יום חמישי, 25 ביוני 2020

Preprints in PubMed

פיילוט חדש מתחיל החודש ב - PubMed, במסגרתו יוכנסו מאמרים מסוג Preprints לראשונה למאגר. וובינר מיוחד שהתקיים לאחרונה מתאר את הפיילוט לפרטי פרטים. ה - Preprints שיוכנסו ל - PubMed, דרך מאגר PMC, יהיו של מחקרים שנעשו באמצעות מימון של ה - NIH, במטרה להגביר ולהקדים את החשיפה לממצאיהם. הדגש הראשוני של ה - Preprints שיוכנסו יהיה מחקרים בנושא מגיפת ה - Covid-19, המגיפה שהדגישה את הצורך בפרסום מהיר ונגיש של מידע מדעי. להדגשת המשמעות של פרסום מהיר, פרסום מאמר בדרכים המקובלות לאחר בקרת עמיתים יכול לקחת חודשים ושנים.

מהו Preprint?

בשלב ראשון יש לשאול מהו בעצם Preprint ? מסתבר שקיימות מגוון הגדרות למונח, שמשתנות גם בהתאם לתחום המחקר. הגדרה מקובלת היא  - גרסה מוקדמת של מאמר מדעי, שפורסמה על ידי המחבר/ים בפלטפורמה בגישה פתוחה, בדרך כלל לפני או במקביל לתהליך של בקרת עמיתים.  
תרשים של שלבי הפרסום של מאמר ניתן לראות בתמונה 1, הלקוחה מתוך הוובינר של רשת הספריות לרפואה בארצות הברית  (NNLM), שהתקיים לרגל תחילת הפיילוט. ההבדל העיקרי בין Preprint ל - Postprint הוא בקרת העמיתים שעבר ה -  Postprint,  כמו כן ל - Preprint ול - Postprint לא יהיה אותו מספר מזהה דיגיטלי DOI, בעוד ל -  Postprint ול - Published כן יהיה מספר DOI זהה שניתן על ידי המו"ל. 


תמונה 1. מקומו של  Preprint בשלבי הפרסום של מאמר מהסרטון


איך נזהה Preprint ב - PubMed?

על מנת להבטיח את שקיפות הפרסום, בכל רשומה של מאמר שהוא Preprint ב - PubMed תופיע הערה בצבע ירוק המדגישה שמדובר ב - Preprint שטרם עבר בקרת עמיתים (תמונה 2).


תמונה 2. תצוגה של Preprint ב - PubMed


בנוסף, ברשימת הפילטרים של PubMed  ניתן לראות כעת פילטר מיוחד בקטגוריה של Article Type עבור Preprint (תמונה 3). פילטר זה מאפשר חיפוש ממוקד של פרסומים אלה, וגם מאפשר להוריד פרסומים אלה מהחיפוש לפי הצורך באמצעות האופרטור NOT.

תמונה 3. פילטר עבור Preprint


מענין לראות איך יתקדם הפיילוט ומה יהיו מסקנותיו. על כך נשתמע בשנה הבאה!

יום ראשון, 21 ביוני 2020

Connected Papers - כלי ויזואלי חדש לאיתור מאמרים

מה אתם עושים כשאתם פוגשים חברים בסופי שבוע? אולי הולכים לים או יושבים לקפה? ובכן, יש חברים שנפגשים ומפתחים אתרים ופתרונות טכנולוגיים בזמן הזה. והפעם מדובר בחברים ישראלים - אלכס טרנבסקי איתן, אדי סמולנסקי ואיתי כנען הרפז -שחולקים במשך שנים את התסכול, אותו חשים רבים לעתים קרובות בעת ביצוע סקירת ספרות מדעית. וכך, כפרוייקט צדדי בפגישות בסופי שבוע נולד האתר.
הכלי שפיתחו השלושה נקרא Connected Papers , והוא מאפשר לאתר בקלות מאמרים דומים למאמר אחד שכבר יש לכם בתחום מסויים, ואת הקשרים ביניהם. הכלי הושק בראשית חודש יוני השנה, והוא קל ונוח לתפעול, וחופשי לשימוש (כרגע לא נתמך במובייל).

