יום שבת, 21 בספטמבר 2019

מאמר שהוסר - חלון לתהליך המדעי

Tracking retractions as a window into the scientific process - או בתרגום חופשי: מעקב אחרי מאמרים שהוסרו כחלון לתהליך המדעי (באנגלית זה נשמע יותר טוב..) זהו המשפט המתנוסס בראש הבלוג Retraction Watch. הבלוג נוסד בשנת 2010 על ידי אדם מרכוס ואיוון אורנסקי, במטרה בין היתר לשפר את השקיפות והנראות של מאמרים שהוסרו מהספרות המדעית מסיבות שונות.

תמונה 1. https://retractionwatch.com/


הבלוג כולל מאגר מידע מקיף של מאמרים שהוסרו לאחר פרסומם, או שקיבלו תיקונים והערות (expressions of concern), ונכון להיום מכסה מעל  21,000 מאמרים. ניתן לחפש במאגר על פי מספר רב של פרמטרים, בהם שם המאמר או המחבר/ים, כתב העת או המו"ל, המוסד בו עובדים החוקרים ועוד.
בנוסף כולל הבלוג פוסטים מרתקים בנושא זה, ביניהם למשל הפוסט על עשרת המאמרים המצוטטים ביותר שהוסרו מהספרות המדעית, תוך ציון כמה צוטטו לפני ואחרי ההסרה.
על התופעה של הסרת מאמרים ועל הבלוג כתבה גם ד"ר שירי דיסקין, העוסקת בכתיבה רפואית.

איך נבנה מאגר המידע של Retraction Watch

מקור המידע העיקרי עליו מבוסס המאגר הוא פאבמד. בפאבמד ניתן לאתר מאמרים שהוסרו או  שקיבלו הערה מסוגים שונים באמצעות מונחי חיפוש ייעודיים ו/או באמצעות מונחי MeSH העוסקים בכך, כמפורט בתמונות 2 ו - 3. ניתן גם, כמו בכל חיפוש בפאבמד, ליצור התראה על החיפוש ולקבל עדכונים שוטפים על מאמרים שהוסרו או קיבלו הערות מסוגים שונים.

תמונה 2. מונחי חיפוש ייעודיים להערות בפאבמד מתוך ספר העזרה 

תמונה 3. מונחי MeSH לחיפוש מאמרים שהוסרו או מאמרים בנושא הסרת מאמרים

לאחר שלא היה לי לגמרי ברור איך נבנה המאגר של Retraction Watch והאם הוא מבוסס רק על פאבמד או על מקורות מידע נוספים פניתי לבעלי הבלוג וקיבלתי הסבר מפורט יותר על האופן בו נבנה המאגר שלהם. לפי הסבר זה מסתבר שהמקור העיקרי הוא אכן פאבמד, עם השלמות ממאגרים נוספים, ואיסוף מטא-דאטא על כל פריט.

לסיכום, נראה ש - Retraction Watch פותח צוהר לחלק חשוב בתהליך המדעי שלא תמיד שמים עליו את הדגש ואת תשומת הלב, וזהו מקור טוב להתחיל ממנו בנושא זה. 

יום שלישי, 27 באוגוסט 2019

הסטטיסטיקות של גוגל סקולר 2019


תמונה 1.גוגל סקולר. מקור
גוגל סקולר מפרסם בבלוג שלו כי הועלו לאתר הסטטיסטיקות העדכניות לשנת 2019 לגבי כתבי העת המובילים על פי מספר הציטוטים לפי מדד h5. הנתונים מבוססים על מאמרים שפורסמו בשנים 2014-2018 וציטוטים שנספרו עד יולי 2019.
הגישה אל הנתונים היא דרך התפריט הראשי - מדדים, כמוצג בתמונה 2.  התפריט נפתח בלחיצה על אייקון 3 הקווים שבפינה העליונה של המסך.

תמונה 2. גישה למדדים דרך התפריט הראשי.

בדף הבית של חלק המדדים ניתן לראות את 100 הפרסומים המובילים מכלל כתבי העת המכוסים על ידי גוגל סקולר בכל מגוון הנושאים. ברירת המחדל היא לפרסומים באנגלית, אך ניתן לראות עוד 11 שפות שונות בכן גרמנית, רוסית וספרדית בלחיצה על התפריט השפות.
בלחיצה על תפריט הקטגוריות ניתן לראות את 20 כתבי העת המובילים לפי קטגוריות ראשיות, וניתן גם לבחור קטגוריות משנה לקבלת כתבי עת בתחומים ספציפיים.
לחיצה על הקישור המופיע לצד כל כתב עת תציג את המאמרים המצוטטים ביותר מכתב עת זה.

