סקולר נגד סקולר (נגד סקולר)

תחום התוספים לדפדפן מתחמם בשני מנועי החיפוש המובילים Semantic Scholar ו - Google Scholar. 

Google Scholar הוציאו עדכון לתוסף, הקיים כבר משנת 2015. ב - Semantic Scholar השיקו בימים אלה לראשונה תוסף לדפדפני כרום ופיירפוקס. 

עדכונים לתוסף של Google Scholar

התוסף של Google Scholar קיבל עדכון גרסה לכבוד יום הולדתו החמישי, וכעת ניתן לעשות באמצעותו כמעט כל מה שניתן לעשות גם מהאתר עצמו, מכל דף אינטרנט שבו נמצאים. בלחיצה על התוסף ניתן לנסות לאתר טקסט מלא של מאמר, לקבל ציטוט מעוצב, לחזור לחיפוש קודם ועוד.

לאחר העדכון החדש ניתן לשמור ישירות מהתוסף מאמרים לספריה האישית ב - Google Scholar, וגם לגשת לספריה האישית. בנוסף, גם בקריאת קובץ PDF מהרשת Google Scholar יזהה את המאמר באתר ויאפשר שמירה שלו, קבלת ציטוט, חיפוש מאמרים דומים ועוד. 

מידע נוסף על העדכון לתוסף ניתן לקרוא בפוסט מהבלוג של  Google Scholar בנושא.

לדעתי תוסף מאוד שימושי, ששווה להתקין אם הוא עוד לא נמצא בדפדפן שלכם (כרום או פיירפוקס). 

תמונה 1. מגוון האפשרויות שנותן התוסף של Google Scholar.

תוסף חדש לדפדפן של Semantic Scholar

במנוע החיפוש Semantic Scholar השיקו לראשונה תוסף לדפדפן, שמקצר את הדרך לאתר מכל דף אינטרנט שבו תהיו. התוסף בגרסתו הראשונה מספק תכונות בסיסיות יחסית לתוסף של Google Scholar: מסמנים קטע מטקסט או כותרת מאמר שפתוח בדפדפן, והתוסף מאפשר לבצע חיפוש עם המקטע המסומן ישירות ב - Semantic Scholar או למצוא את המאמר באתר. לאחר שמגיעים לאתר ניתן לשמור את המאמר בספריה האישית, ליצור Feed מותאם אישית ממנו, וכל יתר התכונות שמציע Semantic Scholar. בחלק מהמקרים לא נדרש לסמן את הכותרת על מנת שהתוסף יזהה אותה, למשל ב - PubMed, ובחלק מהמקרים חייבים לסמן את הכותרת לצורך זיהוייה. 

את ההודעה על ההשקה ניתן לראות כאן. סביר להניח שנראה תכונות נוספות לכלי הזה בהמשך. גם את הגרסה הראשונה שווה להתקין כדי להגיע למאמרים/ליצור חיפושים בקליק ב - Semantic Scholar. 

מי ה - Scholar החדש בשכונה? Internet Archive Scholar

תמונה 2. Internet Archive Scholar

מנוע חיפוש חדש למאמרים בטקסט מלא מבית  Internet Archive  שנקרא  Internet Archive Scholar הושק לאחרונה בגרסת אלפא. הוא מכסה כעת כ - 25 מליון מאמרים בטקסט מלא. פרוייקט נוסף של Internet Archive שנקרא Fatcat מכסה את אותם מאמרים בטקסט מלא,  בתוספת פרסומים להם קיים מטא דאטה (מידע על מידע) בלבד. 

האתר מכסה מאמרים מהמאה ה - 18 ועד היום, וכולל גם כיסוי של מאמרים מכתבי עת בגישה פתוחה שלא ניתן יותר למצוא ברשת במקומות אחרים. יתכן והסיבה להעלמות מאמרים היא קשיים במימון התחזוקה של שרתים וכדומה, אך ייתכן וגם מדובר במאמרים מכתבי עת טורפים (כתבי עת שלא עורכים בקרת עמיתים או בקרה כלשהי למאמרים המפורסמים בהם), וכמו תמיד נכון הכלל של בדיקת כל מאמר לגופו בשאלת באיכות. מידע נוסף ניתן לקרוא כאן.