איך זה עובד?

העבודה עם Connected Papers מתחילה בהכנסת פרטי מאמר שברשותכם, שתרצו למצוא מאמרים הדומים לו. ניתן להכניס לכלי את מאמר המקור במגוון דרכים, כולל קישור מ - PubMed או Semantic Scholar, כותרת המאמר או מספר ה - DOI שלו (תמונה 1). 
לאחר זיהוי המאמר, הכלי סורק כ - 50 אלף מאמרים במאגר המידע Semantic Scholar, ומציג את הרלוונטיים ביותר מביניהם (כמה עשרות) בגרף. מכיון ש - Semantic Scholar הוא רב תחומי, הכלי מתאים למגוון תחומי מחקר.

העיקרון המוביל לקביעת הדמיון בין המאמרים הוא חפיפה מקסימלית בין המאמרים המופיעים ברשימות הביבליוגרפיות של שניהם. ככל שיש יותר דמיון בי הרשימות, כך סביר להניח שהמאמרים עוסקים באותו נושא. אין חובה שמאמרים יצטטו אחד את השני כדי לקבוע שהם דומים. ולפי הסבר שקיבלתי מיוצרי הכלי: הרעיון הוא שאם לשני מאמרים יש רשימות רפרנסים דומות אז הם כנראה באותו נושא (Bibliographic coupling). בנוסף, אם מאמרים אחרים מצטטים את שני המאמרים האלה ביחד אז הם גם כנראה באותו נושא (Co-citation).
ומחשבה שלי על הנושא: בדיקת הדמיון בין המאמרים באמצעות הרשימה הביבליוגרפית שלהם, ולא על פי הטקסט המלא שלהם, כמקובל במנועי חיפוש אחרים מבוססי בינה מלאכותית, מאפשרת בדיקה יסודית גם של מאמרים שאין גישה אל הטקסט המלא שלהם, היות והרשימות הביבליוגרפיות של מאמרים הן פתוחות לציבור בכל מקרה. 


תמונה 1. כל הדרכים להתחיל חיפוש ב - https://www.connectedpapers.com/

קריאת הגרף

מטרת הגרף המתקבל לאחר עיבוד המאמר שהוכנס לכלי היא להציג בצורה בולטת את המאמרים החשובים והרלוונטיים ביותר.  כל בועה בגרף מייצגת מאמר. ככל שהיא גדולה יותר, המאמר צוטט יותר פעמים, וככל שהיא כהה יותר המאמר חדש יותר. מאמרים דומים יופיעו בקבוצות (תמונה 2). 

מאמרים מקוריים ומאמרים נגזרים

אפשרות נוספת שקיימת בכלי היא קבלת מאמרים "מייסדים" (Prior works) ומאמרים "נגזרים" (Derivative works). מאמרים מייסדים (Ancestral papers) הם בד"כ מאמרים מקוריים, שהשפיעו ביותר על התחום ועל הדורות הבאים של המחקר. מאמרים נגזרים הם בד"כ סקירות שיטתיות, מטא-אנליזות או מאמרי State of the art המסכמים את הנעשה בתחום. 
אפשרות זו מקלה על זיהוי יסידות התחום הנבדק, ומעקב אחר התפתחותו לאורך השנים. 
המאמרים שמוגדרים כ - Prior/Derivative לא יופיעו בד"כ בגרף עצמו. בלחיצה על מאמר המופיע ברשימת ה- Prior/Derivative יסומנו בכחול כל המאמרים בגרף המצטטים אותו/מצוטטים על ידו, ולחיצה על מאמר המופיע בגרף תסמן בכחול את כל המאמרים ב - Prior/Derivative המצטטים אותו/מצוטטים על ידו (הסימון מופיע הן בתצוגת הרשימה והן בתצוגה הגרפית).

תמונה 2. גרף לדוגמה מ - Connected Papers

מידע נוסף

הספרן והבלוגר מסינגפור Aaron Tay  כתב לאחרונה פוסט מפורט בבלוג שלו על כלים נוספים המשתמשים במידע הביבליוגרפי לאיתור מאמרים, והספיק להכניס גם סקירה מפורטת על Connected Papers. שווה לקרוא את הסקירה ולהכיר כלים נוספים ואת היתרונות והחסרונות שלהם. 