להלן לדוגמה בתמונה 3: 20 כתבי העת המובילים בתחום התזונה על פי מדד זה לשנת 2019. ניתן לראות את הרשימה גם בקישור.

תמונה 3. כתבי העת המובילים בתזונה על פי גוגל סקולר לשנת 2019

יום שלישי, 25 ביוני 2019

עדכונים אונליין למקצועות הבריאות: אתר e-LfH

כתבה שפורסמה לאחרונה באתר הארגון הדיאטטי הבריטי תפסה לי  את העין:
 New e-learning tools for your prevention work
כלים אונליין, בריאות הציבור, משהו חדש: נשמע מבטיח.  עוד יותר שמחתי לגלות שהכלים הללו מוצעים לציבור אנשי המקצוע בחינם! כל זאת ועוד על ידי (Public Health England (PHE ו - Health Education England.

אז מה היה לנו שם?

מתברר שמדובר בפורטל המרכז לומדות אונליין לאנשי מקצועות הבריאות השונים בבריטניה כבר משנת 2003 ונקרא e-Learning for Healthcare או בקיצור e-LfH. לאתר, הכולל יותר מ - 200 תוכניות, רשומים למעלה ממליון אנשי מקצוע.
האתר עוסק בנושאים מגוונים, בהם עישון, שתיה מופרזת של אלכוהול, עמידות לאנטיביוטיקה ומניעת מחלות לב. גם לומדות על תזונת ילדים, מבוא למיינדפולנס וחיפוש מידע תוכלו למצוא שם! מרבית התכנים באתר הם בחינם, בחלקם אפשר לצפות ללא הרשמה ולחלקם חייבים להרשם (בחינם). במידה ונרשמים ניתן לעקוב אחרי ההתקדמות בכל לומדה ואף לקבל אישור על ביצועה.

All Our Health


מה חדש?

לאחרונה הועלתה לאתר תוכנית חדשה הנקראת All Our Health .התוכנית עוסקת בנושאים מרכזיים בבריאות הציבור, ומטרתה לסייע לאנשי מקצועות הבריאות לקדם נושאים אלה בבואם במגע עם הציבור בעבודתם השוטפת. בין הנושאים החדשים בתוכנית מניעת מחלות לב, השמנה במבוגרים ופעילות גופנית. נושאים נוספים צפויים לעלות בשנה הקרובה. ניתן לצפות בתכנים  גם ללא הרשמה. בכל נושא יש רקע קצר, שאלון לבדיקת ידע, המלצה למקורות מידע נוספים ודרכים בהם ניתן להתערב על מנת לקדם את הנושא. שימושי להרחבת הידע, וגם ליצירת הדרכות בנושאים אלה.

הפורטל מתעדכן האופן קבוע, שווה להתרשם, להרשם וללמוד משהו חדש!




יום חמישי, 20 ביוני 2019

מנועי חיפוש - מבינה אנושית לבינה מלאכותית. הרצאה בכינוס העשירי לאורתופדיה ואוסטיאוארתריטיס



אתמול היה לי הכבוד והעונג להרצות בפני באי הכנס הישראלי העשירי לאורתופדיה ואוסטיאוארתריטיס בנושא כלים לעדכון שוטף וחיפוש יעיל במידע הרפואי הדיגיטלי: מה צופן העתיד?
האתגר האמיתי היה להכניס את כל מה שרציתי לומר ב - 15 הדקות שהוקצו לי...
ההרצאה עסקה בכלים דיגיטליים המסייעים לאנשי מקצוע להתמודד עם עומס המידע הקיים כיום. התמקדתי בעיקר במנועי חיפוש מתקדמים - מבוססי בינה אנושית (הווה) ומבוססי בינה מלאכותית (הווה ועתיד). ויש גם הצצה לממשק החדש של פאבמד שצפוי לעלות בספטמבר הקרוב!
כפי שהבטחתי למשתתפים, אני מעלה כאן את המצגת, למי שרוצה להתנסות במגוון הכלים שהוצגו.
להורדת המצגת לחצו כאן על הקישור.
תודה רבה לד"ר רונן דבי, יו"ר הכינוס, לאילת דבי ולחברת מדיקל מדיה, ולהתראות בכנס הבא!

