MeSH 2020 - כל העדכונים!

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh

כמדי שנה, מונחי MeSH, המונחים מהם בונים את האינדקס של Medline, עוברים עדכון, שינוי והתאמה.  אותי תמיד מענין לראות את העדכונים הללו, המשקפים במידה רבה את המגמות והחידושים בעולם הביו-רפואי. ולמה זה שימושי? באמצעות מונחים אלה מתארים את אנשי המקצוע (ה - Indexers) בספריה הלאומית לרפואה בארצות הברית (NLM) את המאמרים החדשים הנכנסים ל - Medline, כך שיקל עלינו לאתרם על פי משמעותם בעת החיפוש במאגר. במלים אחרות, מונחים אלה משמשים כמעין "האשטגים" על כל מאמר. ניתן להשתמש במונחים הללו גם כדי ליצור התראה על מאמרים חדשים שנכנסים ל - Medline בנושאים שמעניינים אותנו. אז מה התחדש ב - 2020?

קצת מספרים

97 מונחי MeSH ראשיים (Headings) שונו או הוסרו. הרשימה המלאה כאן בקישור
293 מונחי MeSH ראשיים חדשים הוספו, וכן 2 סוגי פרסומים Publication Types. הרשימה המלאה כאן בקישור

חידושים מעניינים

ברשימת המונחים החדשים אפשר לראות מספר קבוצות, המשקפות פרויקטים עליהם עובדים ב - NLM. את העדכון המלא על הפרויקטים הללו ניתן לראות כאן.

פרויקט מונחים בתחום המזון

במונחים החדשים בתחום המזון ניתן לראות הגדרה כוללת של חלבון מהחי, מה שיכול לסייע בחיפושים המבדילים בין חלבון מהחי וחלבון מהצומח. מתאים למגמה הגוברת של תזונה מבוססת מזון מהצומח בהיבטים בריאותיים וסביבתיים. מונחים ייחודיים הוספו גם למשקאות ממותקים בסוכר או בממתיקים מלאכותיים, ובהמשך למחקר הענף ולסטארטאפים הרבים העוסקים בשילוב חרקים בתפריט - נוסף המונח המתבקש Edible Insects.

Animal Proteins, Dietary

Artificially Sweetened Beverages

Edible Insects

Pork Meat

Salads

Sugar-Sweetened Beverages

פרויקט מונחים מתחום הפסיכיאטריה והפסיכולוגיה

מונחים חשובים הוספו בתחום הפרעות אכילה מסוגים שונים, כולל אכילה בררנית, דיאבולימיה ודימוי גוף.

Avoidant Restrictive Food Intake Disorder

Body Dissatisfaction

Body Integrity Identity Disorder

Diabulimia

Emotional Regulation

Food Fussiness with an entry term of Picky Eating

Psychological Distress

Suicide, Completed

מונחים נוספים

מספר מונחים נוספים מעניינים נכנסו השנה לרשימה:

ברוח הזמן נכנסו המונחים- 

Blockchain, Data Management, Disruptive Technology,  Internet-Based Intervention

משבר האקלים והסביבה הביא את המונחים  Exposome , Microplastics, Extreme Weather 

בתחום הספורט  Para-Athletes , Relative Energy Deficiency in Sport 

בתחום ההשמנה Obesity, Maternal ,  Weight Prejudice

בתחום הפרעות אכילה וגסטרו Rumination Syndrome

ובתחום האנקדוטות לסיום: משהו חיובי Psychology, Positive  משהו בריא Pomegranate וכוסות רוח למת מישהו? Cupping Therapy.

למידע נוסף : סרטון הדרכה  חדש המסביר באופן כללי על MeSH  (שעה ועשרים דקות)

לחפש על הקנווס עם פלטפורמת 2DSEARCH

https://www.2dsearch.com/

מה דעתכם "לזרוק" מלים על קנווס וירטואלי, לגרור אותן לקבוצות לפי נושאים (קבוצות של מלים נרדפות), לקבל שאילתה בנויה היטב, ולהריץ אותה בלחיצת כפתור במספר מנועי חיפוש? ועל הדרך להכיר ולהשתמש במנועי חיפוש שאולי פחות מוכרים כמו Trip Database או Epistemonikos?