לסיכום

מההתנסות שלי עד כה הכלי פשוט לשימוש, ומסייע למקד מאמרים בנושא מסויים בלי לטבוע בים של חומר. גם האופציה של קבלת מאמרי בסיס ומאמרים מסכמים שימושית. התוספת המתבקשת לכלי, שאחת ממטרותיו היא לסייע באיתור מאמרים לעבודות אקדמיות, היא אפשרות לייצא את המאמרים המתקבלים בחיפוש לתוכנה לניהול ציטוטים. בפניה למפתחי האתר נמסר לי כי הבקשה להוספת אפשרות זו עולה הרבה בקרב המשתמשים, והפרשנות שלי היא כי סביר להניח שאכן נראה אפשרות זו בהמשך. צריך לזכור שהכלי הושק רק החודש, כך שניתן לצפות לחידושים ושיפורים בעתיד. אשמח לשמוע אם התנסיתם בכלי ומה דעתכם?


יום רביעי, 10 ביוני 2020

ספרים רבותי ספרים

חודש יוני הוא חודש הספר, ועל אף שהשנה בוטלו ירידי הספרים עקב הקורונה, בספרים הדיגיטליים ניתן עדיין לצפות באופן חופשי. מנצלת את ההזדמנות לציין שני מקורות לספרים אקדמיים ברשת.

BookShelf - מדף הספרים של PubMed

BookShelf הוא מאגר הספרים בטקסט מלא של PubMed. המאגר הושק לראשונה בשנת 1999 (שלוש שנים לאחר שהושק PubMed עצמו) עם הטקסט המלא של המהדורה השלישית (שנת 1995) של הספר Molecular biology of the cell, המוכר היטב לכל מי שלמד תואר במדעי החיים. כעת ניתן לקרוא בו את מהדורה 4 משנת 2002. המהדורה האחרונה שהתפרסמה נכון להיום היא מהדורה 6 משנת 2015.  
BookShelf מכסה כיום מעל 7500 פרסומים במדעי החיים והרפואה, ומארח מעל 15 מליון מבקרים בחודש. כ - 300 פרסומים נוספים אליו מדי חודש.
למרות שמו, למעשה רק 1% מהפרסומים שמכסה המאגר הם ספרים (Textbooks). סוגי הפרסומים הנוספים במאגר הם בין היתר סקירות שיטתיות, דו"חות, הנחיות קליניות ומונוגרפים. על אף אחוז הספרים הנמוך מכלל החומר במאגר, הספרים הם אלה שזוכים לשימוש הגבוה ביותר.
ספרים מעניינים שאפשר לציין מהאוסף הם למשל הספר Hormones, Metabolism and the Benefits of Exercise או הספר Public Health Ethics: Cases Spanning the Globe

התוכן של BookShelf
תמונה 1. התוכן של BookShelf (מקור: סרטון זה)

מאגרי מידע בתוך BookShelf

תוכן האתר כולל גם מספר מאגרי מידע, בין היתר מאגרים שהועברו אליו מאתר Toxnet שהוסר מהרשת. שני מאגרים חשובים ושימושיים שאפשר לציין בהקשר זה הם מאגר LactMed, הכולל מידע רב על השפעת תרופות שונות על הנקה. הודעה על העברת המאגר ל- BookShelf אפשר לקרוא כאן, וכן מאגר Liver Tox הכולל מידע על תרופות, תוספי תזונה וחומרים נוספים העלולים לגרום לנזק לכבד. מאגרים אלה מתעדכנים באופן שוטף. מידע נוסף והדרכה לחיפוש במאגרים LactMed ו- Liver Tox ניתן לראות כאן בוובינר מיוני 2020 בנושא. 

איך מגיעים ב - BookShelf?

התוכן המכוסה על ידי BookShelf כלול ב - PubMed, כך שפריטים מתוכו יעלו בהתאם לחיפושים שתבצעו.  אם רוצים לחפש ישירות ב - BookShelf ניתן להגיע אליו דרך הקישורים שבתחתית דף הבית של  PubMed כמתואר בתמונה 2.