ותראו מה קורה אם Internet Archive Scholar  לא מוצא כלום בתשובה לשאילתה שלכם? הוא מפנה למנועי ה - Scholar האחרים! לזה אני קוראת שיתף פעולה.

תמונה 3 : ההודעה המתקבלת אם אין תוצאות במנוע החיפוש

אז אם שלושת "הסקולרים" משתפים פעולה, אולי עוד יש סיכוי לשלום עולמי. ובינתיים, נסו את הכלים החדשים ושתפו מה דעתכם!

MeSH on Demand - תמיד לשרותך

תמונה 1. MeSH on Demand

מבוא - על בינה מלאכותית ב - PubMed

כלים מבוססי בינה מלאכותית נכנסים יותר ויותר לשימוש יומיומי במגוון תחומים, וכך גם בתחום מנועי החיפוש. מנוע החיפוש הוותיק לאיתור מידע בתחום הביו-רפואה PubMed עודנו מבוסס בעיקר על טכנולוגיה של בינה אנושית - אחזור מידע באמצעות מילות מפתח שנקבעו על ידי אנשים (מונחי MeSH). אולם גם ב - PubMed יש ניצנים של שימוש בטכנולוגיה של בינה מלאכותית. את השימוש העיקרי בטכנולוגיה זו ניתן לראות בצורת הסידור של תוצאות החיפוש, שכעת היא ברירת המחדל של האתר, הנקראת Best match. Best match הוא אלגוריתם מבוסס בינה מלאכותית, שמבוסס בין היתר על למידה של התנהגות מליוני המשתמשים של האתר, ומטרתו להביא את התוצאות הרלוונטיות ביותר לדף התוצאות הראשון. 

מי אתה MeSH on Demand?

MeSH on Demand הוא כלי נוסף של PubMed המבוסס על בינה מלאכותית. הוא מעט נסתר מן העין, אך ניתן להגיע אליו בקלות מדף הבית של PubMed כמתואר בתרשים 1. הכלי מאפשר להדביק בתוכו טקסט של עד 10,000 תוים (כחמישה עמודים מודפסים), אך ניתן לכתוב בו גם מספר מלים בודדות. מתוך הטקסט שנכניס אליו, יודע MeSH on Demand להדגיש את המלים מתוכו שמתאימות למונחי MeSH קיימים, ולתת הסבר על כל מונח. בנוסף, הוא נותן רשימה של 10 מאמרים המתאימים למונחים הללו  ב - PubMed. 

חיפוש באמצעות MeSH on Demand

אולי החלק הכי שימושי בכלי הוא האפשרות ליצור חיפוש מתוחכם ישירות  ב – PubMed מהמונחים שנמצאו או רחבים יותר. את התהליך מתחילים בלחיצה על הכפתור Start PubMed Search שנמצא מימין לתיבת החיפוש. בלחיצה עליו מתקבל "תפריט" של המונחים שאותרו בחיפוש, ולצידם גם המונחים בעלי המשמעות הרחבה  יותר לשימוש לפי הצורך. מסמנים את המונחים הרצויים לחיפוש ולוחצים על Search in PubMed כמתואר בתמונה 2. 

תמונה 2. בחירת מונחי חיפוש מתוך Mesh on Demand

החיפוש המתקבל ב - PubMed הוא חיפוש מתוחכם, לדעתי אפילו יותר מזה שמתקבל כשעושים חיפוש ב - 

PubMed עצמו. כפי שניתן לראות בפירוט פרטי החיפוש (מהחיפוש המתקדם של PubMed, תמונה 3) כל מונח שבחרנו מופיע עם תוית של MeSH  וגם ללא תוית, שזה מקביל לתוית All Fields בחיפוש הרגיל. אולם אם יש מלים נרדפות , כמו למשל בדוגמה למונח Celiac Disease, הוא מוסיף אותן גם לחיפוש, מה שלא קורה בחיפוש רגיל. שווה!

תמונה 3. פרטי החיפוש המתקבל מחיפוש ב - PubMed דרך Mesh on Demand

איך מגיעים ל - MeSH on Demand ?

הגישה לכלי MeSH on Demand היא דרך דף הבית של PubMed כמתואר בתרשים 1.

