Epistemonikos - מה ששווה לדעת

Epistemonikos Foundation הוא ארגון ללא כוונת רווח שמטרתו להנגיש מידע מדעי אמין למקבלי ההחלטות בתחום הבריאות. זאת על ידי פיתוח כלים מתקדמים לחיפוש וסינון מידע. המילה היוונית  Epistemonikos משמעותה דברים ששווה לדעת, או באנגלית (זה נשמע יותר טוב) - "What is worth knowing".  הקרן  נוסדה בשנת 2009 על ידי גבריאל ראדה, רופא במקצועו, ודניאל פרז, מדען מחשבים, שניהם מצ'ילה.
על קיומו של המאגר למדתי מפלטפורמת 2DSearch המאפשרת חיפוש בו באמצעותה. ועליה כתבתי בנפרד.

https://www.epistemonikos.org/en/

Epistemonikos database

בשנת 2012 הושק הכלי המרכזי של הקרן, Epistemonikos database, שהפך להיות המאגר הגדול ביותר בעולם לסקירות שיטתיות בתחום הבריאות, עם מעל 300 אלף סקירות נכון להיום. לשם השוואה, מאגר Cochrane, הידוע גם כן כמאגר של סקירות שיטתיות בתחום הרפואה, מכסה כ - 8000 סקירות נכון להיום. Cochrane ו - Epistemonikos Foundation עובדים בשיתוף פעולה מסוף  שנת 2016. ניתן לציין בהקשר זה גם את המאגר הקנדי  Health Evidence הכולל מעל 6000 סקירות שיטתיות בתחום בריאות הציבור. למידע נוסף על מאגר זה לחצו כאן
בנוסף לסקירות שיטתיות ניתן למצוא ב- Epistemonikos גם סקירות על סקירות (overviews of reviews) ומחקרים ראשוניים (primary studies). כמו כן, המאגר כולל תרגום של הכותרת והאבסטרקט של המאמרים הכלולים בו, על מנת לאפשר חיפוש בשפות שונות. השפות הקיימות במאגר בנוסף לאנגלית: ערבית, סינית, הולנדית, גרמנית, צרפתית, איטלקית, פורטוגזית וספרדית.

מקורות המידע ושיטת החיפוש של Epistemonikos database

המאמרים המופיעים ב - Epistemonikos מקורם בעשרה מאגרי מידע אלקטרוניים, בהם Cochrane - Pubmed -EMBASE - CINAHL- PsycINFO. את סינון המאמרים על פי הקריטריונים שנקבעו עושים הן אנשי מקצוע השותפים לתהליך והן מחשבים. את תהליך הסינון המפורט המעודכן ניתן לראות כאן. פירוט מלא על מקורות המידע והקריטריונים לכניסה למאגר ניתן לראות כאן. בהרשמה לחשבון אישי במאגר, שיתאים גם לכלים נוספים של Epistemonikos Foundation שיפורטו בהמשך, ניתן לשמור מאמרים מועדפים (בתצוגה של מאמר בודד) וחיפושים (מהחיפוש המתקדם בלבד). המאגר מאפשר גם הורדת קבצים מסוג RIS לתוכנות לניהול ציטוטים.

(L·OVE (Living Orveview of the Evidence

https://iloveevidence.com/index.html

כלי נוסף של Epistemonikos Foundation, שפיתוחו החל בשנת 2016, נקרא L·OVE, ראשי התיבות של Living Orveview of the Evidence. כלי זה אוסף מאמרים לפי נושאים מתוך המאגר של Epistemonikos database, מארגן את החומר בפורמט של  PICO ומעדכן את האוספים באופן שוטף. PICO הם ראשי תיבות של 

Patient, Population or Problem

Intervention

Comparison

Outcome

ניתן לבחור בנושא הרצוי בגלישה בתוך הרשימה או לפי נושאים, וכן ניתן לחפש נושא. הנושאים הם מוכנים מראש ולא ניתן ליצור נושאים לפי בחירה. לאחר בחירת הנושא מסננים את התוצאות באמצעות מונחי ה - PICO המוצעים. בלחיצה על הלב המצוי ליד שם הנושא ניתן לקבל עדכונים על מאמרים חדשים המוספים לנושא. לשם כך יש להרשם לחשבון אישי, עם אותם פרטי משתמש של כל אחד מהכלים האחרים של Epistemonikos Foundation אם כבר נרשמתם. השימוש בחלק זה של הכלי הוא חינמי. אם תרצו דו"ח מפורט יותר כבר תצטרכו לשלם.