כל זאת ועוד מציע  2DSEARCH. האתר 2DSEARCH מיועד למידענים, חוקרים, סטודנטים וכן לעוסקים באיתור וגיוס עובדים. הוא פותח על ידי צוות בראשותו של ד"ר טוני ראסל-רוז, יזם טכנולוגיה עם ידע וענין בעולם החיפוש. האתר קיים מאמצע שנת 2018 ,ומהווה פלטפורמה לבניית חיפושים מורכבים בצורה פשוטה במגוון מנועי חיפוש המאפשרים גישה למפתחים, ובהם  Googlr Scholar, PubMed ,Trip Database  וכן Google ו – Bing . השאילתה מוצגת בצורה ויזואלית במספר אופנים, ומאפשרת בניה נוחה וגם איתור  טעויות אם יש.
עבור אנשי מקצוע בתחום המידענות,  ולמי שיש גישה (דרך האוניברסיטה/מקום העבודה) למנועי חיפוש שאינם בגישה חופשית ברשת, יש אפשרויות נוספות: לפני מספר חודשים הוספה אפשרות של תרגום שאילתות חיפוש לאתרים שבהם לא ניתן לחפש ישירות מהפלטפורמה, לדוגמה Embase ו -  Cochrane. התרגום אינו מלא, למשל מונחים שמקורם בתזאורי דוגמת MeSH  או Emtree עדין יש צורך להכניס ידנית גם כאן.

איך זה עובד?

בניית השאילתות באתר מתחילה על מעין קנווס ריק, בו כותבים את המונחים, ולאחר מכן מארגנים אותם בקבוצות. מוסיפים שדות חיפוש ואופרטורים בוליאניים (AND, OR , NOT) לפי הצורך. חלק ממנועי החיפוש מאפשרים לצפות בתוצאות החיפוש בדף הצמוד לקנווס, ובחלקם יש לעבור לחלון נפרד על מנת לראות אותן.
את השאילתות הנבנות באתר ניתן לשמור ולשתף בפתיחת חשבון חינמי עם סיסמת גוגל או סיסמה ייחודית.
וובינר הדרכה על הסיבות לפיתוח הפלטפורמה ואופן השימוש בה התקיים לפני מספר חודשים על ידי Shokraneh Farhad המשמש בין היתר כחוקר ב-  Cochrane. הוובינר עוזר ומקצר את הדרך להבנת אופן הפעולה של הפלטפורמה והשימוש בה. מומלץ לצפות ולהתנסות! כמו כן, הצוות שוקד על פיתוחים נוספים, שווה לעקוב אחרי החידושים הצפויים בפלטפורמת 2DSearch ב - 2020.

שפיות סמנטית: עדכונים מ - Semntic Scholar

מנוע החיפוש המבוסס בינה מלאכותית Semntic Scholar  נמצא בתנופת פיתוח משמעותית בימים אלה. לאחר שעלה לרשת בשנת 2015 עם כיסוי של 3 מליון מאמרים בתחומי הרפואה והמחשבים, כיום הוא מכסה מעל 178 מליון מאמרים בתחומי מחקר רבים. את מגוון תחומי המחקר ניתן לראות, ואף לבחור את התחום הרצוי לחיפוש, בלחיצה על התפריט הנפתח לצד תיבת החיפוש כמוצג בתמונה 1. עוד חידוש  שימושי במאגר: כיסוי רחב יותר של מאמרים בטקסט מלא באמצעות שיתוף פעולה עם Unpaywall.