תרשים 1. איך מגיעים ל - MeSH on Demand

סרטון הדרכה על השימוש ב - MeSH on Demand

לצפיה בסרטון הדרכה על  MeSH on Demand לחצו כאן או ראו להלן. הסרטון הוא מתוך סדרת השידורים החיים בנושאי מידענות "ראשון בלייב" בקהילה לא מחפשים.מוצאים מדי יום ראשון בשעה 21:00. מוזמנים להצטרף! 

מידע גנטי פלוס

 על פי הודעת הספרייה הלאומית לרפואה, NLM, החל מ - 1.10.2020 יוסר מהרשת האתר Genetics Home Reference. 

המידע מאתר זה יופיע כעת באתר MedlinePlus באזור ייעודי תחת השם  MedlinePlus Genetics. המידע שהועבר כולל פירוט על מעל 1300 מצבים גנטיים, מעל 1400 גנים, וכן ספר הדרכה בשפה פשוטה על תחום הגנטיקה. פירוט נוסף על המידע שקיים כעת ב - MedlinePlus Genetics ניתן לקרוא כאן. 

האתר MedlinePlus מיועד קודם כל לציבור הרחב, אולם גם אנשי מקצוע בתחום הרפואה והמידע יכולים ליהנות מהשימוש בו. כמקובל באתרים של הספריה הלאומית לרפואה, NLM, קיימים קישורים בין מקורות המידע שהיא מספקת בכל אתר ואתר. כך למשל בדף מידע על מחלה מסויימת ניתן למצוא קישורים למחקרים קליניים בתחום מאתר ClinicalTrials.gov, חיפוש מוכן בצורה מקצועית וממוקדת בפאבמד בלחיצת כפתור, רשימה של מלים נרדפות למונח ומקורות מידע נוספים. דוגמה לכך ניתן לראות למשל בדף על  Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency בסעיף Additional Information & Resources.

גנטיקה ב - MedlinePlus

לסיכום, אתר הכולל מידע רב ערך, הן לציבור הרחב והן לאנשי מקצוע, ממקורות מבוססים עליהם ניתן להסתמך. המעבר למיקום החדש יהפוך את המידע לנגיש יותר, היות ואתר MedlinePlus הוא אתר ידוע הנמצא בשימוש רב, ועל כל כן נראה שהעברת המידע אליו היא צעד מבורך.

Vivli - פלטפורמה לשיתוף מידע גולמי ממחקרים קליניים

Vivli, ארגון ללא כוונת רווח,  השיק לפני כשנתיים (יולי 2018), פלטפורמה גלובלית שמטרתה לקדם את המחקר בתחום הרפואה על ידי שיתוף מידע ממחקרים קליניים ברמת הנחקר הבודד.  המטרה היא לאפשר שימוש חוזר בנתוני הנחקרים על מנת לאפשר מחקרים בזמן קצר יותר תוך ניצול המשאבים ממחקרים קליניים שכבר הסתיימו. 

הארגון המייסד של Vivily הוא -

  The Multi-Regional Clinical Trials Center of Brigham and Women’s Hospital and Harvard 

https://vivli.org/

התוכן ב - Vivily

פירוט מלא של הסטטיסטיקות של הפלטפורמה ניתן לראות כאן. נכון להיום כוללת הפלטפורמה מידע על יותר משלושה מליון נבדקים ומעל 5400 מחקרים. שלושת הנושאים המבוקשים ביותר בחיפוש אחר נתונים הם איך לא וירוס הקורונה החדש, ואחריו מחלת האלצהיימר ומחלת הסוכרת. 28 גופים נמנים נכון להיום בין התורמים של המידע לפלטפורמה, בהם חברות תרופות ומרכזי מחקר.

החיפוש ב - Vivily ותהליך העבודה על הנתונים

ניתן לחפש מחקרים ב - Vivli בשלוש דרכים - על פי מספר המחקר אם הוא ידוע, לפי מילות מפתח, או באמצעות חיפוש מובנה על פי מונחי PICO. מונחי החיפוש המבוקרים המשמשים להרחבת או צמצום החיפוש באמצעות PICO הם פרי שיתוף פעולה בין Vivli ל - Cochrane. 