 PDQ-Evidence

כלי נוסף מבית Epistemonikos Foundation הוא PDQ-Evidence. מטרתו העיקרית של כלי זה היא איתור מידע הקשור לקבלת החלטות במערכות בריאות. הוא כולל מאמרים מתוך מאגר  Epistemonikos database, אך רק אלה שעונים לקריטריונים שלו. נכון להיום הוא מכסה כ - 5000 מאמרים. יתרונו הוא כמובן במיקוד שלו בנושא מערכות בריאות, אך החלק הטוב ביותר הוא משמעות שמו :
 PDQ (“pretty darn quick”)-Evidence.
גם כאן ניתן לשמור מאמרים וחיפושים בהרשמה לחשבון אישי (פרטי משתמש זהים ליתר הכלים של Epistemonikos Foundation). 

לסיכום

Epistemonikos database, L·OVE, PDQ-Evidence הם שלושת הכלים העיקריים הפתוחים לציבור  של Epistemonikos Foundation. כלים נוספים ניתן לראות כאן. נראה ש - Epistemonikos Foundation משקיעים מאמץ רב ביצירת כלים איכותיים, משולבים בטכנולוגיה מתקדמת וידע אנושי, לטובת קבלת החלטות מיטבית ברפואה. זמינותם של הכלים לכל דורש מאפשרת לכל מי שעוסק בתחום להשתמש בהם באופן שוטף. מומלץ לנסות! וברוח הזמן, ניתן גם למצוא מידע על Covid-19 במאגרים.

שלושה תוספים חדשים לנסות ב - 2020

שלושה תוספים חדשים ומעניינים לדפדפן הושקו לאחרונה, אולי תשקלו לנסות אותם ב - 2020.

https://www.listennotes.com/

תוסף 1: לחובבי הפודקאסטים

מנוע החיפוש הייעודי לפודקאסטים Listen Notes השיק תוסף חדש לכרום, המציג לכם בכל אתר בו תבקרו האם יש פודקאסטים המשוייכים אליו. כך לא תצטרכו לחפש באופן מיוחד אחר הפודקאסטים של האתר. בנוסף, אם אתם חשים לפתע צורך לחפש פודקאסט בנושא מסויים תוכלו לעשות זאת מכל אתר בו תהיו באותו רגע דרך התוסף.
מידע נוסף וקישור להתקנת התוסף בכרום וגם בדפדפן Edge כאן בקישור.
בכל מקרה שווה להציץ מדי פעם באתר Listen Notes  שמתחדש על בסיס קבוע, ומאפשר בין היתר חיפוש בעברית(!) והרשמה לעדכונים על חיפושים של פודקאסטים באתר.

"SNOW SNOW!" by cogdogblog is licensed under CC CC0 1.0

תוסף 2: לחובבי התמונות

מנוע החיפוש האהוב לתמונות CC Search השיק לאחרונה גם תוסף המתאים למספר דפדפנים, ומייתר את הצורך לעזוב את האתר בו אתם נמצאים על מנת לחפש את התמונה המושלמת. ולא רק למצוא תמונה, אלא גם לסנן את התוצאות לפי מספר פילטרים, ולהעתיק את הקרדיט המתאים במדויק. שווה! למידע נוסף והתקנת התוסף כאן בקישור

https://core.ac.uk/

תוסף 3: לחובבי המאמרים בטקסט מלא

האתר הבריטי Core, המכסה מעל 135 מליון מאמרים מדעייים בטקסט מלא, השיק לאחרונה תוסף משודרג לדפדפן לאיתור מאמרים בטקסט מלא מתוך המאגר שלו. על כל מאמר שתגיעו אליו ברשת יציג לכם התוסף 3 אפשרויות : אפור - אין גישה, כתום - אין גישה אך יש מאמרים דומים בטקסט מלא, ירוק- יש גישה. תמיד טוב שיש עוד תוסף שעוזר להגיע למידע המלא לו אנו זקוקים. למידע נוסף והתקנת התוסף כאן בקישור 

MeSH 2020 - כל העדכונים!