תמונה 1: תחומי המחקר המכוסים על ידי Semantic Scholar

עדכון של פרופיל חוקר

ב - Semantic Scholar קיימים פרופילי חוקרים, אותם מייצר המאגר באופן אוטומטי. כעת ניתן לפנות לצוות הפיתוח על מנת לתקן ולהוסיף פרטים ומידע לפרופיל כמוצג בתמונה 2.

תמונה 2: אפשרות לעדכון פרופיל החוקר במאגר

תוספי תזונה ותרופות - כלי מבוסס בינה מלאכותית לגילוי האינטרקציות ביניהם

ב - Semantic Scholar ממשיכים לתמוך בעולם הרפואה, ומגייסים את טכנולוגית הבינה המלאכותית לגילוי אינטראקציות בין תרופות לתוספי תזונה בכלי חדש שהושק לאחרונה במאגר, ונקרא Supp.ai. הגישה לכלי היא מדף הבית של Semantic Scholar. בתיבת החיפוש יש להקיש את שם התרופה או התוסף הרצויים, ובתוצאות החיפוש מתקבלת רשימה של אינטרקציות אפשריות עם תרופות ותוספי תזונה אחרים. לצד כל תוסף או תרופה המופיעים ברשימה קיים קישור לרשימת המאמרים ממנה נלקח המידע.

תמונה 3. Supp.ai

שפיות סמנטית - עדכונים מותאמים אישית

כלי נוסף שהושק לאחרונה, ונמצא עדין בגרסת בטא, נקרא "שפיות סמנטית" או כפי שמופיע באתר: Semantic Sanity: A Personalized Research Feed. כלי זה מאפשר לבצע חיפוש חופשי ו/או לבחור מתוך קטגוריות נושאים מוגדרות. מתוך תוצאות החיפוש המתקבלות מסמנים אילו מאמרים הם המתאימים למה שרצינו על ידי לחיצה על הכפתור More like this המופיע מתחת לכל מאמר ברשימת התוצאות. לאחר שמסמנים לפחות מאמר אחד ניתן ליצור ולשמור רשימת מאמרים בנושא, ולצד כל מאמר שיופיע שם לסמן אם הוא מתאים יותר או פחות. לפי המידע שנספק, רשימת המאמרים שנקבל תהיה מותאמת טוב יותר לצורך שלנו.

נכון להיום כלי זה הוא כאמור עדין בגרסת בטא, וכן מבוסס על מאגר  Arxiv בלבד (מאגר של מאמרים בגישה פתוחה בניהול אוניברסית קורנל, בעיקר בתחומי הפיזיקה, מתמטיקה ומחשבים) . בנוסף, הוא מוגבל למאמרים מחמש השנים האחרונות בלבד. סביר להניח שבקרוב יורחב הכיסוי למאגרים ותחומים נוספים.

תמונה 4. https://s2-sanity.apps.allenai.org/cold-start

לסיכום, נראה כי הצוות של Semantic Scholar בראשותו של פרופ' אורן עציוני לא נח לרגע, מענין אילו עוד חידושים מחכים מעבר לפינה... שווה לעקוב!

מאמר שהוסר - חלון לתהליך המדעי

Tracking retractions as a window into the scientific process - או בתרגום חופשי: מעקב אחרי מאמרים שהוסרו כחלון לתהליך המדעי (באנגלית זה נשמע יותר טוב..) זהו המשפט המתנוסס בראש הבלוג Retraction Watch. הבלוג נוסד בשנת 2010 על ידי אדם מרכוס ואיוון אורנסקי, במטרה בין היתר לשפר את השקיפות והנראות של מאמרים שהוסרו מהספרות המדעית מסיבות שונות.