תמונה 2. גישה ישירה  ל - BookShelf מהקישורים בתחתית דף הבית של  PubMed


ניתן גם לסנן את תוצאות החיפוש ב -  PubMed לתוכן שמקורו ב -  BookShelf  על ידי שימוש בפילטרים המובנים של PubMed כמתואר בתמונה 3:

תמונה 3.סינון תוכן של חיפוש ב - PubMed למידע מ - BookShelf בלבד


לסינון מדוייק של ספרים או פרקים מספרים או ניתן להשתמש בחיפושים ללא תגית עם המונחים במתואר בתמונה 4:


תמונה 4. חיפושים ממוקדים לספרים ופרקים מספרים


מידע נוסף על אופן השימוש ב - BookShelf וכן רקע כללי על המאגר ניתן לראות כאן בסרטון
הרשמה לעדכונים על חומר חדש שעולה לאתר או עדכונים על חיפושים שנעשו ניתן לקבל באמצעות RSS מדף הבית של BookShelf או באמצעות Create Alert  ב - PubMed. 

Open Research Library


המטרה של Open Research Library, שהושקה רשמית בינואר השנה על פי הבלוג של ד"ר יפה אהרוני, היא להוות פלטפורמה שבה ירוכזו כל הספרים בגישה פתוחה שעברו בקרת עמיתים. בספריה נכון להיום מעל 20 אלף ספרים ופרסומים מדעיים נוספים, כולם בגישה פתוחה. ניתן לגלוש לפי קטגוריה או לפי המו"ל, ולשמור סימניות, הערות ומועדפים בחשבון אישי. שווה לגלוש קצת בין הקטגוריות או להשתמש באופציית החיפוש לאיתור הספר הרלוונטי לכם.

יום שבת, 25 באפריל 2020

מי אתה, Meta?


Search less. Discover more

META הוא כלי מבוסס בינה מלאכותית המאפשר לגלות מידע בתחום הביו-רפואה באמצעות יצירה ומעקב אחרי  Feeds מותאמים אישית. הכלי מבוסס על סטארטאפ שנוסד בשנת 2010 ,ונרכש על ידי קרן צ'אן-צוקרברג בשנת 2017 . Meta מכסה מאמרים מ – PubMed ומ – bioRxiv, וממש לאחרונה הוסף גם המאגר  medRxiv. המוטו של האתר  הוא Search less. Discover more, ועם זה אני מניחה שכל קוראות וקוראי הבלוג יזדהו. המשימה של גילוי המאמרים הרלוונטיים לך במהירות אינה קלה, במציאות בה (על פי Meta) מתווספים מדי יום מעל 4000 מאמרים חדשים בתחום הרפואה. זו למעשה היתה הסיבה ליצירת Meta מלכתחילה. השימוש בכלי הוא חופשי וללא פרסומות, בזכות התמיכה של קרן צ'אן-צוקרברג.

איך זה עובד?

השימוש ב - Meta מבוסס על מעקב אחרי  Feeds בנושאים שונים. ניתן לעקוב אחרי Feeds מוכנים הקיימים באתר, או ליצור Feeds אישיים. Feeds אישיים ניתן ליצור למשל על נושא, חוקר או כתב עת, או שילוב ביניהם. את ה - Feeds הקיימים ניתן גם לערוך. על יצירת ועריכת Feed ניתן ללמוד בסרטון הבא. על גילוי  Feeds מוכנים ניתן ללמוד בסרטון הבא. דוגמאות ל - Feeds מוכנים שמחכים לכם ב - Meta:
Nutrition & Diabetes
Diet and Multiple Sclerosis
HIV & Nutrition
Nutrition & Aging
ועוד ועוד...

בכל Feed ניתן לבחור לראות מאמרים מאותו יום או שבוע או חודש, וכן ניתן לסנן את המאמרים לפי סוג הפרסום, דוגמת סקירה, מחקר קליני או תיאור מקרה.

שמירת מאמרים וציטוטם

מאמרים לפי בחירתכם תוכלו לשמור לקריאה מאוחר יותר בתיקיות, או לסנכרן ישירות עם תוכנות לניהול ציטוטים. כעת ניתן לסנכרן עם תוכנת Mendeley. תוכנות נוספות יתווספו בהמשך. סרטון הדרכה על כך ניתן לראות כאן.