יום שישי, 31 במאי 2019

בריאות הציבור בראש - הגרסה הקנדית


המרכזים לשיתוף פעולה בבריאות הציבור בקנדה https://nccph.ca/about-us/

בשנת 2005 הוקמו ביוזמת הסוכנות לבריאות הציבור בקנדה ובמימונה שישה מרכזים בנושאי בריאות הציבור, העובדים בשיתוף פעולה לקידום השימוש במידע מדעי לחיזוק וביסוס המדיניות ותוכניות קידום הבריאות בקנדה. המרכזים מזהים פערי מידע ומספקים לרשויות ולציבור מקורות מידע מבוססי עובדות ומוצרי מולטימדיה שונים (דוגמת סרטונים, וובינרים ומצגות).
המרכזים השונים פרושים בכל רחבי קנדה, וכל אחד מהם עוסק בנושא מרכזי, כמו איכות הסביבה או מחלות זיהומיות. 
באוניברסיטת McMaster במחוז אונטריו בקנדה נמצא המרכז לכלים ושיטות בבריאות הציבור, שהוא אולי יותר מכל המרכזים מהווה מכרה זהב של מידע לעוסקים בתחום, היות והוא עוסק בנושא בראיה רחבה ומספק כלים בסיסיים ומתקדמים המתאימים לכל התחומים הרלוונטיים לבריאות הציבור. 

המרכז לכלים ושיטות בבריאות הציבור

המרכז לכלים ושיטות בבריאות הציבור באוניברסיטת McMaster  הוקם ביוזמתה ובניהולה של ד"ר מורין דובינס, מנהלת המרכז גם היום. הרעיון עלה במוחה עוד כשהחלה את דרכה כאחות בריאות הציבור, וחיפשה חומר מחקרי שיתמוך בעבודתה. 
באתר שתי לשוניות מידע עיקריות:

Capacity Developement

בלשונית זו ניתן למצוא שפע מקורות מידע על העקרונות המנחים בעבודה בתחום בריאות הציבור. מומלץ במיוחד מרכז הלמידה  בו ניתן למצוא מודולים שונים אונליין ללמידה מעמיקה של התחום. בלשונית האודות ניתן למצוא הסבר מפורט על תהליך העבודה המקובל בבריאות הציבור  Evidence-Informed Public Health.

Knowledge Repositories 

בלשונית זו ניתן למצוא שלושה קישורים שימושיים:
Registry of Methods and Toolsנכון להיום יש כאן 143 שיטות ו - 138 כלים לעבודה שוטפת בתחום.
שני הקישורים הנוספים הם מאגרי מאמרים נבחרים בתחום של בריאות הציבור, שנאספו בקפידה ממקורות מוסמכים בלבד. האחד הוא Public Health Plus המרכז מעל מ - 2700 מאמרים ממעל 110 כתבי עת מדעיים נבחרים בתחום בריאות הציבור.
השני הוא Health Evidence בו ניתן למצוא מעל 5000 סקירות שיטתיות בנושאים שונים של בריאות הציבור, המתעדכן כל חודש באמצעות חיפוש מיוחד המתבצע בשבעה מאגרים אלקטרוניים שונים, בהם Medline ו – Embase. כמו כן מבוצע חיפוש ידני. חלק מהאתרים בהם מתבצע החיפוש, דוגמת Embase,  אינם פתוחים לציבור, כך שזהו יתרון נוסף למי שאין לו גישה לאתרים אלה. 
ניתן לעשות באתר חיפוש רגיל או מתקדם, והתוצאות ממויינות בין היתר גם לפי איכות המחקר. 
עוד על האתר אפשר לראות בסרטון של רשת הספריות לרפואה בארה"ב כאן בקישור (בדקה 27:40). 

https://www.healthevidence.org/default.aspx

לסיכום, האתרים של המרכזים לשיתוף פעולה בבריאות הציבור בקנדה מהווים מקור מידע רב תועלת לכל העוסקים בתחום בריאות הציבור על רבדיו השונים. כלים אונליין ללימוד, וובינרים וסרטוני הדרכה, ומעל הכל מאגרי המאמרים, המתעדכנים באופן שוטף בידי מומחים לתחום עם בקרת איכות, יכולים להוות את התחנה הראשונה לחיפוש מידע איכותי בבריאות הציבור, לפני שטובעים בים המידע המצפה שם בחוץ בחיפוש  במאגרים השונים.