תמונה 1. https://retractionwatch.com/

הבלוג כולל מאגר מידע מקיף של מאמרים שהוסרו לאחר פרסומם, או שקיבלו תיקונים והערות (expressions of concern), ונכון להיום מכסה מעל  21,000 מאמרים. ניתן לחפש במאגר על פי מספר רב של פרמטרים, בהם שם המאמר או המחבר/ים, כתב העת או המו"ל, המוסד בו עובדים החוקרים ועוד.
בנוסף כולל הבלוג פוסטים מרתקים בנושא זה, ביניהם למשל הפוסט על עשרת המאמרים המצוטטים ביותר שהוסרו מהספרות המדעית, תוך ציון כמה צוטטו לפני ואחרי ההסרה.
על התופעה של הסרת מאמרים ועל הבלוג כתבה גם ד"ר שירי דיסקין, העוסקת בכתיבה רפואית.

איך נבנה מאגר המידע של Retraction Watch

מקור המידע העיקרי עליו מבוסס המאגר הוא פאבמד. בפאבמד ניתן לאתר מאמרים שהוסרו או  שקיבלו הערה מסוגים שונים באמצעות מונחי חיפוש ייעודיים ו/או באמצעות מונחי MeSH העוסקים בכך, כמפורט בתמונות 2 ו - 3. ניתן גם, כמו בכל חיפוש בפאבמד, ליצור התראה על החיפוש ולקבל עדכונים שוטפים על מאמרים שהוסרו או קיבלו הערות מסוגים שונים.

תמונה 2. מונחי חיפוש ייעודיים להערות בפאבמד מתוך ספר העזרה 

תמונה 3. מונחי MeSH לחיפוש מאמרים שהוסרו או מאמרים בנושא הסרת מאמרים

לאחר שלא היה לי לגמרי ברור איך נבנה המאגר של Retraction Watch והאם הוא מבוסס רק על פאבמד או על מקורות מידע נוספים פניתי לבעלי הבלוג וקיבלתי הסבר מפורט יותר על האופן בו נבנה המאגר שלהם. לפי הסבר זה מסתבר שהמקור העיקרי הוא אכן פאבמד, עם השלמות ממאגרים נוספים, ואיסוף מטא-דאטא על כל פריט.

לסיכום, נראה ש - Retraction Watch פותח צוהר לחלק חשוב בתהליך המדעי שלא תמיד שמים עליו את הדגש ואת תשומת הלב, וזהו מקור טוב להתחיל ממנו בנושא זה. 

הסטטיסטיקות של גוגל סקולר 2019

תמונה 1.גוגל סקולר. מקור

גוגל סקולר מפרסם בבלוג שלו כי הועלו לאתר הסטטיסטיקות העדכניות לשנת 2019 לגבי כתבי העת המובילים על פי מספר הציטוטים לפי מדד h5. הנתונים מבוססים על מאמרים שפורסמו בשנים 2014-2018 וציטוטים שנספרו עד יולי 2019.
הגישה אל הנתונים היא דרך התפריט הראשי - מדדים, כמוצג בתמונה 2.  התפריט נפתח בלחיצה על אייקון 3 הקווים שבפינה העליונה של המסך.

תמונה 2. גישה למדדים דרך התפריט הראשי.

בדף הבית של חלק המדדים ניתן לראות את 100 הפרסומים המובילים מכלל כתבי העת המכוסים על ידי גוגל סקולר בכל מגוון הנושאים. ברירת המחדל היא לפרסומים באנגלית, אך ניתן לראות עוד 11 שפות שונות בכן גרמנית, רוסית וספרדית בלחיצה על התפריט השפות.
בלחיצה על תפריט הקטגוריות ניתן לראות את 20 כתבי העת המובילים לפי קטגוריות ראשיות, וניתן גם לבחור קטגוריות משנה לקבלת כתבי עת בתחומים ספציפיים.
לחיצה על הקישור המופיע לצד כל כתב עת תציג את המאמרים המצוטטים ביותר מכתב עת זה.

להלן לדוגמה בתמונה 3: 20 כתבי העת המובילים בתחום התזונה על פי מדד זה לשנת 2019. ניתן לראות את הרשימה גם בקישור.