שיתוף ומעקב אחרי עדכונים

ניתן לשתף Feeds באמצעות קבלת קישור, אולם כדי לפתוח את הקישור על המקבל להרשם ל - Meta.
התראות על עדכונים ל - Feeds: ניתן לקבל אימייל שבועי עם עדכונים נבחרים, אולם כדי לראות את כל העדכונים יש להכנס לכלי עצמו. הרשמה או ביטול של אימיילים לעדכון אפשר לעשות דרך הפרופיל האישי ב - Meta.

מאמרים בטקסט מלא

במידה והמאמר שבחרתם בגישה חופשית, תקבלו גישה מיידית בלחיצה על כפתור View PDF  שליד המאמר (לאחר בחירה במאמר מסוים). ל - Meta  שיתוף פעולה עם הכלי Kopernio, כך שאם נרשמתם לכלי (בחינם) תוכלו לקבל גישה גם דרכו. גישה למאמרים דרך מוסד אקדמי אם יש לכם, אפשר לקבל ישירות דרך Meta במידה ויש שיתוף פעולה בינו לבין המוסד (הסבר כאן), או באופן עקיף באמצעות Kopernio במידה והמוסד אליו אתם משויכים עובד עם Kopernio. למידע נוסף על Kopernio לחצו כאן.

Meta & Covid -19

ב - META יש Feed מוכן בנושא Covid -19. ניתן פשוט לעקוב אחריו, או לערוך אותו ולהתאים אותו יותר לצרכים האישיים. על עריכת Feed ניתן ללמוד בסרטון הבא.

לסיכום

נראה ש - Meta הוא כלי שמושקעת בו הרבה מחשבה, תוך התייחסות לצרכים של אנשי מקצוע בתחום הרפואה, כמו חיפוש נוח, גישה לטקסט מלא וסינכרון עם תוכנה לניהול ציטוטים. האינטגרציה עם כלים נוספים כמו Mendeley ו - Kopernio מאוד מייעלת את העבודה. כמו כן ניכר שיש פיתוחים נוספים בדרך, הכלי עדין בגרסת בטא, וחידושים נוספים כל הזמן. עדכונים על החידושים ניתן לראות כאן. מידע ועזרה על השימוש ב - Meta  בצורה מפורטת ביותר ובליווי סרטוני וידאו ניתן לראות כאן. המלצה שלי - שווה להשתמש. מה דעתכם? 

יום שני, 20 באפריל 2020

סקירת ספרות חצי אוטומטית - כל השיפורים בגרסה החדשה של Iris.ai

על מנוע החיפוש Iris.ai, המציע סקירת ספרות חצי אוטומטית מבוססת בינה מלאכותית, כתבתי לפני כשנה. כעת יצאה גרסה חדשה של האתר, עם מספר שיפורים מעניינים ששווה להתעכב עליהם. בנוסף, בשל מגפת הקורונה המכה בנו כעת, מאפשרים ב- Iris.ai גישה חופשית לכל הכלים של האתר עד סוף יוני 2020, הזדמנות להתנסות בכל היכולות שהוא מציע, ואולי לשקול לעשות מנוי מוסדי או אישי בהמשך. כל הפרטים כאן.

https://the.iris.ai/

אז מה חדש?

בסוף 2019 יצאה גרסה 6 של הכלי עם מספר שינויים ושיפורים משמעותיים.

שינויים בחשבון חופשי וחשבון פרימיום (בתשלום)

עד כה, חשבון חופשי כלל גישה מלאה ל - Exploration Tool, וללא גישה כלל ל - Focusing Tool. כעת, צומצמו האפשרויות ב - Exploration Tool, בעיקר נחסמה האפשרות להכניס נושא משלך לחיפוש (אלא רק לינק למאמר קיים), וכן לא ניתן לחפש פטנטים. ב - Focusing Tool ניתן כעת להשתמש גם בחשבון החופשי, אך לא ניתן לעבד יותר ממפה אחת בכל פעם. מידע נוסף על האפשרויות החינמיות ובתשלום ועל רכישת מנוי ניתן לראות כאן.