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh

כמדי שנה, מונחי MeSH, המונחים מהם בונים את האינדקס של Medline, עוברים עדכון, שינוי והתאמה.  אותי תמיד מענין לראות את העדכונים הללו, המשקפים במידה רבה את המגמות והחידושים בעולם הביו-רפואי. ולמה זה שימושי? באמצעות מונחים אלה מתארים את אנשי המקצוע (ה - Indexers) בספריה הלאומית לרפואה בארצות הברית (NLM) את המאמרים החדשים הנכנסים ל - Medline, כך שיקל עלינו לאתרם על פי משמעותם בעת החיפוש במאגר. במלים אחרות, מונחים אלה משמשים כמעין "האשטגים" על כל מאמר. ניתן להשתמש במונחים הללו גם כדי ליצור התראה על מאמרים חדשים שנכנסים ל - Medline בנושאים שמעניינים אותנו. אז מה התחדש ב - 2020?

קצת מספרים

97 מונחי MeSH ראשיים (Headings) שונו או הוסרו. הרשימה המלאה כאן בקישור
293 מונחי MeSH ראשיים חדשים הוספו, וכן 2 סוגי פרסומים Publication Types. הרשימה המלאה כאן בקישור

חידושים מעניינים

ברשימת המונחים החדשים אפשר לראות מספר קבוצות, המשקפות פרויקטים עליהם עובדים ב - NLM. את העדכון המלא על הפרויקטים הללו ניתן לראות כאן.

פרויקט מונחים בתחום המזון

במונחים החדשים בתחום המזון ניתן לראות הגדרה כוללת של חלבון מהחי, מה שיכול לסייע בחיפושים המבדילים בין חלבון מהחי וחלבון מהצומח. מתאים למגמה הגוברת של תזונה מבוססת מזון מהצומח בהיבטים בריאותיים וסביבתיים. מונחים ייחודיים הוספו גם למשקאות ממותקים בסוכר או בממתיקים מלאכותיים, ובהמשך למחקר הענף ולסטארטאפים הרבים העוסקים בשילוב חרקים בתפריט - נוסף המונח המתבקש Edible Insects.

Animal Proteins, Dietary

Artificially Sweetened Beverages

Edible Insects

Pork Meat

Salads

Sugar-Sweetened Beverages

פרויקט מונחים מתחום הפסיכיאטריה והפסיכולוגיה

מונחים חשובים הוספו בתחום הפרעות אכילה מסוגים שונים, כולל אכילה בררנית, דיאבולימיה ודימוי גוף.

Avoidant Restrictive Food Intake Disorder

Body Dissatisfaction

Body Integrity Identity Disorder

Diabulimia

Emotional Regulation

Food Fussiness with an entry term of Picky Eating

Psychological Distress

Suicide, Completed

מונחים נוספים

מספר מונחים נוספים מעניינים נכנסו השנה לרשימה:

ברוח הזמן נכנסו המונחים- 

Blockchain, Data Management, Disruptive Technology,  Internet-Based Intervention

משבר האקלים והסביבה הביא את המונחים  Exposome , Microplastics, Extreme Weather 

בתחום הספורט  Para-Athletes , Relative Energy Deficiency in Sport 

בתחום ההשמנה Obesity, Maternal ,  Weight Prejudice

בתחום הפרעות אכילה וגסטרו Rumination Syndrome

ובתחום האנקדוטות לסיום: משהו חיובי Psychology, Positive  משהו בריא Pomegranate וכוסות רוח למת מישהו? Cupping Therapy.