תמונה 3. כתבי העת המובילים בתזונה על פי גוגל סקולר לשנת 2019

עדכונים אונליין למקצועות הבריאות: אתר e-LfH

כתבה שפורסמה לאחרונה באתר הארגון הדיאטטי הבריטי תפסה לי  את העין:
 New e-learning tools for your prevention work
כלים אונליין, בריאות הציבור, משהו חדש: נשמע מבטיח.  עוד יותר שמחתי לגלות שהכלים הללו מוצעים לציבור אנשי המקצוע בחינם! כל זאת ועוד על ידי (Public Health England (PHE ו - Health Education England.

אז מה היה לנו שם?

מתברר שמדובר בפורטל המרכז לומדות אונליין לאנשי מקצועות הבריאות השונים בבריטניה כבר משנת 2003 ונקרא e-Learning for Healthcare או בקיצור e-LfH. לאתר, הכולל יותר מ - 200 תוכניות, רשומים למעלה ממליון אנשי מקצוע.
האתר עוסק בנושאים מגוונים, בהם עישון, שתיה מופרזת של אלכוהול, עמידות לאנטיביוטיקה ומניעת מחלות לב. גם לומדות על תזונת ילדים, מבוא למיינדפולנס וחיפוש מידע תוכלו למצוא שם! מרבית התכנים באתר הם בחינם, בחלקם אפשר לצפות ללא הרשמה ולחלקם חייבים להרשם (בחינם). במידה ונרשמים ניתן לעקוב אחרי ההתקדמות בכל לומדה ואף לקבל אישור על ביצועה.

All Our Health

מה חדש?

לאחרונה הועלתה לאתר תוכנית חדשה הנקראת All Our Health .התוכנית עוסקת בנושאים מרכזיים בבריאות הציבור, ומטרתה לסייע לאנשי מקצועות הבריאות לקדם נושאים אלה בבואם במגע עם הציבור בעבודתם השוטפת. בין הנושאים החדשים בתוכנית מניעת מחלות לב, השמנה במבוגרים ופעילות גופנית. נושאים נוספים צפויים לעלות בשנה הקרובה. ניתן לצפות בתכנים  גם ללא הרשמה. בכל נושא יש רקע קצר, שאלון לבדיקת ידע, המלצה למקורות מידע נוספים ודרכים בהם ניתן להתערב על מנת לקדם את הנושא. שימושי להרחבת הידע, וגם ליצירת הדרכות בנושאים אלה.

הפורטל מתעדכן האופן קבוע, שווה להתרשם, להרשם וללמוד משהו חדש!

מנועי חיפוש - מבינה אנושית לבינה מלאכותית. הרצאה בכינוס העשירי לאורתופדיה ואוסטיאוארתריטיס

אתמול היה לי הכבוד והעונג להרצות בפני באי הכנס הישראלי העשירי לאורתופדיה ואוסטיאוארתריטיס בנושא כלים לעדכון שוטף וחיפוש יעיל במידע הרפואי הדיגיטלי: מה צופן העתיד?
האתגר האמיתי היה להכניס את כל מה שרציתי לומר ב - 15 הדקות שהוקצו לי...
ההרצאה עסקה בכלים דיגיטליים המסייעים לאנשי מקצוע להתמודד עם עומס המידע הקיים כיום. התמקדתי בעיקר במנועי חיפוש מתקדמים - מבוססי בינה אנושית (הווה) ומבוססי בינה מלאכותית (הווה ועתיד). ויש גם הצצה לממשק החדש של פאבמד שצפוי לעלות בספטמבר הקרוב!
כפי שהבטחתי למשתתפים, אני מעלה כאן את המצגת, למי שרוצה להתנסות במגוון הכלים שהוצגו.
להורדת המצגת לחצו כאן על הקישור.
תודה רבה לד"ר רונן דבי, יו"ר הכינוס, לאילת דבי ולחברת מדיקל מדיה, ולהתראות בכנס הבא!