Dark Mode

הוספה אפשרות לשנות את המסך ל - Dark Mode למי שמעדיף, בין היתר להפחתת הסינוור, בעיקר בשעות הלילה. ניתן לשנות זאת בחלק העליון של התפריט הראשי.

הרשמה לעדכונים על מאמרים חדשים במפות

אחד הכלים החביבים עלי במנועי חיפוש הוא האפשרות להרשם לעדכונים על תוצאות חדשות של חיפושים. אפשרות זו קיימת כאן כעת: לאחר שבונים מפת חיפוש ושומרים אותה, ניתן להרשם לעידכונים על מאמרים חדשים שתואמים את המפה.

מקורות מידע לחיפוש

בתחילת הדרך של Iris.ai היה ניתן לבנות מפת חיפוש לפי קישור לסרטוני טד. כעת הוסרה אפשרות זו, אך נוספה אפשרות לחפש במאגר הפטנטים של ארצות הברית US Patent Office.

ייצוא תוצאות החיפוש לתוכנה לניהול ציטוטים

תוספת מבוקשת במיוחד שקיימת כעת: האפשרות לייצא את המאמרים מתוצאות החיפוש לתוכנות לניהול ציטוטים באמצעות הורדת קובצי csv או BibTex.

למידע מפורט איך פועל האתר, ואת כל החידושים של  הגרסה העדכנית של מנוע החיפוש, ניתן לראות בוובינר שקיימה החברה לאחרונה.

אשמח לשמוע אם התנסיתם בכלי ומה חשבתם עליו? 

יום שבת, 18 באפריל 2020

יש כימיה - PubChem - לא לכימאים בלבד!

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

PubChem הוא מאגר המידע בגישה חופשית הגדול בעולם בנושא כימיה, המנוהל על ידי הספריה הלאומית לרפואה בארה"ב והושק ב - 2004. כמובן שכימאים ימצאו פה מידע מקצועי רב, אבל לא חייבים להיות כימאים כדי ליהנות מהמאגר. המידע כאן הוא רב ומגוון, כפי שניתן ללמוד מדף הסטטיסטיקה
מעל 100 מליון תרכובות, מעל 250 מליון חומרים, מעל 30 מליון מאמרים מדעיים ומעל 3 מליון פטנטים.
דוגמה לחומרים שניתן למצוא עליהם כאן מידע מפורט - תרופות, ויטמינים, פפטידים, שומנים, פחמימות ונוקלאוטידים.
לסרטון קצר המתאר את מאגר PubChem  לחצו כאן

מה באתר?

במרץ 2019 עבר האתר מתיחת פנים ומאז נוספו לו עוד כלים ומקורות מידע. לאתר אין אפליקציה ייעודית למכשירים ניידים, אך הוא רספונסיבי ומתאים לשימוש בכל מכשיר.
לכל חומר או תרכובת באתר ניתן למצוא מידע רב המפורט ומסודר בתפריט הצד המאפשר ניווט נוח למידע הרצוי. למשל לדוגמה בערך על אספירין.

אספירין מקור

מה בתפריט?

בתפריט הצד של כל ערך (מודגש בצהוב בתמונה לעיל) ניתן למצוא מידע רב. כמה דגשים שימושיים:
בסעיף Names & Identifiers ניתן למצוא רשימת מלים נרדפות מ - MeSH אך גם ממקורות נוספים. מתאים לחיפושים מורכבים ויסודיים דוגמת סקירות שיטתיות ומטא-אנליזות. לדוגמא רשימת המלים הנרדפות שאינן מ - MeSH עבור אספירין
בסעיף Drug & Medication Information יש מידע רב מאוד: החל מאינדיקציות לשימוש בתרופה, מידע על רעילות לכבד, דפי המידע של התרופה, ניסויים קליניים בתרופה ממספר מקורות ועוד.
בסעיף Toxicity ניתן למצוא מידע גם על רעילות סביבתית ואקולוגית.
בסעיף Literature ניתן למצוא מידע ממקורות ספרות שונים, וגם חיפושים מוכנים וממוקדים ב - PubMed. 

מה חדש?