למידע נוסף : סרטון הדרכה  חדש המסביר באופן כללי על MeSH  (שעה ועשרים דקות)

לחפש על הקנווס עם פלטפורמת 2DSEARCH

https://www.2dsearch.com/

מה דעתכם "לזרוק" מלים על קנווס וירטואלי, לגרור אותן לקבוצות לפי נושאים (קבוצות של מלים נרדפות), לקבל שאילתה בנויה היטב, ולהריץ אותה בלחיצת כפתור במספר מנועי חיפוש? ועל הדרך להכיר ולהשתמש במנועי חיפוש שאולי פחות מוכרים כמו Trip Database או Epistemonikos?

כל זאת ועוד מציע  2DSEARCH. האתר 2DSEARCH מיועד למידענים, חוקרים, סטודנטים וכן לעוסקים באיתור וגיוס עובדים. הוא פותח על ידי צוות בראשותו של ד"ר טוני ראסל-רוז, יזם טכנולוגיה עם ידע וענין בעולם החיפוש. האתר קיים מאמצע שנת 2018 ,ומהווה פלטפורמה לבניית חיפושים מורכבים בצורה פשוטה במגוון מנועי חיפוש המאפשרים גישה למפתחים, ובהם  Googlr Scholar, PubMed ,Trip Database  וכן Google ו – Bing . השאילתה מוצגת בצורה ויזואלית במספר אופנים, ומאפשרת בניה נוחה וגם איתור  טעויות אם יש.
עבור אנשי מקצוע בתחום המידענות,  ולמי שיש גישה (דרך האוניברסיטה/מקום העבודה) למנועי חיפוש שאינם בגישה חופשית ברשת, יש אפשרויות נוספות: לפני מספר חודשים הוספה אפשרות של תרגום שאילתות חיפוש לאתרים שבהם לא ניתן לחפש ישירות מהפלטפורמה, לדוגמה Embase ו -  Cochrane. התרגום אינו מלא, למשל מונחים שמקורם בתזאורי דוגמת MeSH  או Emtree עדין יש צורך להכניס ידנית גם כאן.

איך זה עובד?

בניית השאילתות באתר מתחילה על מעין קנווס ריק, בו כותבים את המונחים, ולאחר מכן מארגנים אותם בקבוצות. מוסיפים שדות חיפוש ואופרטורים בוליאניים (AND, OR , NOT) לפי הצורך. חלק ממנועי החיפוש מאפשרים לצפות בתוצאות החיפוש בדף הצמוד לקנווס, ובחלקם יש לעבור לחלון נפרד על מנת לראות אותן.
את השאילתות הנבנות באתר ניתן לשמור ולשתף בפתיחת חשבון חינמי עם סיסמת גוגל או סיסמה ייחודית.
וובינר הדרכה על הסיבות לפיתוח הפלטפורמה ואופן השימוש בה התקיים לפני מספר חודשים על ידי Shokraneh Farhad המשמש בין היתר כחוקר ב-  Cochrane. הוובינר עוזר ומקצר את הדרך להבנת אופן הפעולה של הפלטפורמה והשימוש בה. מומלץ לצפות ולהתנסות! כמו כן, הצוות שוקד על פיתוחים נוספים, שווה לעקוב אחרי החידושים הצפויים בפלטפורמת 2DSearch ב - 2020.

שפיות סמנטית: עדכונים מ - Semntic Scholar

מנוע החיפוש המבוסס בינה מלאכותית Semntic Scholar  נמצא בתנופת פיתוח משמעותית בימים אלה. לאחר שעלה לרשת בשנת 2015 עם כיסוי של 3 מליון מאמרים בתחומי הרפואה והמחשבים, כיום הוא מכסה מעל 178 מליון מאמרים בתחומי מחקר רבים. את מגוון תחומי המחקר ניתן לראות, ואף לבחור את התחום הרצוי לחיפוש, בלחיצה על התפריט הנפתח לצד תיבת החיפוש כמוצג בתמונה 1. עוד חידוש  שימושי במאגר: כיסוי רחב יותר של מאמרים בטקסט מלא באמצעות שיתוף פעולה עם Unpaywall.