לאחר איתור המחקר/ים המתאימ/ים יש להגיש בקשה לקבלת הנתונים. לצורך כך יש לפתוח חשבון חינמי באתר. בטופס הבקשה ממלאים פרטים על המחקר המתוכנן להתבצע. במידה ומתקבל אישור לשימוש בנתונים, מקבלים גישה לפלטפורמה מאובטחת בה ניתן לפתוח את הקבצים ולבצע בהם ניתוחים סטטיסטיים. הפלטפורמה מאפשרת גם גישה לתוכנות סטטיסטיות נפוצות. את הנתונים לא ניתן להוריד מהפלטפורמה, אלא אם מתקבל אישור נוסף מיוחד לכך, לאחר שמוודאים שנמחק כל פרט מזהה אפשרי של משתתפי המחקר המקורי. 

סרטון קצר, המסביר את אופן החיפוש בפלטפורמה ואת אופן הגשת הבקשה לקבלת הנתונים והעבודה איתם, ניתן לראות כאן. תיאור גרפי של התהליך ניתן לראות כאן. 

לסיכום, נראה כי למיזם של Vivli פוטנציאל אמיתי של קידום המחקר ברפואה באמצעות הנגשת נתוני מחקר, שעד כה לא היו פתוחים למחקר העולמי. למרות שנושא השיתוף של נתוני מחקר באופן פתוח הולך וצובר תאוצה בימים אלה, באתרים דוגמת Figshare או Dryad, בפלטפורמה של Vivli ניתן למצוא נתונים גולמיים איכותיים שלא פתוחים במקומות אחרים.

הסטטיסטיקות של גוגל סקולר 2020

כמדי שנה, מפרסם גוגל סקולר את סטטיסטיקת הציטוטים של המאמרים המאונדקסים על ידו. הנתונים מתייחסים למאמרים שפורסמו בשנים 2015-2019, והופיעו במאגר נכון לחודש יוני 2020. 

ניתן לראות את הנתונים של כתבי עת לפי קטגוריות כלליות, למשל   Health & Medical Sciences  או קטגוריות ספציפיות יותר, למשל Nutrition Science (תמונה 1) . בכל קטגוריה יופיעו 20 כתבי העת המובילים בתחום על פי H Index.  כמו כן ניתן לראות את 100 כתבי העת המובילים לפי שפות נבחרות. בכל כתב עת ניתן לראות את 20 המאמרים  המצוטטים ביותר  בלחיצה על הקישור בטור של  h5-index. 

כתבי עת שאינם מופיעים בחלוקה לפי קטגוריות/שפות ניתן לאתר על ידי הכנסת מלים משם כתב העת בתיבת החיפוש. בתמונה 2 מודגש היכן ניתן לראות מאמרים לפי קטגוריות, לפי שפות או היכן לחפש כתבי עת לפי בחירה.

תמונה 1. 20 כתבי העת המובילים בתזונה לשנת 2020 לפי גוגל סקולר

תמונה 2. מיון לפי קטגוריה, שפה או חיפוש כתב עת מסוים מסומנים בצהוב בתמונה.

לסיום, הצצתי מה היו 20 המאמרים המובילים בכתב העת המצוטט ביותר בקטגוריה של כתבי עת בתזונה, מי מופתע ששבעה מתוך עשרים עסקו במיקרוביום? נראה אם בשנה הבאה יהיו אפילו יותר😊

Preprints in PubMed

פיילוט חדש מתחיל החודש ב - PubMed, במסגרתו יוכנסו מאמרים מסוג Preprints לראשונה למאגר. וובינר מיוחד שהתקיים לאחרונה מתאר את הפיילוט לפרטי פרטים. ה - Preprints שיוכנסו ל - PubMed, דרך מאגר PMC, יהיו של מחקרים שנעשו באמצעות מימון של ה - NIH, במטרה להגביר ולהקדים את החשיפה לממצאיהם. הדגש הראשוני של ה - Preprints שיוכנסו יהיה מחקרים בנושא מגיפת ה - Covid-19, המגיפה שהדגישה את הצורך בפרסום מהיר ונגיש של מידע מדעי. להדגשת המשמעות של פרסום מהיר, פרסום מאמר בדרכים המקובלות לאחר בקרת עמיתים יכול לקחת חודשים ושנים.