הטבלה המחזורית

בשנת 2019 מלאו 150 שנה לגילוי הטבלה המחזורית על ידי מנדלייב, והשנה הוכרזה על ידי הקהילה המדעית כ"שנה הבינלאומית של הטבלה המחזורית". ב - PubChem השיקו לרגל האירוע את הטבלה המחזורית האינטראקטיבית ודפי המידע על היסודות המרכיבים אותה.
לטבלה המחזורית באתר שלוש אפשרויות תצוגה: כטבלה, כרשימת יסודות או כמשחק לבחינת הידע. לחיצה על שם היסוד מציגה מידע מקוצר, ולחיצה נוספת על הקישור המצורף מביאה לדף מידע הכולל מידע מפורט יותר. מתאים במיוחד כשצריך מידע ממוקד על אחד או יותר מהיסודות המופיעים בטבלה.


הטבלה המחזורית 


Pathway Pages

במרץ השנה הוספו לאתר Pathway Pages, שבהם תיאור מפורט של תהליכים כימיים וביולוגיים בהם מעורבים התרכובות והחומרים שבמאגר. המידע נאסף ממספר מקורות אל PubChem. בחלק ממקורות אלה גם ניתן להוריד תרשים של התהליך ואף לערוך אותו לפני כן על פי הצורך. מתאים במיוחד למרצים ולסטודנטים, להכנת עבודות ומצגות. יש לשים לב לזכויות היוצרים של כל תמונה כמפורט במקור. בד"כ חופשי לשימוש תוך מתן קרדיט. תמונה לדוגמה - מטבוליזם ויטמינים מסיסי שומן:


מטבוליזם ויטמינים מסיס שומן. מקור


פטנטים: אינטגרציה עם WIPO

עוד חידוש שהוסף במרץ השנה הוא אינטגרציה עם המידע הקיים באתר
 World Intellectual Property Organization WIPO. בכך ניתן למצוא ביתר קלות פטנטים המקושרים לחומר הכימי הרלוונטי. 

לסיכום

PubChem מסתמן כמקור מידע רב פנים ושימושי, וממש לא לכימאים בלבד. כמו כן נראה שהוא בתנופת שיפורים, מענין לראות מה יתחדש עוד בהמשך.

יום חמישי, 9 באפריל 2020

קורונה - חיפושים מוכנים לאנשים עסוקים



וירוס הקורונה החדש - מקורות ספרות

וירוס הקורונה מכה בעולם וכך גם הספרות הרפואית המצטברת בנושא. מספר גופים ומנועי חיפוש מנסים להקל עלינו קצת את המעמסה, ולקבל את העדכונים הרלוונטיים לנו מתוך אוקיינוס הפרסומים. להלן מספר המלצות למקורות מידע שמנסים להקל עלינו ולו במעט את התהליך.

PubMed

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

PubMed הוא אחד האתרים החשובים בעולם לאיתור ספרות מדעית בתחום הרפואה, שאף משיק בימים אלה אתר חדש. בספריה הלאומית לרפואה, NLM, האחראית לאתר PubMed, הכינו חיפוש מוכן עבור משתמשי האתר. החיפוש המוכן  בנוי היטב ומכסה את כל הגרסאות האפשריות לתיאור וירוס הקורונה החדש. כל מה שצריך לעשות המשתמש זה ללחוץ על הקישור, והחיפוש נשתל בתוך מנוע החיפוש. לאחר שהחיפוש כבר בפנים, ניתן להוסיף מונחים רלוונטיים על פי הצורך כדי לצמצם את התוצאות לתחום המבוקש. למשל בנושא טיפול נמרץ, פסיכולוגיה או תזונה. לקישור לקבלת החיפוש המוכן לחצו כאן. לסרטון הדרכה קצר על השימוש בחיפוש המוכן לחצו כאן