יום שישי, 10 במאי 2019

האקדמיה שלי - National Academies Press

ה -  National Academies Press , או בקיצור NAP, היא ההוצאה לאור של הדו"חות של האקדמיה הלאומית למדעים, הנדסה ורפואה. האקדמיה נוסדה בשנת 1863, והיא עוסקת במתן ייעוץ בלתי תלוי למקבלי ההחלטות במגוון נושאים.
הדו"חות מתפרסמים כספרים בנושאי רפואה, הנדסה ומדעים.  האתר של ה - NAP ידידותי ואינטראקטיבי, עם אפשרות לשמירת מידע באזור אישי (My-NAP), ולא פחות חשוב - כמעט כל החומר כאן - בחינם! יש גם אפשרות למעקב אחר עדכונים במייל או RSS בנושאים הרלוונטיים לכל אחד. כ - 10,000 ספרים באתר, מתוכם כ - 1650 ברפואה, ומהם כ - 270 בתזונה ומזון.

גם תצוגה אינטראקטיבית ויזואלית יצרו כאן (תחת Academy Scope), עם חלוקה לנושאים ותת נושאים, הנה דוגמה לכך בנושא תזונה ומזון בתמונות 1 ו - 2. כל תת נושא מוצג כמעין בלון, ולחיצה על הבלון חושפת תצוגה של כל הספרים בנושא הרלוונטי.

תמונה 1. תצוגה ויזואלית (Academy Scope) של תת נושאים בתחום תזונה ומזון

תמונה 2. מה מתחבא מתחת לכל "בלון" של Academy Scope


באזור האישי My -NAP ניתן לשמור ספרים נבחרים, ואף לשמור בהם סימניות והערות תוך כדי קריאה אונליין (לא תומך בעברית).
קבצי ה- PDF הם חינמיים, אם תרצו עותק מודפס או ספר אלקטרוני (חדש באתר!) תצטרכו כבר לשלם.

ספרים לדוגמה בנושאי תזונה ורפואה באתר

אז מה ניתן למצוא כאן באתר האקדמיה הלאומית? למשל כל פרסומי ה - DRI, כולל האחרון שפורסם השנה על נתרן ואשלגן. עוד פרסום שיצא ממש לאחרונה עוסק בדיאטות ברות קיימא, תזונה ומזון
פרסום מענין נוסף עוסק בהשפעות הרפואיות של הקנאביס.

לסיכום, פרסומים מעניינים, חינמיים ברובם, אפשרות למעקב לפי נושאים במייל/RSS, אזור אישי לשמירת ספרים, סימניות והערות, תצוגה אינטראקטיבית ויזואלית לפי נושאים ותת נושאים באופן ידידותי. בהחלט שווה לבקר ולהשתמש!

יום שלישי, 30 באפריל 2019

רואים תוצאות (חלק 6) - מנוע החיפוש OMNITY

עכשיו, שהסתיים חג הפסח, אני שמחה לומר שעשיתי סדר יסודי למדי. לא, לא במטבח (הוא עוד מחכה...) אלא במקורות המידע שאני אוספת כל ימות השנה, וממתינים לרגע שבו אעמיק בהם קצת יותר. אז בזכות הסדר הזה מצאתי מידע ששמרתי כבר לפני כשלוש שנים, העוסק בהשקתו של מנוע חיפוש סמנטי רב תחומי חדש. ממש בזמן (נס חנוכה מוקדם?) כדי להיות הפרק השישי בסדרה העוסקת בהצגת תוצאות חיפוש מבוסס בינה מלאכותית בצורה ויזואלית.
אנחנו מצויים בתקופה של הצפת מידע: מעל ל - 2500 מאמרים מדעיים ו - 2200 בקשות לפטנטים מתפרסמים מדי יום (כך על פי הרשום כאן, במאמרו של המידען מרכוס זילמן על מנוע החיפוש Ominty). היכולת האנושית להתמודד עם כמות כזו של חומר היא מוגבלת, הן בתחום המקצועי של כל אחד, ועל אחת כמה וכמה בראיה בין תחומית.
טכנולוגיות חדשות, היודעות להתמודד עם כמויות עצומות של מידע (Big Data) ולהבינו במהירות, טכנולוגיות המבוססות על בינה מלאכותית, הן הטכנולוגיות שיהוו ככל הנראה את הבסיס לפתרון לצריכת המידע והבנתו בשנים הבאות. הטכנולוגיה של בינה מלאכותית מתפתחת במהירות בשנים האחרונות, בתחומים רבים ושונים. גם בתחום מנועי החיפוש ניתן לראות יותר ויותר דוגמאות למנועים מבוססי בינה מלאכותית. מרבית המנועים האלה עדין בראשית דרכם, בגרסאות בטא, עם כיסוי חלקי של החומר. אך נראה כי הם אלו שיהפכו למובילים בשנים הבאות על פני מנועי החיפוש המסורתיים.