מהו Preprint?

בשלב ראשון יש לשאול מהו בעצם Preprint ? מסתבר שקיימות מגוון הגדרות למונח, שמשתנות גם בהתאם לתחום המחקר. הגדרה מקובלת היא  - גרסה מוקדמת של מאמר מדעי, שפורסמה על ידי המחבר/ים בפלטפורמה בגישה פתוחה, בדרך כלל לפני או במקביל לתהליך של בקרת עמיתים.  

תרשים של שלבי הפרסום של מאמר ניתן לראות בתמונה 1, הלקוחה מתוך הוובינר של רשת הספריות לרפואה בארצות הברית  (NNLM), שהתקיים לרגל תחילת הפיילוט. ההבדל העיקרי בין Preprint ל - Postprint הוא בקרת העמיתים שעבר ה -  Postprint,  כמו כן ל - Preprint ול - Postprint לא יהיה אותו מספר מזהה דיגיטלי DOI, בעוד ל -  Postprint ול - Published כן יהיה מספר DOI זהה שניתן על ידי המו"ל. 

תמונה 1. מקומו של  Preprint בשלבי הפרסום של מאמר מהסרטון

איך נזהה Preprint ב - PubMed?

על מנת להבטיח את שקיפות הפרסום, בכל רשומה של מאמר שהוא Preprint ב - PubMed תופיע הערה בצבע ירוק המדגישה שמדובר ב - Preprint שטרם עבר בקרת עמיתים (תמונה 2).

תמונה 2. תצוגה של Preprint ב - PubMed

בנוסף, ברשימת הפילטרים של PubMed  ניתן לראות כעת פילטר מיוחד בקטגוריה של Article Type עבור Preprint (תמונה 3). פילטר זה מאפשר חיפוש ממוקד של פרסומים אלה, וגם מאפשר להוריד פרסומים אלה מהחיפוש לפי הצורך באמצעות האופרטור NOT.

תמונה 3. פילטר עבור Preprint

מענין לראות איך יתקדם הפיילוט ומה יהיו מסקנותיו. על כך נשתמע בשנה הבאה!

Connected Papers - כלי ויזואלי חדש לאיתור מאמרים

מה אתם עושים כשאתם פוגשים חברים בסופי שבוע? אולי הולכים לים או יושבים לקפה? ובכן, יש חברים שנפגשים ומפתחים אתרים ופתרונות טכנולוגיים בזמן הזה. והפעם מדובר בחברים ישראלים - אלכס טרנבסקי איתן, אדי סמולנסקי ואיתי כנען הרפז -שחולקים במשך שנים את התסכול, אותו חשים רבים לעתים קרובות בעת ביצוע סקירת ספרות מדעית. וכך, כפרוייקט צדדי בפגישות בסופי שבוע נולד האתר.

הכלי שפיתחו השלושה נקרא Connected Papers , והוא מאפשר לאתר בקלות מאמרים דומים למאמר אחד שכבר יש לכם בתחום מסויים, ואת הקשרים ביניהם. הכלי הושק בראשית חודש יוני השנה, והוא קל ונוח לתפעול, וחופשי לשימוש (כרגע לא נתמך במובייל).

איך זה עובד?

העבודה עם Connected Papers מתחילה בהכנסת פרטי מאמר שברשותכם, שתרצו למצוא מאמרים הדומים לו. ניתן להכניס לכלי את מאמר המקור במגוון דרכים, כולל קישור מ - PubMed או Semantic Scholar, כותרת המאמר או מספר ה - DOI שלו (תמונה 1). 

לאחר זיהוי המאמר, הכלי סורק כ - 50 אלף מאמרים במאגר המידע Semantic Scholar, ומציג את הרלוונטיים ביותר מביניהם (כמה עשרות) בגרף. מכיון ש - Semantic Scholar הוא רב תחומי, הכלי מתאים למגוון תחומי מחקר.