תמונה 1: תחומי המחקר המכוסים על ידי Semantic Scholar

עדכון של פרופיל חוקר

ב - Semantic Scholar קיימים פרופילי חוקרים, אותם מייצר המאגר באופן אוטומטי. כעת ניתן לפנות לצוות הפיתוח על מנת לתקן ולהוסיף פרטים ומידע לפרופיל כמוצג בתמונה 2.

תמונה 2: אפשרות לעדכון פרופיל החוקר במאגר

תוספי תזונה ותרופות - כלי מבוסס בינה מלאכותית לגילוי האינטרקציות ביניהם

ב - Semantic Scholar ממשיכים לתמוך בעולם הרפואה, ומגייסים את טכנולוגית הבינה המלאכותית לגילוי אינטראקציות בין תרופות לתוספי תזונה בכלי חדש שהושק לאחרונה במאגר, ונקרא Supp.ai. הגישה לכלי היא מדף הבית של Semantic Scholar. בתיבת החיפוש יש להקיש את שם התרופה או התוסף הרצויים, ובתוצאות החיפוש מתקבלת רשימה של אינטרקציות אפשריות עם תרופות ותוספי תזונה אחרים. לצד כל תוסף או תרופה המופיעים ברשימה קיים קישור לרשימת המאמרים ממנה נלקח המידע.

תמונה 3. Supp.ai

שפיות סמנטית - עדכונים מותאמים אישית

כלי נוסף שהושק לאחרונה, ונמצא עדין בגרסת בטא, נקרא "שפיות סמנטית" או כפי שמופיע באתר: Semantic Sanity: A Personalized Research Feed. כלי זה מאפשר לבצע חיפוש חופשי ו/או לבחור מתוך קטגוריות נושאים מוגדרות. מתוך תוצאות החיפוש המתקבלות מסמנים אילו מאמרים הם המתאימים למה שרצינו על ידי לחיצה על הכפתור More like this המופיע מתחת לכל מאמר ברשימת התוצאות. לאחר שמסמנים לפחות מאמר אחד ניתן ליצור ולשמור רשימת מאמרים בנושא, ולצד כל מאמר שיופיע שם לסמן אם הוא מתאים יותר או פחות. לפי המידע שנספק, רשימת המאמרים שנקבל תהיה מותאמת טוב יותר לצורך שלנו.

נכון להיום כלי זה הוא כאמור עדין בגרסת בטא, וכן מבוסס על מאגר  Arxiv בלבד (מאגר של מאמרים בגישה פתוחה בניהול אוניברסית קורנל, בעיקר בתחומי הפיזיקה, מתמטיקה ומחשבים) . בנוסף, הוא מוגבל למאמרים מחמש השנים האחרונות בלבד. סביר להניח שבקרוב יורחב הכיסוי למאגרים ותחומים נוספים.

תמונה 4. https://s2-sanity.apps.allenai.org/cold-start

לסיכום, נראה כי הצוות של Semantic Scholar בראשותו של פרופ' אורן עציוני לא נח לרגע, מענין אילו עוד חידושים מחכים מעבר לפינה... שווה לעקוב!

מאמר שהוסר - חלון לתהליך המדעי

Tracking retractions as a window into the scientific process - או בתרגום חופשי: מעקב אחרי מאמרים שהוסרו כחלון לתהליך המדעי (באנגלית זה נשמע יותר טוב..) זהו המשפט המתנוסס בראש הבלוג Retraction Watch. הבלוג נוסד בשנת 2010 על ידי אדם מרכוס ואיוון אורנסקי, במטרה בין היתר לשפר את השקיפות והנראות של מאמרים שהוסרו מהספרות המדעית מסיבות שונות.