תמונה 1. https://www.omnity.io/

Ominty

Ominty הושק בשנת 2016 לאחר 4 שנות פיתוח. עם מייסדי החברה, שמקום מושבה סן פרנסיסקו,  נמנה  Brain Sager המשמש גם כמנכ"ל.
Ominty מכסה מקורות מידע בתחומי ההנדסה, המדעים, הרפואה, הפיננסים, המשפטים והפטנטים. כמו גם מקורות מידע חדשותיים, ואף ויקיפדיה וסרטוני טד.
המימון ההתחלתי של החברה היה מבוסס על גרנטים של National Science Foundation.

לא רק רשימת מסמכים - מה מיוחד ב - Omnity?

מנוע החיפוש Ominty מבוסס על טכנולוגיות סמנטיות. הוא מאפשר גילוי של קשרים בין מסמכים מורכבים בתחום מסוים או בין תחומים על בסיס ההקשר של הטקסט שלהם (בניגוד למילות חיפוש מסויימות בלבד), גם אם הם לא מצטטים זה את זה או מקשרים זה לזה. הקשר בין המסמכים נוצר על בסיס הבנה של המשמעות של המסמך כולו. טכנולוגיה זו מייתרת למעשה את הצורך במילות מפתח, ופותחת אפשרויות לגילוי מידע חדש גם אם לא יודעים בדיוק באילו מלים להגדירו. הרעיון של צורת חיפוש זו ושל מנוע החיפוש Ominty מוצג כאן בסרטון. כמובן, שתרומתה האדירה של הטכנולוגיה כאן, מעבר לשיטת החיפוש עצמה, היא המהירות העצומה שבה החיפוש מתרחש, דבר שהיה לוקח לבני אדם לבצע במשך שנים ארוכות מתרחש כאן בשניות בודדות.
הקשרים בין התוצאות מוצגים גם בצורה ויזואלית לפי פרמטרים שונים כמו מקור המידע, זמן הפרסום, אזור גאוגרפי ועוד.

איך זה עובד?

החיפוש הבסיסי במנוע הוא חופשי. כלים מתקדמים יותר, וכיסוי של מאגרים שאינם חינמיים קיים בתשלום. בשלב ראשון יש להרשם לאתר (בחינם). באחת הכתבות על האתר היה כתוב שרישום עם אימייל אקדמי מקנה גישה מורחבת יותר למידע, בפועל לא ראיתי שיש הבדל אבל אולי בכל זאת קיים.
החיפוש מתבצע עם הכנסת מלות חיפוש, מחבר או פרמטרים נוספים. אולם החיפוש הייחודי של Omnity הוא באמצעות העלאת מסמך שלם למנוע החיפוש - המשמש למעשה כשאילתת החיפוש-  באחת משלוש דרכים: גרירת המסמך, העלאתו מהמחשב או באמצעות סימון קטע מהרשת והעלאתו בעזרת Web clipper (ניתן להורידו לדפדפן כרום מכאן - עדין בגרסת בטא). ניתן לבחור באילו מאגרים לפי תחומים ותתי תחומים יתבצע החיפוש.
לאחר קבלת התוצאות הראשוניות אפשר לחדד את החיפוש ולהוסיף מלים (כולל מלים שמוצעות לפי תוכן המאמרים),  חוקרים, מוסדות ועוד.

תצוגה ויזואלית

בפינה הימנית העליונה יש גישה לתצוגה ויזואלית של תוצאות החיפוש. כאן ניתן לראות את הקשרים בין התוצאות. התצוגה הויזואלית היא לפי רלוונטיות, קהילה, תאריך, מיקום גאוגרפי ועוד.

תמונה 2.דוגמה לתצוגה הויזואלית של תוצאות החיפוש ב - Omnity לפי קהילות


חיפוש: הדור הבא

כלי מדליק שקיים בגרסה בתשלום הוא בניית שאילתא, שבה את מקומן של מילות המפתח תופסים מאמרים. סקיצה של אופציה זו מוצג בתמונה 3.

תמונה 3. בונים שאילתה ממאמרים שלמים
לסיכום, Omnity הוא מנוע חיפוש נוסף המציג דרך חדשה לביצוע חיפוש רב תחומי סמנטי. הטכנולוגיה העומדת מאחוריו, כמו גם במנועי חיפוש דומים שנסקרו בסדרה, נמצאת כעת בתנופת פיתוח, וצפויה לשנות ככל הנראה את הדרך בה נחפש ונצרוך מידע בעתיד.