העיקרון המוביל לקביעת הדמיון בין המאמרים הוא חפיפה מקסימלית בין המאמרים המופיעים ברשימות הביבליוגרפיות של שניהם. ככל שיש יותר דמיון בי הרשימות, כך סביר להניח שהמאמרים עוסקים באותו נושא. אין חובה שמאמרים יצטטו אחד את השני כדי לקבוע שהם דומים. ולפי הסבר שקיבלתי מיוצרי הכלי: הרעיון הוא שאם לשני מאמרים יש רשימות רפרנסים דומות אז הם כנראה באותו נושא (Bibliographic coupling). בנוסף, אם מאמרים אחרים מצטטים את שני המאמרים האלה ביחד אז הם גם כנראה באותו נושא (Co-citation).

ומחשבה שלי על הנושא: בדיקת הדמיון בין המאמרים באמצעות הרשימה הביבליוגרפית שלהם, ולא על פי הטקסט המלא שלהם, כמקובל במנועי חיפוש אחרים מבוססי בינה מלאכותית, מאפשרת בדיקה יסודית גם של מאמרים שאין גישה אל הטקסט המלא שלהם, היות והרשימות הביבליוגרפיות של מאמרים הן פתוחות לציבור בכל מקרה. 

תמונה 1. כל הדרכים להתחיל חיפוש ב - https://www.connectedpapers.com/

קריאת הגרף

מטרת הגרף המתקבל לאחר עיבוד המאמר שהוכנס לכלי היא להציג בצורה בולטת את המאמרים החשובים והרלוונטיים ביותר.  כל בועה בגרף מייצגת מאמר. ככל שהיא גדולה יותר, המאמר צוטט יותר פעמים, וככל שהיא כהה יותר המאמר חדש יותר. מאמרים דומים יופיעו בקבוצות (תמונה 2). 

מאמרים מקוריים ומאמרים נגזרים

אפשרות נוספת שקיימת בכלי היא קבלת מאמרים "מייסדים" (Prior works) ומאמרים "נגזרים" (Derivative works). מאמרים מייסדים (Ancestral papers) הם בד"כ מאמרים מקוריים, שהשפיעו ביותר על התחום ועל הדורות הבאים של המחקר. מאמרים נגזרים הם בד"כ סקירות שיטתיות, מטא-אנליזות או מאמרי State of the art המסכמים את הנעשה בתחום. 

אפשרות זו מקלה על זיהוי יסידות התחום הנבדק, ומעקב אחר התפתחותו לאורך השנים. 

המאמרים שמוגדרים כ - Prior/Derivative לא יופיעו בד"כ בגרף עצמו. בלחיצה על מאמר המופיע ברשימת ה- Prior/Derivative יסומנו בכחול כל המאמרים בגרף המצטטים אותו/מצוטטים על ידו, ולחיצה על מאמר המופיע בגרף תסמן בכחול את כל המאמרים ב - Prior/Derivative המצטטים אותו/מצוטטים על ידו (הסימון מופיע הן בתצוגת הרשימה והן בתצוגה הגרפית).

תמונה 2. גרף לדוגמה מ - Connected Papers

מידע נוסף

הספרן והבלוגר מסינגפור Aaron Tay  כתב לאחרונה פוסט מפורט בבלוג שלו על כלים נוספים המשתמשים במידע הביבליוגרפי לאיתור מאמרים, והספיק להכניס גם סקירה מפורטת על Connected Papers. שווה לקרוא את הסקירה ולהכיר כלים נוספים ואת היתרונות והחסרונות שלהם. 

לסיכום

מההתנסות שלי עד כה הכלי פשוט לשימוש, ומסייע למקד מאמרים בנושא מסויים בלי לטבוע בים של חומר. גם האופציה של קבלת מאמרי בסיס ומאמרים מסכמים שימושית. התוספת המתבקשת לכלי, שאחת ממטרותיו היא לסייע באיתור מאמרים לעבודות אקדמיות, היא אפשרות לייצא את המאמרים המתקבלים בחיפוש לתוכנה לניהול ציטוטים. בפניה למפתחי האתר נמסר לי כי הבקשה להוספת אפשרות זו עולה הרבה בקרב המשתמשים, והפרשנות שלי היא כי סביר להניח שאכן נראה אפשרות זו בהמשך. צריך לזכור שהכלי הושק רק החודש, כך שניתן לצפות לחידושים ושיפורים בעתיד. אשמח לשמוע אם התנסיתם בכלי ומה דעתכם?