית הבינה המלאכותית לגילוי אינטראקציות בין תרופות לתוספי תזונה בכלי חדש שהושק לאחרונה במאגר, ונקרא Supp.ai. הגישה לכלי היא מדף הבית של Semantic Scholar. בתיבת החיפוש יש להקיש את שם התרופה או התוסף הרצויים, ובתוצאות החיפוש מתקבלת רשימה של אינטרקציות אפשריות עם תרופות ותוספי תזונה אחרים. לצד כל תוסף או תרופה המופיעים ברשימה קיים קישור לרשימת המאמרים ממנה נלקח המידע.

תמונה 3. Supp.ai

שפיות סמנטית - עדכונים מותאמים אישית

כלי נוסף שהושק לאחרונה, ונמצא עדין בגרסת בטא, נקרא "שפיות סמנטית" או כפי שמופיע באתר: Semantic Sanity: A Personalized Research Feed. כלי זה מאפשר לבצע חיפוש חופשי ו/או לבחור מתוך קטגוריות נושאים מוגדרות. מתוך תוצאות החיפוש המתקבלות מסמנים אילו מאמרים הם המתאימים למה שרצינו על ידי לחיצה על הכפתור More like this המופיע מתחת לכל מאמר ברשימת התוצאות. לאחר שמסמנים לפחות מאמר אחד ניתן ליצור ולשמור רשימת מאמרים בנושא, ולצד כל מאמר שיופיע שם לסמן אם הוא מתאים יותר או פחות. לפי המידע שנספק, רשימת המאמרים שנקבל תהיה מותאמת טוב יותר לצורך שלנו.

נכון להיום כלי זה הוא כאמור עדין בגרסת בטא, וכן מבוסס על מאגר  Arxiv בלבד (מאגר של מאמרים בגישה פתוחה בניהול אוניברסית קורנל, בעיקר בתחומי הפיזיקה, מתמטיקה ומחשבים) . בנוסף, הוא מוגבל למאמרים מחמש השנים האחרונות בלבד. סביר להניח שבקרוב יורחב הכיסוי למאגרים ותחומים נוספים.

תמונה 4. https://s2-sanity.apps.allenai.org/cold-start

לסיכום, נראה כי הצוות של Semantic Scholar בראשותו של פרופ' אורן עציוני לא נח לרגע, מענין אילו עוד חידושים מחכים מעבר לפינה... שווה לעקוב!