תמונה 1. https://retractionwatch.com/

הבלוג כולל מאגר מידע מקיף של מאמרים שהוסרו לאחר פרסומם, או שקיבלו תיקונים והערות (expressions of concern), ונכון להיום מכסה מעל  21,000 מאמרים. ניתן לחפש במאגר על פי מספר רב של פרמטרים, בהם שם המאמר או המחבר/ים, כתב העת או המו"ל, המוסד בו עובדים החוקרים ועוד.
בנוסף כולל הבלוג פוסטים מרתקים בנושא זה, ביניהם למשל הפוסט על עשרת המאמרים המצוטטים ביותר שהוסרו מהספרות המדעית, תוך ציון כמה צוטטו לפני ואחרי ההסרה.
על התופעה של הסרת מאמרים ועל הבלוג כתבה גם ד"ר שירי דיסקין, העוסקת בכתיבה רפואית.

איך נבנה מאגר המידע של Retraction Watch

מקור המידע העיקרי עליו מבוסס המאגר הוא פאבמד. בפאבמד ניתן לאתר מאמרים שהוסרו או  שקיבלו הערה מסוגים שונים באמצעות מונחי חיפוש ייעודיים ו/או באמצעות מונחי MeSH העוסקים בכך, כמפורט בתמונות 2 ו - 3. ניתן גם, כמו בכל חיפוש בפאבמד, ליצור התראה על החיפוש ולקבל עדכונים שוטפים על מאמרים שהוסרו או קיבלו הערות מסוגים שונים.

תמונה 2. מונחי חיפוש ייעודיים להערות בפאבמד מתוך ספר העזרה 

תמונה 3. מונחי MeSH לחיפוש מאמרים שהוסרו או מאמרים בנושא הסרת מאמרים

לאחר שלא היה לי לגמרי ברור איך נבנה המאגר של Retraction Watch והאם הוא מבוסס רק על פאבמד או על מקורות מידע נוספים פניתי לבעלי הבלוג וקיבלתי הסבר מפורט יותר על האופן בו נבנה המאגר שלהם. לפי הסבר זה מסתבר שהמקור העיקרי הוא אכן פאבמד, עם השלמות ממאגרים נוספים, ואיסוף מטא-דאטא על כל פריט.

לסיכום, נראה ש - Retraction Watch פותח צוהר לחלק חשוב בתהליך המדעי שלא תמיד שמים עליו את הדגש ואת תשומת הלב, וזהו מקור טוב להתחיל ממנו בנושא זה. 

הסטטיסטיקות של גוגל סקולר 2019

תמונה 1.גוגל סקולר. מקור

גוגל סקולר מפרסם בבלוג שלו כי הועלו לאתר הסטטיסטיקות העדכניות לשנת 2019 לגבי כתבי העת המובילים על פי מספר הציטוטים לפי מדד h5. הנתונים מבוססים על מאמרים שפורסמו בשנים 2014-2018 וציטוטים שנספרו עד יולי 2019.
הגישה אל הנתונים היא דרך התפריט הראשי - מדדים, כמוצג בתמונה 2.  התפריט נפתח בלחיצה על אייקון 3 הקווים שבפינה העליונה של המסך.

תמונה 2. גישה למדדים דרך התפריט הראשי.

בדף הבית של חלק המדדים ניתן לראות את 100 הפרסומים המובילים מכלל כתבי העת המכוסים על ידי גוגל סקולר בכל מגוון הנושאים. ברירת המחדל היא לפרסומים באנגלית, אך ניתן לראות עוד 11 שפות שונות בכן גרמנית, רוסית וספרדית בלחיצה על התפריט השפות.
בלחיצה על תפריט הקטגוריות ניתן לראות את 20 כתבי העת המובילים לפי קטגוריות ראשיות, וניתן גם לבחור קטגוריות משנה לקבלת כתבי עת בתחומים ספציפיים.
לחיצה על הקישור המופיע לצד כל כתב עת תציג את המאמרים המצוטטים ביותר מכתב עת זה.

להלן לדוגמה בתמונה 3: 20 כתבי העת המובילים בתחום התזונה על פי מדד זה לשנת 2019. ניתן לראות את הרשימה גם בקישור.

תמונה 3. כתבי העת המובילים בתזונה על פי גוגל סקולר לשנת 2019