Dimansions

https://app.dimensions.ai/discover/publication

מנוע החיפוש Dimansions, מנוע חיפוש רב תחומי העוסק גם בנושאי רפואה, מציע אף הוא חיפוש מוכן בנושא וירוס הקורונה החדש עבור משתמשיו. גם כאן, כל מה שיש לעשות זה ללחוץ על הקישור, והחיפוש נשתל במנוע החיפוש. לאחר מכן ניתן להוסיף מלים למיקוד החיפוש, ו/או להשתמש בפילטרים הייחודיים של האתר המאפשרים סינון לפי תחום מחקר. לקישור לחיפוש המוכן לחצו כאן, לסרטון הדרכה קצר על השימוש בחיפוש המוכן לחצו כאן 

Epistemonikos

https://www.epistemonikos.org/
מנוע החיפוש Epistemonikos ( המילה היוונית  Epistemonikos משמעותה דברים ששווה לדעת), המכסה מעל 300 אלף סקירות שיטתיות, הקים מרכז מידע המרכז את כל החומר הקשור למגיפת הקורונה, כולל סקירות שיטתיות המצויות בתהליך וכן ניסויים קליניים בתהליך. באמצעות הכלי של Epistemonikos הנקרא L•OVE ניתן לסנן את המידע הקיים על פי הפרמטרים הרצויים של מונחי PICO. מידע נוסף על מנוע החיפוש ניתן לקרוא כאן

Cochrane Library

https://www.cochranelibrary.com/

Cochrane Library גם נרתמו לעזרה והכינו אוסף מיוחד הכולל את כל הסקירות השיטתיות הרלוונטיות למגיפת הקורונה שפורסמו על ידם. להלן קישור לאוסף הכולל מידע על טיפול נמרץ, על מניעת הפצה של זיהומים ועל דרכים להפסקת עישון במהלך המגיפה. 


Semantic Scholar



Semantic Scholar הוא מנוע חיפוש רב תחומי המבוסס על אלגוריתם של בינה מלאכותית. בנוסף לקובץ נתונים שהוא משתף בגישה פתוחה, הוא מציע לנו Feed של מאמרים בנושא וירוס הקורונה, שאותו נוכל "ללמד" על העדפותינו. אנחנו נסמן איזה מאמרים באותו Feed אנו אוהבים יותר או פחות, וכך נתאים אותו לצרכינו, והוא יראה לנו בעתיד מאמרים שיותר רלוונטיים לתחום עיסוקנו על פי מה שבחרנו. לצורך שמירת ה - Feed צריך להרשם לחשבון חינמי באתר, אפשר בין היתר עם פרטי חשבון הגוגל.

META

https://www.meta.org/

META הוא כלי מבוסס בינה מלאכותית המאפשר לגלות מידע בתחום הביו-רפואה באמצעות יצירה ומעקב אחרי  Feeds מותאמים אישית. הכלי מבוסס על סטארטאפ שנוסד בשנת 2010 ,ונרכש על ידי קרן צ'אן-צוקרברג בשנת 2017 . הכלי מכסה מאמרים מ – PubMed ומ – bioRxiv. המוטו של האתר  הוא Search less. Discover more. גם ב - META יש Feed מוכן בנושא Covid -19. ניתן פשוט לעקוב אחריו, או לערוך אותו ולהתאים אותו יותר לצרכינו. על עריכת Feed ניתן ללמוד בסרטון הבא


Trip


מנוע החיפוש Trip מכסה מידע רפואי איכותי ממגוון מקורות מידע. כלי שימושי שמציע האתר נקרא Latest & greatest. כאן תוכלו למצוא ריכוז של מאמרים לפי נושאים, ובתוך כל נושא חלוקה למאמרים החדשים ביותר (Latest) או הפופולריים ביותר (Greatest).  כמובן שהמונח Covid-19  הוסף לרשימה וניתן לסקור באמצעותו מאמרים מובילים בנושא. 


Google Scholar

https://scholar.google.co.il/schhp?hl=iw

ולסיום, עוד בקטנה על Google Scholar: בדף הבית של האתר יצרו מעין מיני פורטל המרכז מקורות מידע חשובים בנושא Covid-19 , נקודת פתיחה טובה לחיפוש מידע בתחום.

לסיכום  

מה נותר עוד לומר? שנהיה בריאים!
אשמח לשמוע בתגובות מה חשבתם על מקורות המידע ועל המלצות שלכם למקורת מידע טובים נוספים למגיפת ה - Covid-19 וגם בכלל...